[發(fā)明專利]一種凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法

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• 申請?zhí)枺?/td>: 201810011244.8
• 申請日: 2018-01-05
• 公開（公告）號: CN108467893A
• 公開（公告）日: 2018-08-31
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 鐘聲平;趙艷飛;宋志飛;王賢豐
• 申請（專利權(quán)）人: 廣西壯族自治區(qū)海洋研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6827
• 代理公司: 北海市佳旺專利代理事務(wù)所(普通合伙) 45115
• 代理人: 黃建中

本發(fā)明公開的是一種凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法，包括以下步驟：（1）篩選候選序列（2）篩選候選微衛(wèi)星位點（3）設(shè)計特異性引物。本發(fā)明在沒有已知的凡納濱對蝦全基因組DNA微衛(wèi)星多態(tài)性位點的信息下，通過轉(zhuǎn)錄組混合樣測序，構(gòu)建轉(zhuǎn)錄序列，利用生物信息學(xué)分析篩選comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性位點；為凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性篩選及檢測打下基本，在此基本上可采用軟件primer 3設(shè)計特異性引物，不僅可便捷的通過聚丙酰胺凝膠電泳完成凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性檢測、驗證及基因分型，而且篩選檢測費用低、操作簡便快速。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于凡納濱對蝦DNA分子遺傳標(biāo)記技術(shù)，涉及的是一種凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法。

背景技術(shù)

凡納濱對蝦(Litopenaeus vannamei)，俗稱南美白對蝦；因其全身不具斑紋，步足常呈白堊狀，又稱白肢蝦，其原產(chǎn)于中南美洲，野生種群廣泛分布于墨西哥到智利的太平洋等沿岸海域，凡納濱對蝦的人工養(yǎng)殖始于上世紀(jì)70年代，我國則在80年代末期引種開展人工繁育研究。因其對白斑病毒(WSSV)具有較好的抵抗力，所以2000年后我國的凡納濱對蝦產(chǎn)量呈爆發(fā)式增長，在2016年我國的養(yǎng)殖總產(chǎn)量已達(dá)93萬噸，占對蝦養(yǎng)殖總產(chǎn)量的73％以上，是我國最重要對蝦養(yǎng)殖品種。伴隨著對蝦養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，不僅對種苗的需求逐年提高，而且由于養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)的高風(fēng)險，對于種苗的經(jīng)濟性狀的要求也逐年提升，生長快，抗逆優(yōu)良的品種最受養(yǎng)殖戶青睞。然而，現(xiàn)階段我國的凡納濱對蝦苗種市場長期被國外進口的優(yōu)良種苗占領(lǐng)。開展凡納濱對蝦的遺傳改良和品種選育，開發(fā)自主知識產(chǎn)權(quán)的品種迫在眉睫。目前我國凡納濱對蝦的遺傳選育還是以傳統(tǒng)選育為主，采用家系選育策略，結(jié)合家系內(nèi)個體選擇開展性狀改良工作，其改良周期需累積多個選育世代。為了彌補傳統(tǒng)選育成本高，耗時長，工作量大的缺點，研究人員提出采用分子標(biāo)記輔助育種，全基因選擇育種等技術(shù)提高凡納濱對蝦性狀選育效率。然而，由于凡納濱對蝦全基因DNA信息尚未完成公開發(fā)布，與大西洋鮭魚等海水養(yǎng)殖魚類相比，目前凡納濱對蝦分子標(biāo)記開發(fā)的數(shù)量和質(zhì)量還不能滿足其分子育種的需求。Jerry等人曾開展過斑節(jié)對蝦(Penaeus monodon)譜系鑒定工作，因為微衛(wèi)星標(biāo)記擴增效率、無效等位基因和影子帶等因素導(dǎo)致從23對微衛(wèi)星標(biāo)記中僅篩選出7對標(biāo)記(30％)用于系譜鑒定。可見篩選足夠數(shù)量微衛(wèi)星DNA分子標(biāo)記是對蝦開展種質(zhì)鑒定的前提保障。而篩選凡納濱對蝦微衛(wèi)星DNA分子標(biāo)記的前提條件是篩選候選序列，篩選出候選序列才能進行凡納濱對蝦微衛(wèi)星DNA分子標(biāo)記。本發(fā)明提供一種凡納濱對蝦微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法，使得在凡納濱對蝦基因組DNA信息匱乏背景下的也能快速篩選comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性位點，可方便、快捷的通過聚丙酰胺凝膠電泳進行斑節(jié)對蝦微衛(wèi)星多態(tài)性標(biāo)記驗證及基因分型，有利于凡納濱對蝦系譜鑒定、遺傳連鎖圖譜構(gòu)建等研究開展。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法，使得在凡納濱對蝦基因組DNA信息匱乏的背景下，也能快速篩選凡納濱對蝦微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性位點，克服現(xiàn)有公知條件下缺乏凡納濱對蝦微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列，而不能進行凡納濱對蝦微衛(wèi)星DNA分子標(biāo)記的不足。

為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采取了下述技術(shù)方案，一種凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法，包括下述具體技術(shù)步驟：

(1)篩選候選序列：提取15個凡納濱對蝦個體的頭胸甲總RNA，混合樣品進行轉(zhuǎn)錄組測序，拼接凡納濱對蝦頭胸甲參考轉(zhuǎn)錄本，使用軟件SciRoKo 3.4檢索轉(zhuǎn)錄本，檢索出含有微衛(wèi)星序列的unigenes，并篩選微衛(wèi)星核心序列重復(fù)次數(shù)超過6次的位點為候選序列；

(2)篩選候選微衛(wèi)星位點：

其候選comp60701的基因序列為：