[發明專利]一種與豇豆耐鹽相關性狀緊密連鎖的InDel分子標記及其引物和應用

在審

• 申請號: 201810988747.0
• 申請日: 2018-08-28
• 公開（公告）號: CN108950054A
• 公開（公告）日: 2018-12-07
• 發明（設計）人: 張紅梅;許文靜;劉曉慶;陳華濤;陳新;陳景斌;袁星星
• 申請（專利權）人: 江蘇省農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責任公司 32218
• 代理人: 傅婷婷;徐冬濤

1.一種與豇豆耐鹽相關性狀緊密連鎖的InDel分子標記，其特征在于該InDel分子標記為以SEQ ID NO.1所示的上游引物和SEQ ID NO.2所示的下游引物對耐鹽豇豆品種蘇紫41基因組DNA進行PCR擴增得到。

2.根據權利要求1所述的InDel分子標記,其特征在于如SEQ ID NO.3所示。

3.用于擴增權利要求1所述的InDel分子標記的引物對。

4.根據權利要求1所述的引物對，其特征在于上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示。

5.權利要求1所述的InDel分子標記在豇豆遺傳圖譜構建、QTL定位、分子輔助育種或遺傳多樣性分析中的應用。

6.根據權利要求5所述的應用，其特征在于所述的與豇豆耐鹽相關性狀緊密連鎖的InDel分子標記在分子輔助育種篩選耐鹽和/或高葉綠素含量豇豆品種中的應用。

7.權利要求2或3所述的引物對在豇豆遺傳圖譜構建、QTL定位、分子輔助育種及遺傳多樣性分析中的應用。

8.根據權利要求7所述的應用，其特征在于權利要求2或3所述的引物對在分子育種篩選耐鹽和/或高葉綠素含量豇豆品種中的應用。

9.權利要求1所述的一種與豇豆耐鹽相關性狀緊密連鎖的InDel分子標記的開發方法，其特征在于包括以下步驟：

1)利用耐鹽豇豆品種蘇紫41為母本和鹽敏感蘇豇1419為父本進行雜交，獲得F₁。以一株F₁植株自交獲得的143個F₂單株為群體構建圖譜，F₂單株自交獲得的143個F_2:3家系用于耐鹽性鑒定；

2)采用十六烷基三甲基溴化銨法提取蘇紫41、蘇豇1419、F₁代和F₂代群體的葉片總DNA；

3)利用lllumina Hiseq2000平臺對蘇紫41和蘇豇1419進行轉錄組測序；

4)將轉錄組組裝序列進行BLAST比對，篩選有插入/缺失的轉錄本；

5)挑選插入/缺失的序列長度差異相對較大的序列，結合引物設計軟件開發InDel標記引物；

6)利用自主開發的InDel引物，對兩親本和F₁代進行PCR擴增，產物在8％聚丙烯凝膠中電泳、顯影、染色和帶型識別，篩選親本具有多態性及F₁代具有共顯性的InDel標記；

7)利用5)的InDel標記對F₂單株進行分子標記基因型分析，利用Joinmap3.0軟件進行F₂代群體遺傳圖譜的構建，作圖參數設為重組率<0.4，LOD>1.0；并用WinQTL Cartographer2.5軟件對F_2:3群體進行數量性狀位點定位，LOD閾值用1000次的置換測驗確定，概率水平P＝0.05，在第11連鎖群上檢測到主效QTL位點qSTR-11和qSPAD-11的存在，分別解釋耐鹽級別STR和葉綠素含量SPAD的7.0％和7.1％表現變異，距主效QTL位點qSTR-11和qSPAD-11距離最近的Indel標記為VUIn282，其距離為13.7和9.23；該分子標記的引物序列為VUIn282_F:SEQ ID NO.1，VUIn282_R:SEQ ID NO.2；此InDel標記在蘇紫41的擴增片段為131個bp，其核苷酸序列為SEQ ID NO.3。