[發明專利]用于癌癥樣本miRNA測序定量結果評價的試劑、制備方法和應用

有效

• 申請號: 201810356012.6
• 申請日: 2018-04-19
• 公開（公告）號: CN108707663B
• 公開（公告）日: 2022-03-08
• 發明（設計）人: 宗亮;丁芬;姚秋林;田志堅;唐美芳
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭家恩

1.一種用于人癌癥樣本miRNA測序定量結果評價的試劑，其特征在于：所述試劑包括SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.8所示序列的RNA；

SEQ ID NO.1：5’-GAGCCAUGCAUUAUAUGCCAG-3’

SEQ ID NO.2：5’-UAUGCCAGAAGUCUCACGGCC-3’

SEQ ID NO.3：5’-CCUAACGUGCCUAUGCGCAGAA-3’

SEQ ID NO.4：5’-UGCGCAGACAUAAAAGCGAU-3’

SEQ ID NO.5：5’-AAGCGAUUACGACAUUAGGAU-3’

SEQ ID NO.6：5’-AUGUGAAUGACCGGUACCCA-3’

SEQ ID NO.7：5’-GUACCCAUGUGAAGAUCGCGCU-3’

SEQ ID NO.8：5’-UAUUGAUCGCGCUGAGCCAUG-3’。

2.根據權利要求1所述的試劑的制備方法，其特征在于：包括以下步驟，

(1)從miRNA公共數據庫中導出人源miRNA的所有序列，統計其長度分布和GC％分布；

(2)隨機生成一系列設定長度的RNA短序列，并從隨機生成的RNA短序列中篩選出長度分布和GC％分布分別落在步驟(1)統計的長度分布和GC％分布統計值上下四分位數間的RNA序列，作為第一短序列集合；

(3)將所述第一短序列集合中的所有RNA序列分別與人類基因組和miRNA公共數據庫進行比對，將能夠比對匹配上的RNA序列刪除，剩余的RNA序列作為第二短序列集合；

(4)計算步驟(1)導出的人源miRNA所有序列的最低自由能MFE，并統計MFE分布；

(5)計算步驟(3)獲得的所述第二短序列集合中所有RNA序列的MFE，并篩選出RNA序列的MFE落在步驟(4)統計的人源miRNA的MFE統計值上下四分位數間的RNA序列，作為第三短序列集合；

(6)統計步驟(1)導出的人源miRNA所有序列的首位及末位堿基分布，統計所述第三短序列集合中所有RNA序列的首位及末位堿基分布，并篩選出RNA序列的首位及末位堿基分布與人源miRNA的首位及末位堿基分布一致的RNA序列，即獲得SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.8所示序列的RNA。

3.根據權利要求2所述的制備方法，其特征在于：所述步驟(2)中，設定長度為20-22nt。

4.根據權利要求2所述的制備方法，其特征在于：所述步驟(1)中，所述miRNA公共數據庫為miRBase數據庫。

5.根據權利要求2-4任一項所述的制備方法，其特征在于：所述步驟(4)和步驟(5)中，MFE采用RNAfold計算。

6.根據權利要求1所述的試劑在非診斷治療目的的人癌癥樣本miRNA測序定量結果評價、人癌癥樣本miRNA測序質量分析或靶標miRNA定量檢測中的應用。