[發(fā)明專利]染色體1p/19q雜合性缺失的檢測方法、試劑盒及引物組

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810842077.1
• 申請日: 2018-07-27
• 公開（公告）號: CN109022579B
• 公開（公告）日: 2020-07-28
• 發(fā)明（設計）人: 呂紅;曹藝馨;石宇鵬;宋超;余榮;洪軻;任用
• 申請（專利權）人: 北京先聲醫(yī)學檢驗實驗室有限公司;江蘇先聲醫(yī)學診斷有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京中企訊專利代理事務所(普通合伙) 11677
• 代理人: 熊亮

本發(fā)明提供一種染色體1p/19q雜合性缺失的檢測方法、試劑盒及引物組。該檢測方法基于MassArray質譜平臺進行，通過對腦膠質瘤染色體1p/19q多區(qū)域上選定多個SNP位點，并通過對多個SNP位點進行篩選、引物擴增等步驟，最終通過MassArray質譜平臺進行檢測分析獲得染色體1p/19q缺失情況。根據(jù)本發(fā)明的一種染色體1p/19q雜合性缺失的檢測方法、試劑盒及引物組，操作簡單、耗時短、準確性高、價格便宜，適于在臨床中推廣。

技術領域

本發(fā)明屬于醫(yī)療檢測技術領域，具體涉及一種染色體1p/19q雜合性缺失的檢測方法、試劑盒及引物組。

背景技術

腦膠質瘤是最常見的原發(fā)性腦腫瘤，發(fā)病率為(5～8)/(1x10⁶)，5年病死率僅次于胰腺癌和肺癌，是一種高病死率的惡性腫瘤。雖然目前治療手段已有了長足的進步，但是患者的中位生存期仍小于15個月，這一疾病在我國造成了巨大的社會經(jīng)濟及家庭負擔。近年來，腦膠質瘤的分子病理研究取得了重大進展，已發(fā)現(xiàn)了一系列有助于腦膠質瘤臨床診斷和預后判斷的分子標志物，例如IDH1/2基因突變，1p/19q雜合性缺失突變(loss ofheterozygosity，LOH)，MGMT啟動子甲基化等。染色體lp/19q雜合性缺失是指細胞中一條1號染色體短臂或/和一條19號染色體長臂發(fā)生缺失。目前認為1p/19q雜合性缺失是少突膠質細胞瘤的分子特征，是其診斷性分子標志物。通常對疑似少突膠質細胞瘤或混合性少突星形細胞瘤均應進行1p/19q雜合性缺失的檢測，從而協(xié)助組織學的診斷。1p/19q雜合性缺失可以幫助區(qū)分混合性少突星形細胞瘤更傾向于少突還是星形，這對于治療選擇有一定的意義。存在lp/19q雜合性缺失的少突膠質細胞瘤生長速度較慢，并對化療敏感。目前治療指南對少突膠質細胞瘤均推薦檢測lp/19q雜合性缺失的狀態(tài)。

對于腦膠質瘤的lp/19q雜合性缺失突變，臨床上常用的檢測方法主要有熒光原位雜交(FISH)、基于雜合性缺失分析的聚合酶鏈式反應(PCR-LOH)、陣列比較基因組雜交(CGH)。《中國腦膠質分子診療指南》推薦FISH作為檢測lp/19q雜合性缺失的方法，雖然FISH技術可通過熒光信號直觀地顯示lp/19q的缺失狀態(tài)，但是探針結合區(qū)域的局限性使得小范圍的缺失可能檢測不出，而且FISH實驗操作比較復雜，對操作和結果分析人員的經(jīng)驗要求非常高，檢測周期長、配套儀器和試劑價格昂貴。PCR-LOH對lp和19q上的多個微衛(wèi)星區(qū)域進行擴增后，需通過變性聚丙烯酰胺電泳或變性高效液相色譜等方法來檢測擴增產(chǎn)物，整個實驗流程操作復雜、容易發(fā)生污染、結果分析摻雜因素多，不利于臨床使用。CGH需使用進口的基因芯片，配套的儀器和試劑耗材成本較高。因此，目前對于膠質細胞瘤的lp/19q雜合性缺失突變檢測，缺乏一種操作簡單、耗時短、準確性高、價格便宜的檢測方法。

發(fā)明內(nèi)容

因此，本發(fā)明要解決的技術問題在于提供一種染色體1p/19q雜合性缺失的檢測方法、試劑盒及引物組，該方法基于MassArray質譜平臺對腦膠質瘤染色體1p/19q雜合性缺失進行檢測，操作簡單、耗時短、準確性高、價格便宜，適于在臨床中推廣。

為了解決上述問題，本發(fā)明提供一種染色體1p/19q雜合性缺失的檢測方法，基于MassArray質譜平臺進行，其通過檢測1號染色體短臂1p的第一區(qū)域及具有19號染色體長臂19q的第二區(qū)域的SNP位點完成。

具體的，包括以下步驟：

a.獲取腦膠質瘤具有1號染色體短臂1p的第一區(qū)域及具有19號染色體長臂19q的第二區(qū)域；

b.針對所述第一區(qū)域篩選M個SNP位點，針對所述第二區(qū)域篩選N個SNP位點；

c.再次分別篩選所述M個SNP位點及N個SNP位點，分別獲得M1個有效SNP位點及N1個有效SNP位點；

d.針對所述M1個有效SNP位點及N1個有效SNP位點設計最優(yōu)引物體系，所述最優(yōu)引物體系包括擴增引物及單堿基延伸引物；