[發明專利]一種與蘇淮豬肌內脂肪含量相關的SNP標記引物對及其應用

在審

• 申請號: 201810757692.2
• 申請日: 2018-07-11
• 公開（公告）號: CN108949907A
• 公開（公告）日: 2018-12-07
• 發明（設計）人: 黃瑞華;王彬彬;李平華;周五朵;蒲廣;王歡;蘭亭旭;張倩;高琛;牛培培;張總平;李強
• 申請（專利權）人: 南京農業大學
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6888;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責任公司 32218
• 代理人: 傅婷婷;徐冬濤

本發明涉及一種與蘇淮豬肌內脂肪含量相關的SNP標記引物對及其應用。所述SNP標記位于豬14號染色體上的SCD基因的核苷酸序列上，所述SNP標記的位點為國際豬基因組11.1版本參考序列豬14號染色體含rs80912566核苷酸位點的分子標記，且具有C/T多態性，所述SNP標記與蘇淮豬肌內脂肪含量顯著相關(P<0.05)。一種用于檢測所述的SNP標記的引物對，上游引物為：SEQ ID NO：2，下游引物為：SEQ ID NO：3。本發明提供的SNP標記與蘇淮豬肌內脂肪相關，可以通過鑒定該SNP標記來篩選高肌內脂肪蘇淮豬品系，所得的高肌內脂肪蘇淮豬品系具有重要的經濟效益與社會價值。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，涉及一種與蘇淮豬肌內脂肪含量相關的SNP標記引物對及其應用。

背景技術

肌內脂肪(IMF)是影響肉質的一個重要指標。研究表明肌內脂肪含量與肉質相關的性狀(延展性、多汁性、口味等)呈正相關。豬肉是人們餐桌上的主要肉類之一。數據顯示，2016年中國年消費豬肉總量排名世界第一。人們對豬肉的喜愛程度可見一斑。80年代以來，為滿足國內市場對豬肉消費量的需求，各地普遍推廣應用杜長大雜交組合生產商品瘦肉豬，如杜洛克豬、長白豬、大白豬。但在追求高產的同時，也導致了豬肉品質的嚴重下降。近年來，伴隨著經濟增長，人們生活品質快速提升，對豬肉品質的要求也從數量轉變為同時追求質量和數量，市場需求方向的轉變引導著豬育種思路的改變。雖然肌內脂肪遺傳力較高(0.52)，但肌內脂肪活體測定難準確性不高，常規選育困難，因此鑒別影響蘇淮豬肌內脂肪的基因位點，利用分子標記輔助選育技術提升豬的肌內脂肪性狀具有重要意義。

蘇淮豬是由淮安市淮陰種豬場、南京農業大學、江蘇省畜牧總站和淮安市農業委員會等單位于1998年開始培育，2011年3月25日獲得國家畜禽遺傳資源委員會新品種授權，證書為“(農01)新品種證字第18號”。蘇淮豬是在新淮豬基礎上再導入大白豬血統，通過橫交、多世代選育而成，含新淮豬血統50％，大白豬血統50％。近期的一些研究發現，蘇淮豬肌內脂肪變異系數較大，且肌內脂肪含量平均值為(1.99±0.04)％，而根據眾多的研究結果表明，3.0％-4.0％的肌內脂肪含量是新鮮優質豬肉的一個理想范圍。由此可見，對蘇淮豬肉質的持續選育已迫在眉睫。

根據豬QTL數據庫網站(http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)知，目前在豬除16號染色體上沒有定位到影響肌內脂肪含量的QTL，其它染色體上都已定位到影響肌內脂肪的QTL，但大部分是利用微衛星標記定位的QTL，置信區間多在10-20cM，無法確定真正的主效基因及其關鍵變異位點，因此難以直接應用于種豬選育改良。

發明內容

本發明的目的在于針對豬傳統肌內脂肪選育耗時費力，選育效果不佳，提供與蘇淮豬肌內脂肪相關的SNP標記并將其開發為分子標記。

本發明的另一個目的在于提供用于檢測上述SNP標記的引物對和檢測方法。

本發明的另一個目的在于提供上述SNP標記的用途。

一種開發與蘇淮豬肌內脂肪性狀相關的分子標記的方法，以含有國際豬基因組11.1版本參考序列豬14號染色體rs80912566核苷酸位點的核苷酸序列為基礎序列，設計引物對，以蘇淮豬基因組DNA為模板進行PCR擴增，使國際豬基因組11.1版本參考序列豬14號染色體rs80912566核苷酸位點轉化為分子標記。

所述的引物對序列為上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。

按照上述的方法得到的分子標記。

所述的分子標記序列優選如SEQ ID NO：1所示，所述的國際豬基因組11.1版本參考序列豬14號染色體rs80912566核苷酸位點在SEQ ID NO：1中位于第288位，存在C/T多態性。