[發明專利]一種樟屬及其近緣屬植物通用SSR分子標記及其開發方法和應用

有效

• 申請號: 201810475199.1
• 申請日: 2018-05-17
• 公開（公告）號: CN108642208B
• 公開（公告）日: 2022-01-18
• 發明（設計）人: 伍艷芳;徐海寧;劉新亮;鄭永杰;李江;楊海寬;汪信東;章挺;王建
• 申請（專利權）人: 江西省林業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 廣州科粵專利商標代理有限公司 44001
• 代理人: 劉明星

本發明公開了一種樟屬及其近緣屬植物通用SSR分子標記及其開發方法和應用。所述的樟屬及其近緣屬植物通用的微衛星標記，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.8所示。本發明提供了一組在樟屬及其近緣屬中可以直接應用于種內和種間，具有很好的通用性、實用性和穩定高效的多態性微衛星分子標記及其擴增引物。樟屬及其近緣屬植物由于遺傳背景不清晰，且受EST序列數量的限制，現階段難以大規模開發EST?SSR分子標記，本發明開發的通用型微衛星分子標記解決了的這一問題。

技術領域：

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種樟屬及其近緣屬植物通用SSR分子標記及其開發方法和應用。

背景技術：

微衛星(microsatellite)，又稱簡單重復序列(simple sequence repeat，SSR)，是指一類遍布于生物基因組中的由幾個核苷酸對(稱為核心序列，一般為1～6bps)為重復單位組成的簡單串聯重復。其重復次數在同一物種不同的遺傳型間是高度可變的，但這段重復的兩端卻是相對保守的單拷貝序列。

與其它標記技術相比，SSR分子標記具有以下特點：(1)在每個微衛星DNA兩端的序列多是相對保守的單拷貝序列，尤其在親緣關系相近的物種間是保守的，而且在一些緊密相關的物種中其重復單位和重復次數具有一定的相似性。(2)這些小的串聯排列的重復序列經常是通過核苷酸鏈的滑動錯配或者其它未知的過程來改變它們的長度，從而導致微衛星在數量上的差異。(3)微衛星的突變率高，因此造成了它們的多態性。微衛星寡聚核苷酸的重復次數在同一物種的不同基因型間差異很大。微衛星通常是復等位的，代表每個微衛星位點的等位基因數目高度可變。

由于SSR分子標記的諸多優點，已經被用于DNA指紋分析、功能基因定位以及QTL定位等，同時SSR標記也在諸多物種的種質資源鑒定中得到了很好的應用，在遺傳多樣性分析研究中也得到廣泛的利用，是目前應用最為廣泛的主要分子標記之一。在遺傳圖譜構建，物種的系統進化歷程分析，親緣關系鑒定和分子標記輔助育種等領域，SSR分子標記都有著重要的應用價值，并且還在不斷地被深入研究。

樟科植物種類繁多，多為喬木，是我國南方珍貴的經濟、用材、觀賞和生態樹種，在林業、輕工業、醫藥上都占有重要地位。其中，以閩楠、浙江楠等為代表的楠屬植物是我國珍貴的用材樹種，以樟樹、黃樟為典型代表的樟屬植物不僅是優良的用材樹種，也是輕工業和醫藥的重要原料樹種，具有重要的開發利用價值。目前，有關樟科植物分子標記的研究相對較少，KameyamaY采用構建富集文庫的方法開發了22對具有多態性的樟樹SSR分子標記，沉水樟、閩楠、紅楠等有少量的分子標記研究，但各有其缺點，難以滿足樟屬、楠屬等樟科植物遺傳多樣性、功能基因鑒定以及分子鑒別等研究的需要。楠屬和潤楠屬由于缺乏基因組序列信息，也受到EST序列數量的限制，尚未發現SSR標記開發相關研究的報道；因此目前楠屬和潤楠屬還沒有SSR分子標記被開發出來，也沒有能夠用于樟屬、楠屬和潤楠屬之間通用的SSR標記。因此，開發樟屬、楠屬和潤楠屬通用的微衛星分子標記，對于樟科植物野生資源的開發利用，開展屬間遠緣雜交育種以及分子水平研究具有重要意義，能夠更好的為樟科植物的群體遺傳分化與結構、群體的遺傳多樣性水平、群體間的基因流及交配系統等方面的研究服務。

發明內容：

本發明針對目前樟科植物基因組SSR標記開發難度大、SSR標記數量少的不足，提供樟屬及其近緣屬植物通用SSR分子標記及其開發方法和應用。

本發明的第一個目的是提供一種樟屬及其近緣屬植物通用的微衛星標記，其特征在于，所述的微衛星標記的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.8所示，其來源于樟樹全基因組TRF序列。

本發明的第二個目的是提供擴增上述樟屬及其近緣屬植物通用的微衛星標記的特異性引物，其特征在于，所述的特異性引物如下所示：

特異性引物Cc-32：F：CGTCGGCAAAATAAAAGGAA，R：GACGAAAATGAAAACGTCGG；(來源于SEQ ID NO.1的序列)