[發(fā)明專利]茶樹壞死環(huán)斑病毒的全基因序列及其檢測方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810084968.5
• 申請日: 2018-01-29
• 公開（公告）號: CN108165535B
• 公開（公告）日: 2020-12-01
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 郝心愿;張偉富;王新超;楊亞軍
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所
• 主分類號: C12N7/00
• 分類號: C12N7/00;C12N15/40;C12N15/11;C07K14/08;C12Q1/70;C12Q1/686;C12Q1/6851;C12R1/94
• 代理公司: 杭州浙科專利事務(wù)所(普通合伙) 33213
• 代理人: 吳秉中

本發(fā)明公開了一種茶樹壞死環(huán)斑病毒及其全基因序列，以及茶樹壞死環(huán)斑病毒的檢測方法，所述的茶樹壞死環(huán)斑病毒基因組組序列及編碼蛋白序列如SEQ ID NO:1所示，根據(jù)病毒的全基因序列設(shè)計出4對引物，并建立了病毒的定性和定量檢測，本發(fā)明設(shè)計的引物具有特異性強(qiáng)、結(jié)果可靠，在普通PCR檢測和熒光定量PCR檢測中都有穩(wěn)定可靠的表現(xiàn)，本發(fā)明所提供的引物信息及檢測方法，可以為生產(chǎn)中快速鑒定存在葉色變異的茶樹品種是否感染了茶樹壞死環(huán)斑病毒提供快速可靠的檢測方法，也為科學(xué)研究中對病毒含量的準(zhǔn)確檢測提供了依據(jù)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子生物工程技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種茶樹壞死環(huán)斑病毒的全基因序列及其檢測方法。

背景技術(shù)

茶樹為多年生常綠木本植物，廣泛種植于中國、印度、斯里蘭卡、肯尼亞和日本等國。茶樹也是一種重要的經(jīng)濟(jì)作物，為世界茶葉消費(fèi)提供原材料。近年來茶樹葉色變異品種越來越受到重視，如較早的安吉白茶以及近來的黃金芽、中黃、中紫系列等。不同葉色的茶樹品種為茶樹育種提供了更豐富的種質(zhì)材料，也為茶葉的多元化消費(fèi)提供了可能。

利用宏基因組技術(shù)在茶樹黃色變異枝條中檢測了一種可能引起葉色黃花及壞死環(huán)斑癥狀的茶樹病毒—茶樹壞死環(huán)斑病毒（tea plant necrotic ring blotch virus,TPNRBV），以病毒感染的茶樹葉片為植物材料，通過RNA提取及RACE克隆的方法獲得了該病毒的完整基因組信息，并進(jìn)行了深入分析。根據(jù)該病毒的基因組序列特性，設(shè)計了4對引物，用于檢測該病毒在茶樹及其他有機(jī)體中的存在。我們設(shè)計的引物具有特異性強(qiáng)、結(jié)果可靠，在普通PCR檢測和熒光定量PCR檢測中都有穩(wěn)定可靠的表現(xiàn)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種茶樹壞死環(huán)斑病毒及其全基因序列。

本發(fā)明的另一目的是提供一種茶樹壞死環(huán)斑病毒的檢測方法。

為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的目的，本發(fā)明采用的技術(shù)方案如下：

茶樹壞死環(huán)斑病毒，其特征在于，該茶樹壞死環(huán)斑病毒的基因組序列一共包含4段，對應(yīng)為TPNRBV-RNA1，TPNRBV-RNA2，TPNRBV-RNA3，TPNRBV-RNA4，每段末端均有長度不一的poly(A)結(jié)構(gòu)，TPNRBV-RNA1，TPNRBV-RNA2，TPNRBV-RNA3，TPNRBV-RNA4 核苷酸序列的長度分別為5922 nt，4107 nt，2678 nt，2272 nt，TPNRBV-RNA1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，TPNRBV-RNA2的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，TPNRBV-RNA3的核苷酸序列如SEQ IDNO.5所示，TPNRBV-RNA4的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示。

本發(fā)明提供了TPNRBV-RNA1在第135-5720堿基位置存在完整的開放閱讀框，編碼一個1861個氨基酸殘基的甲基轉(zhuǎn)移酶和解旋酶復(fù)合體；TPNRBV-RNA2在第120-3755堿基位置存在完整的開放閱讀框，編碼一個1211個氨基酸殘基的解旋酶-RNA聚合酶復(fù)合體；TPNRBV-RNA3則包含4個開放閱讀框，分別編碼123、250、195和210個氨基酸長度的未知功能蛋白，該4個開放閱讀包括在第97-468堿基位置存在的開放閱讀框、在第514-1266堿基位置存在的開放閱讀框、在第1278-1865堿基位置存在的開放閱讀框、在第1918-2550堿基位置存在的開放閱讀框；TPNRBV-RNA4在第384-1331堿基位置存在完整的開放閱讀框，編碼一個315個氨基酸殘基的移動蛋白。