[發(fā)明專利]PslG蛋白或其編碼序列在檢測微生物數(shù)量方面的應(yīng)用和方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810154326.8
• 申請日: 2018-02-22
• 公開（公告）號: CN108660123B
• 公開（公告）日: 2020-10-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 馬旅雁;王迪;張妙坤;趙天湖;王世偉
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學(xué)院微生物研究所;中國科學(xué)院大學(xué)
• 主分類號: C12N9/24
• 分類號: C12N9/24;C12N15/56;C12Q1/06;C12R1/385;C12R1/38
• 代理公司: 成都七星天知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 51253
• 代理人: 楊永梅

本發(fā)明公開了PslG蛋白或其編碼序列在檢測微生物數(shù)量方面的應(yīng)用和方法，具體為：本發(fā)明提供了胞外多聚物降解酶，特別是多糖水解酶PslG在檢測生物被膜或含菌團(tuán)的菌液的微生物數(shù)量方面的應(yīng)用和方法。所述方法包括使用組合物抑制、分散或瓦解微生物形成的生物被膜或菌團(tuán)，從而檢測所述微生物的數(shù)量。所述組合物包括PslG蛋白。本發(fā)明還提供了所述PslG蛋白的氨基酸序列和編碼基因序列。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及胞外多聚物降解酶，特別是多糖水解酶PslG在檢測生物被膜或含菌團(tuán)的菌液的微生物數(shù)量方面的應(yīng)用和方法。

背景技術(shù)

生物被膜(biofilm)是指微生物在物體表面通過黏附生長并用自身分泌的胞外多聚物(extracellular polymeric substances,EPS)包裹所形成的高度組織化、系統(tǒng)化的多細(xì)胞群體結(jié)構(gòu)，與人類的生產(chǎn)、生活息息相關(guān)。菌團(tuán)(bacterial aggregate)是指微生物在液體中震蕩培養(yǎng)時(shí)，由于菌體細(xì)胞被EPS包裹而形成的微生物聚集體,通常表現(xiàn)為菌液結(jié)團(tuán)或絮凝現(xiàn)象。一些臨床菌株，例如，銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)的皺褶型小菌落突變株(rugose small colony variants,RSCV)，由于胞外多糖Psl的大量合成，在液體培養(yǎng)的時(shí)候特別容易結(jié)團(tuán)。其他假單胞菌屬細(xì)菌，例如施氏假單胞菌(Pseudomonasstutzeri)也會(huì)在一些生長培養(yǎng)基中結(jié)團(tuán)成絮凝狀。在EPS的包裹下，菌團(tuán)或生物被膜群體中的菌細(xì)胞很難被打散成游離的單細(xì)胞菌懸液，因此，直接使用常規(guī)的細(xì)胞計(jì)數(shù)方法進(jìn)行測量是無法準(zhǔn)確反映出樣品的真實(shí)菌量的。需要一種準(zhǔn)確、便捷的方法檢測生物被膜或菌團(tuán)中的微生物數(shù)量。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明旨在提供胞外多聚物降解酶，特別是多糖水解酶PslG在檢測生物被膜或含菌團(tuán)的菌液中的微生物數(shù)量方面的應(yīng)用和方法。

本發(fā)明的一個(gè)方面提供了一種PslG蛋白及其編碼序列的用途。所述PslG蛋白及其編碼序列用于抑制、分散或瓦解微生物形成的生物被膜或菌團(tuán)，以檢測所述微生物的數(shù)量。

在一些實(shí)施例中，所述PslG蛋白選自：(i)具有SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列的蛋白；(ii)將SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列經(jīng)過一個(gè)或幾個(gè)氨基酸殘基的取代、缺失或添加而形成的、具有抑制、分散或瓦解所述生物被膜或所述菌團(tuán)的能力的由(i)衍生的蛋白；或者(iii)氨基酸序列與SEQ ID NO:2所示序列的同源性≥95％的具有抑制、分散或瓦解所述生物被膜或所述菌團(tuán)的能力的蛋白。

在一些實(shí)施例中，所述PslG蛋白的編碼序列選自：(1)編碼SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列的核苷酸序列；(2)SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列；(3)核苷酸序列與SEQ ID NO:1所示序列的同源性≥95％的核苷酸序列；(4)將SEQ ID NO:1所示多核苷酸的5’端和/或3’端截短或添加1-60個(gè)核苷酸的核苷酸序列；或者(5)與(1)-(4)任一所述的核苷酸序列互補(bǔ)的核苷酸序列。

本發(fā)明的另一個(gè)方面提供了一種檢測微生物數(shù)量的方法。所述方法包括使用組合物分散或解離微生物形成的生物被膜或菌團(tuán)，其中所述組合物包括PslG蛋白。所述方法還包括檢測所述微生物的數(shù)量。微生物的計(jì)數(shù)包括但不限于下述方法：分光光度計(jì)光密度值(OD)測量法，菌落計(jì)數(shù)，血球計(jì)數(shù)版計(jì)數(shù)，流式細(xì)胞儀計(jì)數(shù)等

在一些實(shí)施例中，所述PslG蛋白選自：(i)具有SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列的蛋白；(ii)將SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列經(jīng)過一個(gè)或幾個(gè)氨基酸殘基的取代、缺失或添加而形成的、具有抑制、分散或解離所述生物被膜或所述菌團(tuán)的能力的由(i)衍生的蛋白；或者(iii)氨基酸序列與SEQ ID NO:2所示序列的同源性≥95％的具有抑制、分散或解離所述生物被膜或所述菌團(tuán)的能力的蛋白。