[發明專利]基于二代測序的插入缺失突變檢測方法、裝置和存儲介質

有效

• 申請號: 201810273763.1
• 申請日: 2018-03-29
• 公開（公告）號: CN108690871B
• 公開（公告）日: 2022-05-20
• 發明（設計）人: 陳龍昀;李淼;高志博;王佳茜;陳超;楊潔
• 申請（專利權）人: 深圳裕策生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6869;G16B20/50
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭愿潔

本申請公開了一種基于二代測序的插入缺失突變檢測方法、裝置和存儲介質。本申請方法包括，利用待測樣本比對到參考基因組的文件，提取突變等位基因頻率大于或等于閾值的候選突變位點集合；過濾去除在短串聯重復區域的位點；詳細統計各突變位點及其周圍的比對信息，包括：InDel位點和參考堿基支持數、比對質量、覆蓋深度、周圍非參考堿基和其他插入缺失突變情況、周圍讀段質量；根據統計信息，過濾去除未達設定閾值的位點，得到突變結果。本申請方法，無需局部組裝，預先對二代測序數據進行過濾，快速排除大部分由比對造成的假陽性結果，降低檢測運行時間和計算資源，提高了檢測效率；敏感性和特異性強，能快速精準檢測InDel突變。

技術領域

本申請涉及基因突變檢測領域，特別是涉及一種基于二代測序的插入缺失突變檢測方法、裝置和存儲介質。

背景技術

癌癥是全球最主要的非傳染性疾病之一，也是死亡率很高的一種病種，在我國，每年有接近430萬人被診斷為癌癥，有超過280萬人死于癌癥。

抗腫瘤靶向藥物是目前治療癌癥較為有效的手段，部分靶向藥的靶點是針對關鍵基因的插入缺失突變，以下簡稱InDel突變，發揮作用的。一般臨床上建議這些藥物在用于腫瘤治療前對相應的靶標基因進行檢測，以確定是否適合使用靶向藥或者使用哪種藥物。

目前常見的檢測基因InDel突變的方法有PCR法、一代測序和二代測序，其中一代測序即Sanger測序法。PCR法具有敏感性高的特點，且技術已經成熟，但每對引物只能檢測一種突變，無法同時檢測太多樣品和位點，通量較低，不適用于臨床上大量樣本的多靶標篩選或檢測。Sanger測序法的成本較低，但所需樣品用量大，且對低頻突變的檢測敏感性低。二代測序具有通量高的特點，測序成本也在逐年下降，但目前檢測InDel常用的方法工具，例如，Varscan檢測特異性不高，Strelka對低頻的檢測敏感性偏低，而Mutect2因為使用了局部組裝步驟導致運行時間過長，以上常用方法和工具都不能很好地滿足腫瘤臨床檢測的需求。因此，亟需研發一種新的基于二代測序的能快速精準檢測InDel突變的方法或裝置，以滿足腫瘤臨床檢測的使用需求。

發明內容

本申請的目的是提供一種新的基于二代測序的插入缺失突變檢測方法、裝置和存儲介質。

為了實現上述目的，本申請采用了以下技術方案：

本申請的第一方面公開了一種基于二代測序的插入缺失突變檢測方法，包括以下步驟，

候選位點提取步驟，包括利用待測樣本的測序結果比對到參考基因組的文件，提取突變等位基因頻率大于或等于設定的突變等位基因頻率閾值的插入缺失突變位點，作為候選突變位點集合；

初級過濾步驟，包括過濾去除候選突變位點集合中在短串聯重復區域的插入缺失突變位點；

詳細統計步驟，包括詳細統計候選突變位點集合中各插入缺失突變位點及其周圍的比對信息，比對信息包括如下至少一項：候選插入缺失突變位點和參考堿基支持數、比對質量、覆蓋深度、周圍非參考堿基和其他插入缺失突變情況、周圍讀段質量；

高級過濾步驟，包括根據詳細統計步驟的統計信息，過濾去除未達到設定閾值的插入缺失突變位點，得到插入缺失突變結果。

本申請的第二方面公開了另一種基于二代測序的插入缺失突變檢測方法，即存在對照樣本的插入缺失突變檢測方法，包括以下步驟，

候選位點提取步驟，包括利用待測樣本和對照樣本的測序結果比對到參考基因組的文件，提取突變等位基因頻率大于或等于設定的突變等位基因頻率閾值、且Fisher單邊檢驗的P值小于設定的檢驗閾值的插入缺失突變位點，作為候選突變位點集合；其中，對照樣本是與所述待測樣本來源于同一檢測對象的樣本；

初級過濾步驟，包括過濾去除候選突變位點集合中在短串聯重復區域的插入缺失突變位點；