[發(fā)明專利]一種與豇豆耐鹽相關(guān)性狀緊密連鎖的InDel分子標(biāo)記及其引物和應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810988747.0
• 申請日: 2018-08-28
• 公開（公告）號: CN108950054A
• 公開（公告）日: 2018-12-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張紅梅;許文靜;劉曉慶;陳華濤;陳新;陳景斌;袁星星
• 申請（專利權(quán)）人: 江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責(zé)任公司 32218
• 代理人: 傅婷婷;徐冬濤

本發(fā)明公開了一種與豇豆耐鹽相關(guān)性狀緊密連鎖的InDel分子標(biāo)記及其引物和應(yīng)用。一種與豇豆耐鹽相關(guān)性狀緊密連鎖的InDel分子標(biāo)記，該InDel分子標(biāo)記為以SEQ ID NO.1所示的上游引物和SEQ ID NO.2所示的下游引物對耐鹽豇豆品種蘇紫41基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增得到的SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。用于擴(kuò)增本發(fā)明所述的InDel分子標(biāo)記的引物對，上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示。利用該標(biāo)記及其引物進(jìn)行輔助選擇，可以快速篩選豇豆耐鹽株系用于豇豆耐鹽性育種，提高育種的準(zhǔn)確性和選擇效率，節(jié)約成本。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)及遺傳育種技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及一種與豇豆耐鹽相關(guān)性狀緊密連鎖的InDel分子標(biāo)記及其引物和應(yīng)用。

背景技術(shù)

據(jù)聯(lián)合國教科文組織(UNESCO)和聯(lián)合國糧農(nóng)組織(FAO)不完全統(tǒng)計(jì)，全世界鹽漬土面積約10億hm²(王遵親,1993)。我國鹽漬土面積約1億hm²，這些鹽漬土是我國重要的土地資源的一部分，尤其是在北方地區(qū)和南方沿海地區(qū)(時(shí)津霞等,2004；Stapies,1984)。

中國的豇豆種植面積常年維持在33萬hm²以上，主要產(chǎn)區(qū)為河北、河南、江蘇、浙江、安徽、四川、重慶、湖北、湖南、廣西等省(自治區(qū))(潘磊等，2014)。豇豆經(jīng)濟(jì)價(jià)值較高，其豆芽、幼苗、嫩莢都可作蔬菜食用，是解決夏秋淡季蔬菜供應(yīng)的重要蔬菜作物之一。我國沿海地區(qū)是豇豆的重要產(chǎn)地，沿海地區(qū)海水中的鹽分通過地上和地下途徑進(jìn)入土壤，而且處于較低的緯度，土壤的水分蒸發(fā)較多，也存在土壤鹽堿問題(張舟等，2014)。

在豇豆的分子標(biāo)記研究中，大多采用基于PCR(Polymerase chain reaction，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))的DNA分子標(biāo)記。利用顯性分子標(biāo)記，如RAPD、ISSR等，已經(jīng)篩選獲得一批重復(fù)性好、穩(wěn)定可靠的分子標(biāo)記引物(陳禪友等，2008；Chen C Y,et al.,2010)。近年來，SSR和SNP等共顯性分子標(biāo)記的應(yīng)用備受青睞。2009年首次報(bào)道了基于EST序列的1 375個(gè)SNP位點(diǎn)(Muchero W，et al.,2009)。Li等(2001)率先開發(fā)出27個(gè)SSR標(biāo)記應(yīng)用于豇豆研究。 Gupta等于2010年從NCBI數(shù)據(jù)庫(http://archive-dtd.ncbi.nlm.nih.gov/)的豇豆 unigenes序列中設(shè)計(jì)篩選出102個(gè)SSR標(biāo)記。Xu等于2010年則從豇豆基因組數(shù)據(jù)庫 HarvEST(http://www.harvest-web.org/)和CGKB (http://cowpeagenomics.med.virginia.edu/CGKB)中發(fā)掘出172個(gè)多態(tài)性豇豆SSR分子標(biāo)記(45個(gè)EST-SSR標(biāo)記和127個(gè)gSSR標(biāo)記)。InDe1標(biāo)記是指由核苷酸水平上堿基的插入或缺失多態(tài)性，在植物基因組中有較高的分布頻率，具有遺傳穩(wěn)定性高、分布廣、多態(tài)性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)，并且InDel分布密度遠(yuǎn)高于SSR，理論上講SSR標(biāo)記包含在InDel標(biāo)記范圍內(nèi)。標(biāo)記輔助育種需要高密度遺傳連鎖圖，但利用豇豆轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)開發(fā)InDel標(biāo)記的研究還未見報(bào)道。

目前對豇豆耐鹽相關(guān)的QTL定位研究較少，通常檢測出的QTL數(shù)目較多，但效應(yīng)值較小且重復(fù)性不好，較難在豇豆育種中應(yīng)用。本研究通過QTL定位，旨在找到QTL區(qū)間內(nèi)與豇豆耐鹽相關(guān)性狀緊密連鎖的分子標(biāo)記，同時(shí)將分子標(biāo)記用于豇豆耐鹽育種中。本研究通過QTL 定位，旨在篩選出與豇豆耐鹽相關(guān)性狀耐鹽級別(STR)和葉綠素含量(SPAD)的QTLs位點(diǎn)和 InDel分子標(biāo)記，用于豇豆耐鹽育種的分子標(biāo)記輔助選擇。

發(fā)明內(nèi)容