[發明專利]一種基于基因分型鑒定灘羊與非灘羊的方法

有效

• 申請號: 201810409670.7
• 申請日: 2018-05-02
• 公開（公告）號: CN110438234B
• 公開（公告）日: 2023-05-26
• 發明（設計）人: 馬青;蔣琳;李穎康;馬月輝;馬麗娜;劉繼強
• 申請（專利權）人: 寧夏農林科學院動物科學研究所;中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所;北京康普森生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;張立娜

1.一種基于基因分型鑒定灘羊與非灘羊的方法，包括如下步驟：檢測待測羊的基因組中11組SNP位點組合中各SNP位點處的核苷酸，確定所述待測羊對應于所述11組SNP位點組合的11個基因型；然后按照如下確定所述待測羊是否為灘羊：如果所述待測羊對應于所述11組SNP位點組合的11個基因型均符合相應組SNP位點組合的灘羊標準基因型，則所述待測羊為或候選為灘羊；如果所述待測羊對應于所述11組SNP位點組合的11個基因型均符合相應組SNP位點組合的非灘羊標準基因型，則所述待測羊為或候選為非灘羊；

所述11組SNP位點組合為如下(a1)-(a11)；(a1)-(a11)所示的11組SNP位點組合所對應的非灘羊標準基因型和灘羊標準基因型依次分別為(b1)-(b11)；

(a1)含有5個SNP位點，分別為CM001598.2:69009397、CM001602.2:49927473、CM001603.2:38707088、CM001603.2:46619514和CM001606.2:34435705；

(a2)含有5個SNP位點，分別為CM001582.2:86006851、CM001598.2:69009397、CM001600.2:45516740、CM001601.2:47737780和CM001603.2:46619514；

(a3)含有5個SNP位點，分別為CM001582.2:86006851、CM001583.2:42344562、CM001584.2:11650210、CM001584.2:12200323和CM001588.2:9423474；

(a4)含有5個SNP位點，分別為CM001592.2:57058734、CM001595.2:48968164、CM001598.2:69009397、CM001601.2:47737780和CM001603.2:38707088；

(a5)含有5個SNP位點，分別為CM001585.2:30868868、CM001589.2:75561002、CM001590.2:56924859、CM001598.2:69009397和CM001606.2:34435705；

(a6)含有5個SNP位點，分別為CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001598.2:45312379、CM001598.2:69009397和CM001603.2:46619514；

(a7)含有5個SNP位點，分別為CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001594.2:45477903、CM001594.2:80961940和CM001603.2:38707088；

(a8)含有5個SNP位點，分別為CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001593.2:1397868、CM001595.2:14087769和CM001602.2:49927473；

(a9)含有5個SNP位點，分別為CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001592.2:34421625、CM001592.2:53664048和CM001595.2:48968164；

(a10)含有5個SNP位點，分別為CM001584.2:79082958、CM001584.2:157466635、CM001601.2:47737780、CM001602.2:49927473和CM001603.2:38707088；

(a11)含有5個SNP位點，分別為CM001584.2:79082958、CM001585.2:5250467、CM001588.2:84941340、CM001595.2:43390933和CM001595.2:48968164；

所述11組SNP位點組合中的各SNP位點的物理位置是基于灘羊全基因組標準序列比對確定的，所述灘羊全基因組標準序列的版本號為Ovis.Aries?V4.0；

CM001582.2:86006851位于1號染色體上第86006851位，其脫氧核苷酸為G或T；

CM001583.2:42344562位于2號染色體上第42344562位，其脫氧核苷酸為T或C；

CM001584.2:11650210位于3號染色體上第11650210位，其脫氧核苷酸為T或C；

CM001584.2:12200323位于3號染色體上第12200323位，其脫氧核苷酸為C或G；

CM001584.2:79082958位于3號染色體上第79082958位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001584.2:157466635位于3號染色體上第157466635位，其脫氧核苷酸為C或T；

CM001585.2:5250467位于4號染色體上第5250467位，其脫氧核苷酸為C或G；

CM001585.2:30868868位于4號染色體上第30868868位，其脫氧核苷酸為T或C；

CM001588.2:9423474位于7號染色體上第9423474位，其脫氧核苷酸為A或C；

CM001588.2:84941340位于7號染色體上第84941340位，其脫氧核苷酸為A或C；

CM001589.2:75561002位于8號染色體上第75561002位，其脫氧核苷酸為C或G；

CM001590.2:56924859位于9號染色體上第56924859位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001592.2:34421625位于11號染色體上第34421625位，其脫氧核苷酸為T或C；

CM001592.2:53664048位于11號染色體上第53664048位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001592.2:57058734位于11號染色體上第57058734位，其脫氧核苷酸為C或G；

CM001593.2:1397868位于12號染色體上第1397868位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001594.2:45477903位于13號染色體上第45477903位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001594.2:80961940位于13號染色體上第80961940位，其脫氧核苷酸為A或C；

CM001595.2:14087769位于14號染色體上第14087769位，其脫氧核苷酸為A或T；

CM001595.2:43390933位于14號染色體上第43390933位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001595.2:48968164位于14號染色體上第48968164位，其脫氧核苷酸為T或G；

CM001598.2:45312379位于17號染色體上第45312379位，其脫氧核苷酸為T或C；

CM001598.2:69009397位于17號染色體上第69009397位，其脫氧核苷酸為A或C；

CM001600.2:45516740位于19號染色體上第45516740位，其脫氧核苷酸為A或C；

CM001601.2:47737780位于20號染色體上第47737780位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001602.2:49927473位于21號染色體上第49927473位，其脫氧核苷酸為T或C；

CM001603.2:38707088位于22號染色體上第38707088位，其脫氧核苷酸為T或C；

CM001603.2:46619514位于22號染色體上第46619514位，其脫氧核苷酸為A或G；

CM001606.2:34435705位于25號染色體上第34435705位，其脫氧核苷酸為C或G；

(b1)非灘羊標準基因型為如下任一：CC_TT_CC_AA_CG；CC_TC_CC_AA_GG；CC_TT_CC_AA_GG；CC_TC_TC_AA_GG；AC_TT_CC_AA_GG；AC_TT_CC_AA_CG；CC_CC_CC_AA_CG；AC_CC_TC_AA_GG；AC_CC_CC_AA_CG；CC_CC_CC_AA_GG；CC_TC_TC_AA_CG；CC_TT_TC_AA_GG；CC_TC_CC_AA_CG；CC_TT_TC_AA_CG；灘羊標準基因型為如下任一：CC_CC_TT_AA_CG；AA_CC_CC_AA_CG；CC_TC_TT_AA_CG；CC_CC_CC_GA_CC；AC_TC_TC_AA_CG；AC_CC_TC_AA_CG；CC_CC_TC_AA_CC；AC_TC_CC_AA_GG；AA_CC_TC_GA_CG；CC_CC_CC_GG_CG；AA_CC_CC_GG_CC；AC_CC_TC_GA_GG；AA_CC_TC_AA_CC；CC_CC_TT_GA_GG；AC_CC_CC_AA_CC；AC_CC_TC_GA_CC；

(b2)非灘羊標準基因型為如下任一：TT_CC_CC_GG_AA；TT_AC_CC_GG_AA；TT_CC_CC_AG_AA；TT_AC_AC_AG_AA；TT_CC_AC_AG_AA；TT_CC_AC_GG_AA；TT_CC_CC_AA_AA；灘羊標準基因型為如下任一：TT_AA_AC_AG_GA；TT_CC_AA_AG_AA；GT_AC_CC_AG_AA；TT_AC_AC_GG_AA；GG_AC_AC_GG_GA；TT_AC_CC_AG_AA；GT_AC_AC_AG_AA；GG_CC_CC_AG_GG；GG_AC_AC_AA_GA；TT_CC_AC_GG_GA；GT_AA_AC_AG_AA；GG_CC_AA_AA_GA；GT_AC_AC_AG_GA；TT_AC_AC_AA_GA；TT_CC_AC_AG_GA；

(b3)非灘羊標準基因型為如下任一：TT_TC_TT_CG_AC；TT_TT_TT_GG_AC；TT_TC_TT_GG_CC；TT_CC_CT_GG_CC；TT_TT_CT_GG_CC；TT_TT_TT_GG_CC；TT_CC_TT_GG_CC；TT_TT_TT_CG_CC；TT_TC_CT_GG_CC；TT_TC_TT_CG_CC；TT_TC_TT_GG_AC；GT_TT_TT_GG_CC；灘羊標準基因型為如下任一：TT_CC_CT_CG_CC；TT_TC_CC_GG_CC；TT_TT_CT_CC_CC；GT_CC_CT_CG_AC；GG_CC_TT_GG_AC；GT_CC_TT_GG_CC；TT_CC_TT_CG_AC；GG_TT_CC_CC_AA；TT_CC_CT_GG_AC；TT_CC_CC_CG_AA；GT_CC_CT_CG_CC；

(b4)非灘羊標準基因型為如下任一：CC_GT_CC_GG_CC；GC_TT_CC_GG_CC；GG_TT_CC_AG_TC；GG_GT_AC_GG_CC；GC_GT_CC_GG_CC；GC_TT_CC_AG_TC；CC_GT_AC_AG_CC；GC_TT_CC_GG_TC；GG_TT_AC_GG_TC；GG_TT_CC_GG_CC；CC_TT_CC_AG_CC；CC_TT_AC_GG_CC；GC_TT_CC_AG_CC；CC_TT_CC_GG_CC；CC_TT_CC_GG_TC；GC_GT_CC_AA_TC；GG_TT_CC_AG_CC；GG_GT_CC_GG_CC；GC_GT_CC_GG_TC；灘羊標準基因型為如下任一：CC_GT_AA_AG_TC；GC_GT_AC_GG_CC；GC_GT_AC_AG_TC；CC_GT_AA_AA_CC；GC_GG_AA_AG_TC；CC_GT_AC_AG_TT；CC_GG_CC_AA_CC；GC_GG_AC_GG_TC；CC_TT_AC_GG_TT；CC_GT_AC_AG_TC；CC_GG_CC_AG_TC；CC_GG_AC_AG_TC；CC_TT_CC_AG_TT；CC_GT_CC_AG_CC；CC_GG_AA_AG_CC；CC_TT_AC_AA_TC；CC_GG_AA_AG_TC；CC_GT_CC_AA_TT；CC_GG_AC_AG_TT；CC_GT_AC_AA_CC；CC_GT_AC_AA_TC；CC_TT_AC_AG_CC；

(b5)非灘羊標準基因型為如下任一：CC?GG?AA?CC?CG；CC?GG?GA?AC?GG；CC_GG_GA_CC_GG；CC_CC_GA_CC_CG；CC_CC_AA_CC_GG；TC_GG_GG_AC_GG；CC_CG_GG_CC_CG；CC_CG_GA_CC_GG；TC_CG_GA_AC_CG；CC_CG_GA_CC_CG；TC_CG_GA_AC_GG；CC_CG_GG_CC_GG；TC_CG_AA_CC_GG；CC_CG_AA_CC_GG；CC_GG_GG_CC_GG；CC_GG_GA_AC_CG；TC_GG_GG_CC_GG；TC_GG_GG_CC_CG；TC_GG_GA_CC_CG；TC_CG_GG_CC_CG；TC_GG_GA_CC_GG；灘羊標準基因型為如下任一：TC_CG_GA_AC_CC；TC_CC_GA_CC_CG；TT_CG_AA_AA_CG；CC_CC_AA_CC_CC；TT_CG_GA_AC_CG；TC_CC_GA_AC_CG；TT_CC_AA_CC_CC；TC_CG_AA_CC_CG；TC_CG_GA_CC_CG；TC_GG_GA_AC_GG；CC_CC_AA_CC_CG；TT_CG_GA_AA_CC；CC_CC_AA_AA_GG；TT_CC_GA_AC_CG；CC_CC_GA_AC_CC；(b6)非灘羊標準基因型為如下任一：CC_CA_CC_CC_AA；TC_AA_TC_CC_AA；CC_AA_CC_AC_AA；CC_CA_TC_CC_AA；CC_CA_TT_CC_AA；TC_CA_CC_AC_AA；CC_AA_CC_CC_AA；CC_AA_TC_CC_AA；TC_AA_CC_CC_AA；TC_CC_TC_CC_AA；CC_AA_TT_CC_AA；CC_CC_TC_CC_AA；TC_CA_CC_CC_AA；灘羊標準基因型為如下任一：TC_CA_TC_AA_GA；TC_AA_TT_CC_AA；TT_CC_TC_AA_AA；TT_AA_TT_AC_GA；TC_CA_TC_CC_AA；TC_AA_TC_AC_GA；TC_CC_TC_AC_AA；TC_AA_TT_AC_AA；TT_CC_CC_CC_AA；TC_AA_TC_AC_AA；TC_CA_TT_AC_GA；CC_CA_TT_CC_GA；TT_CC_TT_AA_AA；TC_CC_TC_CC_GA；TT_CC_TC_AC_GA；CC_CA_TT_AC_AA；

(b7)非灘羊標準基因型為如下任一：CC_CA_GG_AA_CC；TC_AA_GG_CA_CC；CC_CA_GG_AA_TC；TC_CA_GG_AA_CC；CC_AA_GG_CA_CC；TC_CA_GG_CA_CC；TC_AA_GG_CA_TC；CC_AA_GG_CA_TC；CC_CA_GG_CC_CC；CC_AA_GG_AA_CC；CC_CA_AG_AA_TC；TC_CC_GG_CA_CC；TC_AA_GG_AA_TC；TC_CA_AG_AA_CC；CC_CC_GG_AA_CC；TC_AA_AG_AA_CC；灘羊標準基因型為如下任一：TC_CA_AG_AA_TC；TC_AA_AG_AA_TC；TT_AA_GG_AA_TC；TT_CC_AG_AA_CC；TT_CC_GG_AA_TC；TT_AA_AG_AA_TC；TC_CA_AA_AA_TT；TC_CA_AA_AA_CC；TC_CC_AG_AA_TC；TC_CA_GG_AA_TC；TC_CA_GG_AA_TT；TT_CC_AG_AA_TC；TC_CC_AG_AA_CC；CC_CA_AG_AA_CC；

(b8)非灘羊標準基因型為如下任一：CC_CA_GG_AA_TT；CC_AA_GG_AA_TC；CC_CA_AG_AA_TT；CC_CA_GG_TT_TC；CC_CA_AG_AA_TC；TC_CA_AG_TA_TT；CC_AA_AG_TT_CC；CC_AA_AG_TA_TC；CC_AA_AA_TA_CC；TC_AA_AG_TT_CC；CC_AA_GG_TT_TC；TC_AA_GG_AA_TT；CC_AA_GG_TT_CC；CC_AA_AG_TA_CC；TC_AA_AG_TT_TC；CC_CA_AG_TT_CC；CC_AA_AG_TT_TC；CC_AA_AG_AA_CC；CC?AA?GG?AA?CC；CC?CA?GG?TA?TC；TC?CC?GG?AA?TT；TC?AA?GG?TA?CC；TC_AA_AG_AA_TC；CC_AA_GG_TT_TT；CC_AA_GG_TA_TT；CC_AA_AA_TA_TC；CC_CA_GG_TT_TT；CC_CC_GG_TA_CC；TC_AA_GG_TA_TC；TC_CA_GG_TT_TC；CC_AA_GG_TA_TC；TC_AA_AG_AA_TT；灘羊標準基因型為如下任一：TC_CA_AA_AA_TC；TC_CA_AG_AA_CC；TC_AA_AG_TA_CC；TT_CC_AA_AA_TC；TT_AA_AA_AA_CC；TC_AA_AG_TA_TC；TC_CC_AG_AA_CC；TC_CA_GG_AA_CC；TC_CA_AG_AA_TC；TC_AA_AG_AA_CC；TT_CC_GG_AA_CC；TC_CC_AA_AA_CC；CC_CA_AA_AA_TC；TT_CC_AA_AA_CC；TT_AA_GG_AA_CC；CC_CA_GG_AA_CC；

(b9)非灘羊標準基因型為如下任一：CC_CA_TT_GG_GT；TC_AA_TT_GG_GT；CC_AA_TT_AG_GT；TC_CA_TT_GG_GT；CC_AA_TT_GG_GT；CC_AA_CT_GG_TT；CC_AA_TT_GG_TT；TC_AA_TT_AG_GT；TC_AA_TT_GG_TT；CC_CA_TT_GG_TT；CC_CA_TT_AG_TT；TC_CC_TT_GG_TT；CC_CC_TT_AG_GT；TC_CA_TT_AG_TT；灘羊標準基因型為如下任一：TC_CA_TT_AG_GT；TT_AA_CT_AG_GT；TT_CC_TT_AG_GG；TC_AA_TT_AG_TT；TC_AA_TT_GG_GG；TT_CC_CT_AG_GG；TC_CA_TT_GG_TT；TC_CA_CT_GG_GT；CC_CA_TT_AG_GG；TT_CC_CT_AA_GG；TC_CC_CT_AG_GG；TC_CC_CT_AG_GT；TT_AA_TT_AA_TT；TT_CC_TT_AA_GT；CC_CA_CT_AG_TT；

(b10)非灘羊標準基因型為如下任一：AA_CC_GG_TT_CC；AA_CT_GG_TT_CC；GA_CT_GG_TT_CC；GA_CC_AG_TC_TC；GA_CC_AG_CC_CC；GA_CT_GG_TC_TC；GA_CC_GG_TC_CC；AA_CT_GG_CC_CC；GA_CT_AG_CC_CC；AA_CT_AG_CC_CC；GA_TT_GG_CC_CC；AA_CC_AG_CC_CC；AA_CT_AG_TC_TC；AA_CT_GG_TC_TC；GG_TT_GG_TT_CC；GA_TT_AA_TT_TC；GG_CC_AG_TC_CC；GA_CC_AG_TT_CC；GA_CT_AG_TC_CC；AA_CC_GG_CC_CC；GA_TT_GG_TC_CC；AA_CC_GG_TC_CC；GA_CT_GG_TC_CC；AA_CC_GG_TT_TC；灘羊標準基因型為如下任一：GA_CT_AG_TC_TC；AA_TT_GG_CC_CC；GA_CT_AG_CC_TT；GG_TT_AG_TC_TT；GG_TT_GG_TC_TT；GG_CT_GG_TC_CC；GG_CT_AA_CC_CC；GG_CT_GG_TC_TC；GG_CT_GG_TC_TT；AA_TT_AG_CC_TC；GA_CT_GG_CC_TC；GA_TT_AG_CC_TC；AA_CT_AA_CC_TC；AA_CT_AG_TC_CC；GG_TT_AG_CC_TC；GG_TT_AG_CC_CC；GG_CT_AG_CC_CC；GG_CT_AA_CC_TC；GG_TT_GG_TC_TC；GG_TT_AA_CC_CC；GA_TT_AA_CC_TC；GA_TT_AG_CC_CC；

(b11)非灘羊標準基因型為如下任一：AA_GC_CA_AG_GT；GA_GC_AA_AG_GT；GG_GC_AA_GG_GT；AA_CC_CA_AG_TT；GA_GC_CA_AG_TT；AA_CC_CA_GG_GT；GA_GC_AA_GG_GT；GA_CC_AA_AA_GT；GA_CC_AA_AG_TT；AA_GG_AA_AG_TT；GA?CC?AA?GG?TT；AA?GG?AA?GG?TT；AA?CC?AA?GGTT；GA?GC?AA?GG?TT；AA_GC_AA_GG_TT；AA_GC_CA_AG_TT；AA_CC_AA_AG_TT；GA_GC_AA_AG_TT；AA_GC_AA_AG_TT；AA_CC_CA_GG_TT；GA_CC_CC_AG_TT；AA_CC_AA_AA_TT；GG_CC_AA_GG_TT；GA_CC_CA_AG_GT；AA_CC_CC_AG_GT；GA_CC_AA_AA_TT；AA_CC_AA_GG_GT；灘羊標準基因型為如下任一：AA_GC_AA_GG_GT；AA_GC_CC_AG_GT；GA_GC_CA_AA_GT；GA_GG_CA_AG_TT；GA_GG_AA_AG_GG；AA_GG_CC_AG_GG；GG_GC_CC_AA_GT；GG_GC_CA_AG_GT；GG_GC_CC_AA_GG；GG_GC_CA_AA_TT；GA_GC_CA_AG_GG；GG_GC_CC_AG_GG；GG_CC_CC_AA_GG；GG_GC_CC_AG_GT；GA_GC_CA_AG_GT；GA_GC_CC_AG_GT；AA_GG_CC_GG_GT。