[發(fā)明專利]兩步基因組比較法設計貴州木霉NJAU 4742定量PCR特異性引物的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810768488.0
• 申請日: 2018-07-13
• 公開（公告）號: CN108949908B
• 公開（公告）日: 2019-12-27
• 發(fā)明（設計）人: 沈其榮;張楊;李榮;蔡楓;張建;龐冠
• 申請（專利權）人: 南京農(nóng)業(yè)大學;南京農(nóng)業(yè)大學淮安研究院
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6895;C12Q1/04;C12R1/885
• 代理公司: 32218 南京天華專利代理有限責任公司
• 代理人: 傅婷婷;徐冬濤

1.一種兩步基因組比較設計貴州木霉NJAU 4742定量PCR特異性引物的方法；其特征在于包括如下步驟：

（1）將NJAU 4742全基因組序列在NCBI和JGI數(shù)據(jù)庫中比對，選出沒有匹配的大于500bp的基因組片段，

（2）將篩選得到的片段與同胞菌株916全基因組一一比對，得到一系列具體區(qū)分菌株916的獨特堿基序列作為NJAU 4742全基因組引物序列設計的來源，利用Oligo 6軟件實施引物序列設計，設定產(chǎn)物大小為100-200bp，引物長度為22±2 bp，共設計10對引物；同時，選用由農(nóng)桿菌介導的gfp標記菌株gfp-NJAU 4742中插入的單拷貝片段按照上述參數(shù)設計三對引物作為對基于基因組設計的引物特異性的檢驗標準；另選用一對已報道哈茨木霉引物作為對照；

（3）選用gfp標記菌株gfp-NJAU 4742中的單拷貝片段設計的三對引物作為對基于基因組設計的引物特異性的檢驗標準，再通過與同屬不同種菌株依次交叉擴增特異性檢驗、土壤添加擴增特異性再檢測、盆栽土壤實際檢測步驟，篩選出如下兩對貴州木霉NJAU 4742定量PCR引物；P6：上游引物如SEQ ID NO.11所示和下游引物如SEQ ID NO.12所示；P7：上游引物如SEQ ID NO.13所示和下游引物如SEQ ID NO.14所示。

2.按照權利要求1所述的方法設計的貴州木霉NJAU 4742定量PCR特異性引物，其特征在于選自P6和P7中的任意一對；P6：上游引物如SEQ ID NO.11所示和下游引物如SEQ IDNO.12所示；P7：上游引物如SEQ ID NO.13所示和下游引物如SEQ ID NO.14所示。

3.權利要求2所述的貴州木霉NJAU 4742定量PCR特異性引物在制備貴州木霉NJAU4742定量PCR試劑盒中的應用。

4.權利要求2所述的貴州木霉NJAU 4742定量PCR特異性引物在貴州木霉NJAU 4742定量和/或定性檢測中的應用。