[發明專利]基于二代測序的插入缺失突變檢測方法、裝置和存儲介質

有效

• 申請號: 201810273763.1
• 申請日: 2018-03-29
• 公開（公告）號: CN108690871B
• 公開（公告）日: 2022-05-20
• 發明（設計）人: 陳龍昀;李淼;高志博;王佳茜;陳超;楊潔
• 申請（專利權）人: 深圳裕策生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6869;G16B20/50
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭愿潔

1.一種基于二代測序的非診斷治療目的的插入缺失突變檢測方法，其特征在于：包括以下步驟，

候選位點提取步驟，包括利用待測樣本的測序結果比對到參考基因組的文件，提取突變等位基因頻率大于或等于設定的突變等位基因頻率閾值的插入缺失突變位點，作為候選突變位點集合；

初級過濾步驟，包括過濾去除候選突變位點集合中在短串聯重復區域的插入缺失突變位點；

詳細統計步驟，包括詳細統計候選突變位點集合中各插入缺失突變位點及其周圍的比對信息，所述比對信息包括如下至少一項：候選插入缺失突變位點和參考堿基支持數、比對質量、覆蓋深度、周圍非參考堿基和其他插入缺失突變情況、周圍讀段質量；

高級過濾步驟，包括根據所述詳細統計步驟的統計信息，過濾去除未達到設定閾值的插入缺失突變位點，得到插入缺失突變結果；

所述高級過濾步驟中，根據所述詳細統計步驟的統計信息，過濾去除未達到設定閾值的插入缺失突變位點，具體包括：

1）由比對錯誤造成的跟下游SNP位點互斥的假陽性插入突變；

2）由PCR擴增造成的假陽性突變；

3）突變支持數低于設定閾值和/或位點覆蓋深度低于設定閾值的結果；

4）待測樣本中突變等位基因頻率低于設定閾值的結果；

5）其他低質量或高質量堿基占比超過設定閾值的待檢測位點，其中，所述低質量或高質量堿基包括非參考堿基和插入缺失突變；

6）在假陽性位點數據庫中的突變位點；

7）周圍有其他插入缺失富集的突變位點；

8）周圍比對質量差，錯配堿基數高于設定閾值的突變位點；使用Fisher單邊檢驗，支持突變的錯配讀段比例顯著高于支持參考堿基的錯配讀段比例；

9）支持突變的插入缺失富集在讀段末端或某個鏈方向；

10）使用秩和檢驗，支持突變的比對質量值不顯著高于設定閾值的結果；

11）使用Fisher單邊檢驗，支持突變的軟剪切讀段比例顯著高于支持參考堿基的軟剪切讀段比例；

所述候選位點提取步驟中，所述突變等位基因頻率閾值為1%。

2.根據權利要求1所述的插入缺失突變檢測方法，其特征在于：所述詳細統計步驟之前，先過濾去除低質量的比對結果，所述低質量的比對結果包括如下至少一項：長度低于設定閾值的讀段，堿基質量值低于設定閾值的堿基，插入片段異常的讀段，存在多個插入或缺失的讀段，低質量堿基占比超過設定閾值的讀段，存在錯配堿基數超過設定閾值的讀段，待檢測位點周圍存在點錯配堿基數超過設定閾值的讀段，待檢測位點同時被雙端的一對讀段覆蓋但在該位點上堿基不一致的成對讀段。

3.根據權利要求1所述的插入缺失突變檢測方法，其特征在于：所述高級過濾步驟還包括，根據假陽性位點數據庫，過濾去除出現在所述假陽性位點數據庫中的假陽性位點。