[發(fā)明專利]西瓜肉色主效基因及其InDel分子標記和應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810532822.2
• 申請日: 2018-05-29
• 公開（公告）號: CN108676905B
• 公開（公告）日: 2021-08-24
• 發(fā)明（設計）人: 尚建立;馬雙武;閆勸勸;李娜;王吉明;周丹;李楠楠
• 申請（專利權）人: 中國農業(yè)科學院鄭州果樹研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 河南科技通律師事務所 41123
• 代理人: 張曉輝;樊羿

本發(fā)明公開了一種西瓜肉色主效基因及其InDel分子標記和應用，該西瓜肉色主效基因的InDel分子標記，位于西瓜6號染色體21861691bp處，核苷酸序列為GAGCCCGAGCCC。設計該InDel分子標記的引物，并提供一種西瓜肉色基因型的鑒定方法。設計該西瓜肉色主效基因的引物，并提供一種西瓜肉色基因表達水平的檢測方法。將所述的分子標記、所述引物或所述的方法在西瓜肉色分子標記輔助選擇中的應用。本發(fā)明的分子標記能夠在苗期準確快速的鑒定出西瓜紅肉或者粉肉，準確性高、檢測方便，不受環(huán)境因素的影響，可廣泛應用于西瓜肉色的鑒定和育種。

技術領域

本發(fā)明涉及基因育種技術領域，具體涉及一種西瓜肉色主效基因及其InDel分子標記和應用。

背景技術

西瓜（Citrullus lanatus）屬葫蘆科植物，西瓜有紅、粉、黃、白等瓤色，西瓜肉色的不同是由于所含類胡蘿卜素的組成與含量不同。西瓜紅色及粉色果肉中含有番茄紅素，以及少量的八氫番茄紅素、六氫番茄紅素、δ-胡蘿卜素、α-胡蘿卜素、葉黃素、玉米黃質和紫黃質等多種色素。

隨著DNA 分子標記技術的快速發(fā)展，西瓜肉色基因的研究有了一定的進展。呂品等通過對類胡蘿卜素合成代謝相關酶基因的轉錄調控的研究發(fā)現(xiàn)，其對不同瓤色西瓜果實類胡蘿卜素的組成具有十分重要的影響。合成酶基因（包含GGPS）的表達上調以及代謝酶基因 NCEDs 的表達下調導致紅瓤和粉瓤西瓜果實中積累大量的類胡蘿卜素。 中國專利文獻CN 104711353 A中，根據(jù)SNP 突變位點開發(fā)出一種與西瓜果肉顏色相關的CAPS分子標記MluI-6，該標記與西瓜番茄紅素β-環(huán)化酶基因緊密連鎖。中國專利文獻CN 105713971 A中，開發(fā)出與西瓜果肉顏色相關的InDel分子標記InDel19_fc6。

然而，經(jīng)本發(fā)明人長期研究發(fā)現(xiàn)，西瓜果實瓤色有關遺傳基因的鑒別、類胡蘿卜素合成代謝的調控機制等的研究仍較少，分子標記輔助選擇西瓜肉色育種應用仍不夠廣泛，選擇效率和準確率都比較低，如中國專利文獻CN 105713971 A中開發(fā)出與西瓜果肉顏色相關的分子標記InDel19_fc6在自然群體中驗證的準確率仍不夠高，對自然群體的驗證仍存在較大誤差。

因此，亟待開發(fā)一種與西瓜肉色緊密連鎖的、易于操作的、準確率更高的分子標記，以期可以極大加速基因定位，對西瓜肉色改良育種具有重大意義。

發(fā)明內容

本發(fā)明要解決的技術問題是提供一種西瓜肉色主效基因FC6-1及其InDel分子標記和應用，以期能夠在苗期準確快速的鑒定出西瓜果肉顏色，加快西瓜果肉顏色育種進程。

為解決上述技術問題，本發(fā)明采用如下技術方案：

研究篩選出一種西瓜肉色主效基因FC6-1的InDel分子標記，其位于西瓜6號染色體21861691bp處，其核苷酸序列為GAGCCCGAGCCC。

利用PERL自編程序提取插入缺失相應位置前后各500bp的序列，篩選出西瓜肉色主效基因FC6-1的InDel分子標記的引物如下：

上游引物序列為GACCCTGCATACGAGCCT；

下游引物序列為GGGATTGGAGCTGGAATT。

提供一種西瓜肉色基因型的鑒定方法，包括以下步驟：

（1）采用CTAB法提取西瓜葉片DNA；

（2）PCR擴增：利用上述InDel分子標記的引物對，對待測樣品進行PCR擴增；

所述擴增體系為：西瓜葉片總DNA (100ng/μL) 1μL、InDel分子標記上游引物 (10μM) 1μL、InDel分子標記下游引物 (10μM) 1μL、2 × Power Taq PCR MasterMix 12.5μL、ddH₂O 9.5μL；