[發(fā)明專利]對RNA分子進(jìn)行處理的方法及試劑盒和復(fù)合體

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810565937.1
• 申請日: 2018-06-04
• 公開（公告）號: CN110551794B
• 公開（公告）日: 2023-05-30
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 江媛;徐旭;章文蔚;席陽;汪為茂;趙霞;任悍;王歐
• 申請（專利權(quán)）人: 完整基因有限公司;深圳華大智造科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京清亦華知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

本發(fā)明涉及基因測序領(lǐng)域，具體涉及一種對RNA分子進(jìn)行處理的方法及試劑盒和復(fù)合體。所述方法包括：基于所述RNA分子，形成第一RNA?DNA復(fù)合體，所述第一RNA?DNA復(fù)合體包括：雙鏈區(qū)，所述雙鏈區(qū)由匹配DNA單鏈和匹配RNA單鏈形成；DNA單鏈區(qū)，所述DNA單鏈區(qū)與所述匹配DNA單鏈的5’末端相連；以及RNA單鏈區(qū)，所述RNA單鏈區(qū)與所述匹配RNA單鏈的5’末端相連；在所述匹配RNA單鏈的3’末端連接具有平末端的雙鏈DNA接頭，以便獲得第二RNA?DNA復(fù)合體。還提供了一種對RNA處理的試劑盒。利用該方法和試劑盒，可以簡化接頭連接步驟，降低成本，以實現(xiàn)對小RNA的檢測或建庫測序。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因測序領(lǐng)域，具體涉及一種對RNA分子進(jìn)行處理的方法及試劑盒和復(fù)合體。

背景技術(shù)

小RNA(Small?RNA)是生命活動的一類重要調(diào)控因子，長約10～40nt，廣泛存在生物體中。它可通過參與調(diào)節(jié)mRNA降解、翻譯抑制、異染色質(zhì)形成等多種途徑，在生物體基因表達(dá)調(diào)控、生物個體發(fā)育、代謝及疾病的發(fā)生等過程中發(fā)揮著重要作用。

新一代高通量測序可以在一次測序中獲得樣本細(xì)胞中小RNA的序列信息，能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同疾病狀態(tài)下已知和未知的小RNA表達(dá)水平及其表達(dá)差異，為研究小RNA對細(xì)胞進(jìn)程的作用及其生物學(xué)影響提供了有力工具，尤其能通過測序鑒別新的小RNA。由于該技術(shù)的應(yīng)用，越來越多的小RNA被發(fā)現(xiàn)和功能鑒定。而它在細(xì)胞內(nèi)重要的調(diào)控功能，也使其具有作為疾病診斷標(biāo)記物或藥物靶標(biāo)的潛力，并將廣泛應(yīng)用于疾病診斷、個性化治療和預(yù)后等領(lǐng)域。

然后對于小RNA分子的測序手段還需要進(jìn)一步改進(jìn)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明旨在至少在一定程度上解決相關(guān)技術(shù)中的技術(shù)問題之一。為此，本發(fā)明的一個目的在于提出一種對RNA分子進(jìn)行處理的方法，可以借助于高通量測序常規(guī)建庫的酶及試劑，實現(xiàn)對小RNA的檢測或建庫測序，簡化接頭連接步驟，降低成本。

本發(fā)明是基于發(fā)明人的如下發(fā)現(xiàn)獲得的：

針對小RNA的測序或者分析技術(shù)，通常是將小RNA從總的RNA中分離出來，然后在小RNA的兩端加上特定接頭后，體外反轉(zhuǎn)錄成cDNA后，擴增后利用測序儀對于DNA片段進(jìn)行單向末端直接測序。而通過直接對小RNA連接接頭，反轉(zhuǎn)錄進(jìn)行測序或者分析的技術(shù)，存在一些技術(shù)上的難點以及成本較高的問題，主要表現(xiàn)在：由于建庫模板為RNA，比較難直接利用常規(guī)試劑進(jìn)行接頭的連接，需要利用特殊的酶進(jìn)行加接頭反應(yīng)，因此成本比較高。而且其次模板的片段太小，模板加上接頭后，比較難與各種dimer(二聚物)進(jìn)行分離。

為此，本發(fā)明提出了如下技術(shù)方案：

根據(jù)本發(fā)明的第一方面，本發(fā)明提出了一種對RNA分子進(jìn)行處理的方法，包括：基于所述RNA分子，形成第一RNA-DNA復(fù)合體，所述第一RNA-DNA復(fù)合體包括：雙鏈區(qū)，所述雙鏈區(qū)由匹配DNA單鏈和匹配RNA單鏈形成；DNA單鏈區(qū)，所述DNA單鏈區(qū)與所述匹配DNA單鏈的5’末端相連；以及RNA單鏈區(qū)，所述RNA單鏈區(qū)與所述匹配RNA單鏈的5’末端相連；在所述匹配RNA單鏈的3’末端連接雙鏈DNA接頭，以便獲得第二RNA-DNA復(fù)合體，所述雙鏈DNA接頭具有平末端。通過形成DNA和RNA的復(fù)合體結(jié)構(gòu)，可以用來捕獲RNA分子，尤其適用于捕獲小片段RNA分子，實現(xiàn)RNA分子核酸信息的捕獲，利于后續(xù)對RNA分子的建庫和測序。

根據(jù)本發(fā)明的實施例，以上對RNA分子進(jìn)行處理的方法可以進(jìn)一步附加如下技術(shù)特征：

根據(jù)本發(fā)明的實施例，利用T4連接酶在所述匹配RNA單鏈的3’末端連接所述雙鏈DNA接頭。T4連接酶或者稱T4DNA連接酶可以修補DNA-RNA復(fù)合體上的單鏈缺口，將雙鏈DNA接頭連接到所述匹配RNA單鏈的3’末端，從而可以利用DNA探針捕獲RNA分子，形成第二RNA-DNA復(fù)合體結(jié)構(gòu)，利于后續(xù)對RNA分子的建庫和測序。