[發(fā)明專利]用于檢測(cè)遺傳性疾病基因變異的方法、裝置及終端設(shè)備

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811021290.2
• 申請(qǐng)日: 2018-09-03
• 公開（公告）號(hào): CN109295198A
• 公開（公告）日: 2019-02-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳玥蘢;劉永初;劉陽;李陽;呂佩濤
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 安吉康爾（深圳）科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12Q1/6869
• 代理公司: 深圳中一聯(lián)合知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44414
• 代理人: 張全文

本發(fā)明適用于遺傳變異檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，提供了用于檢測(cè)遺傳性疾病基因變異的方法、裝置及終端設(shè)備，所述方法包括：獲取遺傳性疾病樣本的基因測(cè)序數(shù)據(jù)；對(duì)基因測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行重測(cè)序數(shù)據(jù)分析，檢測(cè)基因測(cè)序數(shù)據(jù)中的突變位點(diǎn)；根據(jù)預(yù)設(shè)疾病數(shù)據(jù)庫對(duì)突變位點(diǎn)進(jìn)行突變注釋，得到突變位點(diǎn)的注釋結(jié)果；根據(jù)突變位點(diǎn)的注釋結(jié)果，確定突變位點(diǎn)的突變檢測(cè)結(jié)果。本發(fā)明能夠?qū)崿F(xiàn)遺傳性疾病相關(guān)基因變異的準(zhǔn)確判斷，減少假陽性位點(diǎn)和假陰性位點(diǎn)，提高基因變異檢測(cè)的準(zhǔn)確性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于遺傳變異檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及用于檢測(cè)遺傳性疾病基因變異的方法、裝置及終端設(shè)備。

背景技術(shù)

家族性高膽固醇血癥(FH)是一種遺傳性疾病，其特征在于高膽固醇水平，特別是血液和早期心血管疾病中的高密度脂蛋白(low density lipoprotein，LDL)既“壞膽固醇”。由于具有FH潛在身體生物化學(xué)的個(gè)體略有不同，其高膽固醇水平對(duì)膽固醇控制方法的反應(yīng)較少，這些方法通常在沒有FH的人(例如飲食調(diào)整和他汀類藥片)中更有效。

FH被歸類為2型家族性血脂異常。有五種類型的家族性血脂異常(不包括亞型)，并且每種都是由于遺傳異常或脂質(zhì)譜來進(jìn)行劃分。例如，高LDL(通常由LDL受體缺陷引起)是2型。其他包括乳糜微粒代謝缺陷，甘油三酯代謝和其他含膽固醇顆粒的代謝，例如極低密度脂蛋白VLDL和分化抑制因子IDL。

大約1/300到1/500的低密度脂蛋白(LDLR)基因突變，其編碼LDL受體蛋白，通常從循環(huán)中去除LDL或載脂蛋白B(ApoB)，LDL和載脂蛋白B是與受體結(jié)合的一部分。雜合子FH是一種常見的遺傳性疾病，以常染色體顯性遺傳方式遺傳，在大多數(shù)國家以1：500的比例發(fā)生；純合子FH更為罕見，在百萬分之一的嬰兒中發(fā)生。

由于FH的遺傳特征，所以相關(guān)的基因檢測(cè)也進(jìn)入了臨床應(yīng)用。近年來，由于分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，對(duì)家族性高膽固醇血癥遺傳學(xué)改變的了解也不斷深入。家族性高膽固醇血癥相關(guān)的基因突變是遺傳變異。本領(lǐng)域技術(shù)人員已經(jīng)認(rèn)識(shí)到大部分的家族性高膽固醇血癥中存在著染色體結(jié)構(gòu)畸變，包括缺失、重復(fù)、倒位、易位等。

針對(duì)于家族性高膽固醇血癥的基因檢測(cè)的難點(diǎn)在于，家族性高膽固醇血癥的相關(guān)基因并不是只有一個(gè)，而是多個(gè)，并且相關(guān)基因的變異中還存在與疾病無關(guān)的多態(tài)性位點(diǎn)，而這些多態(tài)性位點(diǎn)除了與疾病無關(guān)，由于序列的相似性，可能造成假陽性位點(diǎn)。如何區(qū)分真正的的相關(guān)變異與二代測(cè)序中發(fā)生的PCR錯(cuò)誤、測(cè)序假陽性及比對(duì)不準(zhǔn)確等帶來的噪音是當(dāng)前面臨的一大難題。

發(fā)明內(nèi)容

有鑒于此，本發(fā)明實(shí)施例提供了一種用于檢測(cè)遺傳性疾病基因變異的方法、裝置及終端設(shè)備，以解決現(xiàn)有技術(shù)中遺傳性疾病相關(guān)基因檢測(cè)準(zhǔn)確率低的問題。

本發(fā)明實(shí)施例的第一方面提供了一種用于檢測(cè)遺傳性疾病基因變異的方法，包括：

獲取遺傳性疾病樣本的基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

對(duì)基因測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行重測(cè)序數(shù)據(jù)分析，檢測(cè)基因測(cè)序數(shù)據(jù)中的突變位點(diǎn)；

根據(jù)預(yù)設(shè)疾病數(shù)據(jù)庫對(duì)突變位點(diǎn)進(jìn)行突變注釋，得到突變位點(diǎn)的注釋結(jié)果；

根據(jù)突變位點(diǎn)的注釋結(jié)果，確定突變位點(diǎn)的突變檢測(cè)結(jié)果。

本發(fā)明實(shí)施例的第二方面提供了一種用于檢測(cè)遺傳性疾病基因變異的裝置，包括：

基因測(cè)序數(shù)據(jù)獲取模塊，用于獲取遺傳性疾病樣本的基因測(cè)序數(shù)據(jù)；

突變位點(diǎn)檢測(cè)模塊，用于對(duì)基因測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行重測(cè)序數(shù)據(jù)分析，檢測(cè)基因測(cè)序數(shù)據(jù)中的突變位點(diǎn)；

注釋結(jié)果獲取模塊，用于根據(jù)預(yù)設(shè)疾病數(shù)據(jù)庫對(duì)突變位點(diǎn)進(jìn)行突變注釋，得到突變位點(diǎn)的注釋結(jié)果；

突變檢測(cè)結(jié)果獲取模塊，用于根據(jù)突變位點(diǎn)的注釋結(jié)果，確定突變位點(diǎn)的突變檢測(cè)結(jié)果。