[發(fā)明專利]一種用于檢測不結(jié)球白菜抗根腫病的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810798862.1
• 申請日: 2018-07-19
• 公開（公告）號: CN108546777B
• 公開（公告）日: 2021-06-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 朱紅芳;李曉鋒;朱玉英;翟文
• 申請（專利權(quán)）人: 上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 上海碩力知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 31251
• 代理人: 劉紅梅

本發(fā)明公開了一種用于檢測不結(jié)球白菜抗根腫病的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。所述SNP分子標(biāo)記為Br_K_070103，該Br_K_070103位于不結(jié)球白菜第7號染色體第201813113位堿基處，該處堿基為G的不結(jié)球白菜表現(xiàn)為抗病，該處堿基為T的不結(jié)球白菜表現(xiàn)為感病。本發(fā)明應(yīng)用KASP技術(shù)對所找到的SNP分子標(biāo)記進(jìn)行基因分型，可以快速、準(zhǔn)確的檢測不結(jié)球白菜對根腫病的抗性，大幅提高遺傳轉(zhuǎn)育效率。且檢測過程不需要酶切、電泳及測序等，便于操作，利于高通量快速檢測，徹底杜絕了PCR產(chǎn)物的氣溶膠污染和EB對環(huán)境的污染，以及對人體的危害。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于SNP分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種用于檢測不結(jié)球白菜抗根腫病的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

傳統(tǒng)系譜法選育方法是不結(jié)球白菜育種家們普遍采用的育種方法，通過育種家們多年的努力，培養(yǎng)和創(chuàng)制了大量的優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)和抗病的不結(jié)球白菜新品種。然而，結(jié)合表型鑒定的傳統(tǒng)育種模式存在表型把控不準(zhǔn)、遺傳群體需求量大、人力成本高、育種周期長等缺陷，很難實(shí)現(xiàn)大規(guī)模商業(yè)化集成育種或是材料遺傳育種的改良。伴隨著分子生物學(xué)和生物信息學(xué)的發(fā)展，分子標(biāo)記輔助育種選擇(Molecular Assisted Selection,MAS)顯示了巨大的技術(shù)優(yōu)勢，實(shí)現(xiàn)了遺傳基礎(chǔ)與目標(biāo)現(xiàn)狀的有效結(jié)合，選擇含有目標(biāo)基因的材料(單株)進(jìn)行配組，實(shí)現(xiàn)了目標(biāo)性狀的精準(zhǔn)改良，能有效回避傳統(tǒng)育種方法的技術(shù)壁壘。

單個核苷酸變異(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)在物種的基因組上廣泛存在，包括：單個堿基的轉(zhuǎn)換或顛換、單個堿基(片段)插入或是缺失等形式，針對這些多態(tài)性位點(diǎn)逐步興起了新一代的SNP分子標(biāo)記技術(shù)。針對控制目標(biāo)性狀的基因開發(fā)功能SNP標(biāo)記，將性狀與基因型相關(guān)聯(lián)，進(jìn)而實(shí)現(xiàn)高效、精準(zhǔn)育種。現(xiàn)階段，適用于SNP標(biāo)記的檢測手段主要是凝膠電泳、熒光定量PCR和競爭性等位基因PCR(Kompetitive Allele SpecificPCR,KASP)。本發(fā)明所開發(fā)的標(biāo)記適用于KASP方法檢測SNP位點(diǎn)，該方法已經(jīng)陸續(xù)應(yīng)用于分子輔助育種、目標(biāo)性狀基因定位、種子純度及真實(shí)性鑒定等工作，具有成本低、通量高、實(shí)驗(yàn)操作安全和熒光信號采集數(shù)據(jù)準(zhǔn)確等優(yōu)勢。

根腫病是由蕓苔根腫菌(plasmodiophora brassicae Woron)侵染引致的十字花科作物根部病害，傳染性極強(qiáng)，能隨種子、肥料、雨水、灌溉水、蟲害、鼠害、農(nóng)事操作等多種途徑傳播，病原菌在土壤或種子上越冬，可在土壤中存活10年以上，病菌在9～23℃均可發(fā)育，土壤含水量70％～90％最易發(fā)病。根腫菌侵染植株后首先影響根毛的發(fā)育，幾周后進(jìn)入根的外皮層和中柱細(xì)胞，在這個過程中根腫菌在細(xì)胞內(nèi)繁殖，導(dǎo)致根組織異常增生，在增生部位膨大形成瘤狀的腫根，腫根的出現(xiàn)影響根系水分、物質(zhì)和能量的運(yùn)輸能力，受侵染的植物生長發(fā)育遲緩，使植株萎蔫、黃化和落葉，甚至整株死亡。不結(jié)球白菜是上海、長江中下游及以南地區(qū)，人們每日必食的、不可缺少的大眾化蔬菜。近年來，不結(jié)球白菜根腫病的發(fā)病趨勢越來越嚴(yán)重，給種植戶造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。根腫病的發(fā)病受到環(huán)境因素較大，且進(jìn)行田間和室內(nèi)鑒定費(fèi)時費(fèi)力，鑒定后的基質(zhì)處理也給環(huán)境和根腫病菌的二次傳播帶來問題，因此，開發(fā)適用于苗期高通量鑒定不結(jié)球白菜植株與抗根腫病性狀緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，有助于快速、有效地檢測不結(jié)球白菜對根腫病的抗性，有助于大規(guī)模的商業(yè)化分子育種，具有良好的應(yīng)用前景和經(jīng)濟(jì)價值。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是，提供一種用于檢測不結(jié)球白菜抗根腫病的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

本發(fā)明為上述目的所采用的技術(shù)方案如下：

一種用于檢測不結(jié)球白菜抗根腫病的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記為Br_K_070103，該Br_K_070103位于不結(jié)球白菜第7號染色體第201813113位堿基處，該處堿基為G的不結(jié)球白菜表現(xiàn)為抗病，該處堿基為T的不結(jié)球白菜表現(xiàn)為感病。