[發(fā)明專利]通過檢測糞便確定人體內(nèi)植物性來源小RNA的方法

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810566237.4
• 申請(qǐng)日: 2018-05-22
• 公開（公告）號(hào): CN108753940A
• 公開（公告）日: 2018-11-06
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 樊龍江;孫碩
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 浙江大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6869
• 分類號(hào): C12Q1/6869;G06F19/22
• 代理公司: 杭州中成專利事務(wù)所有限公司 33212
• 代理人: 周世駿

本發(fā)明涉及基因檢測技術(shù)領(lǐng)域，旨在提供一種通過檢測糞便確定人體內(nèi)植物性來源小RNA的方法。包括以下步驟：以常規(guī)方法采集人類糞便樣品；利用RNA提取試劑盒提取糞便樣品的總RNA；按照常規(guī)小RNA建庫流程和方法，構(gòu)建小RNA文庫；利用高通量測序技術(shù)平臺(tái)對(duì)糞便樣品中的小RNA進(jìn)行高通量測序；對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行小RNA數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析，以確定人體內(nèi)植物來源的miRNA及其豐度。本發(fā)明通過對(duì)人類糞便樣品進(jìn)行小RNA測序，利用生物信息學(xué)方法分別可以鑒定樣品中植物miRNA的種類和豐度，既可以利用糞便樣品代替血液分析人體內(nèi)植物miRNA豐度與飲食的關(guān)系，又能夠作為腸道微生物檢測的補(bǔ)充，提供更多信息。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于基因檢測技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及對(duì)人體內(nèi)小RNA樣品測序與分析，確定植物性來源小RNA的方法。

背景技術(shù)

不編碼蛋白質(zhì)的單鏈小分子RNA是近10年來發(fā)現(xiàn)的一類具有調(diào)控功能的新基因，microRNA(miRNA)是其中重要一種小分子RNA。miRNA長度為20～24個(gè)核苷酸，能夠通過序列配對(duì)，結(jié)合到靶基因mRNA上，特別是mRNA的3’端非翻譯區(qū)(3’-untranslational region,3’-UTR)。如果序列完全匹配，會(huì)造成目標(biāo)mRNA被切割，斷裂的mRNA之后會(huì)被降解。如果miRNA和目標(biāo)mRNA不完全互補(bǔ)結(jié)合，這將抑制mRNA翻譯成蛋白質(zhì)，而不影響mRNA的穩(wěn)定性。

近年來，植物性來源miRNA在人類血液中被大規(guī)模發(fā)現(xiàn)，如miR168，miR159等(Zhang等，2012，Cell Research；Chin等，2016，Cell Research)。植物miR159在血清里的含量和人類乳腺癌的發(fā)生增殖成負(fù)相關(guān)，提示該miRNA可能與癌癥發(fā)生有關(guān)，進(jìn)一步小鼠實(shí)驗(yàn)也證實(shí)了miR159抗乳腺癌的功效。

現(xiàn)有的植物性來源miRNA檢測主要是通過提取血清中的miRNA來鑒定人體血液中植物性小RNA。從植物miRNA角度來說，它們本身的序列特性、化學(xué)修飾以及和其他食物成分的相互作用會(huì)導(dǎo)致部分難以被人體吸收，因此許多植物miRNA很難在血液中被檢測到(Axtell等，2011，Genome biology)。另外，血液檢測無法檢測腸道微生物是否編碼植物性miRNA，同時(shí)抽血獲得血液過程相對(duì)復(fù)雜繁瑣。

人類糞便樣品包括人類腸道剝落組織、腸道微生物和攝入食物消化殘余物質(zhì)。腸道微生物長期與人類共生，參與對(duì)人體許多重要生理代謝的調(diào)控，其遺傳構(gòu)成與人類健康與疾病密切相關(guān)(Sommer等，2017，Nature Reviews Microbiology)。目前利用糞便樣品實(shí)現(xiàn)對(duì)來自人體內(nèi)有關(guān)植物miRNA的檢測技術(shù)未見報(bào)道。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明要解決的技術(shù)方案是，克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提出一種通過檢測糞便確定人體內(nèi)植物性來源小RNA的方法。

為解決技術(shù)問題，本發(fā)明采用如下技術(shù)方案：

提供一種通過檢測糞便確定人體內(nèi)植物性來源小RNA的方法，包括以下步驟：

(1)以常規(guī)方法(如采集盒取樣等)采集人類糞便樣品；

(2)利用RNA提取試劑盒(如BIOG RNA Stool Kit等)提取糞便樣品的總RNA；

(3)按照常規(guī)小RNA建庫流程和方法，構(gòu)建小RNA文庫；

(4)利用高通量測序技術(shù)平臺(tái)(如Illumina HiSeqTM 2500等)對(duì)糞便樣品中的小RNA進(jìn)行高通量測序；

(5)對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行小RNA數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析，以確定人體內(nèi)植物來源的miRNA及其豐度。