[發明專利]一種高效準確的高通量檢測樣本的質量評估方法

有效

• 申請號: 201810858187.7
• 申請日: 2018-07-31
• 公開（公告）號: CN109239029B
• 公開（公告）日: 2022-06-14
• 發明（設計）人: 段飛蝶;韓維;漢雨生;揣少坤
• 申請（專利權）人: 廣州燃石醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: G01N21/64
• 分類號: G01N21/64;G01N21/33
• 代理公司: 廣州粵高專利商標代理有限公司 44102
• 代理人: 任重

本發明公開了一種評估DNA樣本降解情況的方法，利用熒光染料法和紫外吸收法分別測量樣品DNA濃度，并計算兩種測量方法的比值。本發明提供的評估DNA樣本降解情況的方法的準確性能滿足后續NGS甚至其他需要進行片段評估的需求，與常規方法相比，節省時間、節省空間、經濟性好、人為誤差小。因此，本發明提出的方法可取代高通量測序DNA片段評估的常規方法，使得高通量測序的質控環節和檢測周期大幅度縮短，在成本上帶來很大的優勢，值得大面積推廣應用。

技術領域

本發明涉及高通量測序技術領域，更具體地，涉及一種高效準確的高通量檢測樣本的質量評估方法。

背景技術

高通量測序技術又稱下一代測序技術(Next-generation sequencingtechnology NGS)，該技術可以對數百萬個DNA分子進行同時測序，新一代測序（NGS）以其無以倫比的通量、擴展性和速度，讓研究人員以前所未有的水平研究生物系統。NGS技術可以快速測序整個基因組、放大以深度測序目標區域。高通量測序技術已經廣泛的應用在生命科學的方方面面。但是，NGS檢測流程相對較長，從樣本取材開始、病理評估、核酸提取、建庫、上機、數據分析。為了確保每個臨床檢測的樣本都能得到高質量的、準確的結果，需要在高通量檢測的每個流程設置質控標準，尤其是最初的樣本提取，以期達到最好的檢測結果。

組織活檢樣本一直作為精準醫療NGS腫瘤分子檢測金標準，但是為了便于組織的保存及后續取樣的便捷，福爾馬林固定、石蠟包埋（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的腫瘤組織樣本是一種廣泛用于分析基因表達的細胞組織的保存方法，福爾馬林雖然能夠長期保存樣本，但對實驗帶來的系列影響也是不容忽視的。在FFPE組織標本的制備和貯存過程中，組織經福爾馬林固定、石蠟包埋后很容易引起生物分子的交聯、DNA降解等問題。分子交聯、DNA降解帶來的是核酸提取后DNA提取量低、片段化。

DNA片段化在NGS檢測過程中是至關重要的因素，NGS-建庫流程中對片段的要求嚴格，建庫的第一步：DNA片段機械打斷至200bp左右的片段，片段打斷的參數選擇需依賴對于樣本DNA樣本降解情況的結果。不合適的打斷條件會導致NGS建庫過程的DNA片段過長或過短（測序長度要求150bp*2），帶來最終數據質量不合格。

目前，常規的DNA片段降解評估方法有瓊脂糖凝膠電泳、QPCR方法，這兩種方法普遍使用但均存在一定的弊端。（1）瓊脂糖凝膠電泳-評估片段降解方法：污染風險：DNA電泳時，DNA暴露在電泳buffer中，隨著電泳過程產生熱，存在氣溶膠污染的風險。因此需要電泳裝置單獨在一個房間中，且在NGS 流程的最下游，這是在PCR房間設置時也已明確規定；占用空間：電泳系統存在污染風險，必須單獨在一個房間內，這也給空間上增加負擔，特別是醫院端搭建NGS平臺中是個很致命的弊端-空間極其有限；耗時、人為誤差大：DNA電泳流程：制備膠、加樣、電泳、拍照、評估一個流程下來需要1.5h左右；且電泳評估時，因DNA條帶都是存在一定降解的片段圖像，需要一定的評估技術，也會存在人為差異。有毒：電泳的試劑特別時DNA染料對人體存在一定的毒性。（2）QPCR判斷片段：操作復雜、耗時：QPCR方法是一個相對電泳更精準的方法，但因其操作要求高，操作復雜及需要的時間較長，3～4h，這個臨床報告周期帶來非常大的壓力，因此也沒有被普遍試用；經濟性：QPCR的試劑成本較高。

因此，目前缺少一種簡單、快捷、準確、無毒害、無污染的判斷DNA降解程度的方法。

發明內容

本發明的目的是為了克服現有技術的不足，提供一種高效準確的高通量檢測樣本的質量評估方法。

為了實現上述目的，本發明是通過以下技術方案予以實現的：

一種評估DNA樣本降解情況的方法，利用熒光染料法和紫外吸收法分別測量樣品DNA濃度，并計算兩種測量方法的比值。

優選地，使用Nanodrop分光光度計利用紫外吸收法測量樣品DNA濃度。