[發(fā)明專利]一種凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810011244.8
• 申請日: 2018-01-05
• 公開（公告）號: CN108467893A
• 公開（公告）日: 2018-08-31
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 鐘聲平;趙艷飛;宋志飛;王賢豐
• 申請（專利權(quán)）人: 廣西壯族自治區(qū)海洋研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6827
• 代理公司: 北海市佳旺專利代理事務(wù)所(普通合伙) 45115
• 代理人: 黃建中

1.一種凡納濱對蝦comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記候選序列的篩選方法，其特征在于所述方法包括下述具體技術(shù)步驟：

（1）篩選候選序列

使用軟件SciRoKo 3.4檢索轉(zhuǎn)錄本，檢索出含有微衛(wèi)星序列的unigenes，并篩選微衛(wèi)星核心序列重復(fù)次數(shù)超過6次的位點為候選序列；

（2）篩選候選微衛(wèi)星位點

其候選comp60701的基因序列為：

GTTGGGTTTCAAATATGTATTTCAGATTTGCATTTATATTTTTATTTCTCAGATTTTCAACTTTGCTGTTATTCATACTAACAATAACCTGTTACTAGCTAGAAATCCATATAAGAGGGTAGACAATGTACAAGGTTACTGCATAATGGATAGATTAAGGTATCCATTTTCTCATGGTAATACAAGAGAAAGGTAAAAGTGCCATAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCTCCCTCTATGAGACACAAAATATTATGGTTGCAAGCATTTAGTTGTCAAAGAATCAGTGAGGGAGAACTCAATGCAACTAATGCACAGGCAACCACATCTCATATCTCGTATTCTCCAGCGACAAGGATATCGGGTAATGAACGATTGTACCCGAGTAACACAAAGAACCAGAGTAGAAAACAGCCCTTCCATGTAAAATAATGGATGAGGATCCTACAACCCAGTGAAATCAGTTCAGAGTTTTTAAAAGGGTTTTAGCAGAGGTGACCTAGGTAATATAACTTGTTTCTAAGATTTAATGTTGTACAGAAATATGTATGTATGTTATGGTGTGTGAAAGCAGAATGGATTCTAGATTAACAGAGTTAACAATACAATTCATTATACACTAACAAATAAATATATGAATAGTTGATAAATTTGGTGGGAAATTATTTTTTACAGTGTTGAAG，其中加粗、加下劃線的堿基為候選comp60701微衛(wèi)星標(biāo)記位點；

（3）設(shè)計特異性引物

軟件primer 3設(shè)計微衛(wèi)星comp60701位點的特異性引物，其正鏈引物：5’-CAATGTACAAGGTTACTGC -3’，負(fù)鏈引物：5’- ACTCGGGTACAATCGTTC -3’。