[發(fā)明專利]一種日本囊對蝦2種形態(tài)變異體候選序列的篩選方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201810011211.3 | 申請日： | 2018-01-05 |
| 公開（公告）號： | CN108467892A | 公開（公告）日： | 2018-08-31 |
| 發(fā)明（設計）人： | 鐘聲平;王賢豐;趙艷飛;宋志飛 | 申請（專利權(quán)）人： | 廣西壯族自治區(qū)海洋研究所 |
| 主分類號： | C12Q1/6888 | 分類號： | C12Q1/6888 |
| 代理公司： | 北海市佳旺專利代理事務所(普通合伙) 45115 | 代理人： | 黃建中 |
| 地址： | 536000 廣西壯*** | 國省代碼： | 廣西;45 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 日本囊對蝦 篩選 形態(tài)變異體 候選序列 單核苷酸多態(tài)性位點 單核苷酸多態(tài)性標記 聚丙酰胺凝膠電泳 生物信息學分析 鑒別和檢測 特異性引物 基因組DNA 分子標記 混合基因 形態(tài)差異 混合樣 轉(zhuǎn)錄本 轉(zhuǎn)錄組 胰腺 測序 構(gòu)建 群體 鑒別 參考 檢測 | ||
本發(fā)明公開的是一種日本囊對蝦2種形態(tài)變異體候選序列的篩選方法，包括以下步驟：（1）構(gòu)建日本囊對蝦肝胰腺參考轉(zhuǎn)錄本，篩選候選序列（2）篩選候選SNP位點（3）設計特異性引物。本發(fā)明可以在沒有已知的日本囊對蝦基因組DNA單核苷酸多態(tài)性位點的信息下，通過轉(zhuǎn)錄組混合樣測序，利用生物信息學分析篩選其候選單核苷酸多態(tài)性位點；為識別日本囊對蝦2種形態(tài)變異體的分子標記打下基礎，在此基礎上通過不同群體混合基因池策略篩選群體特有的單核苷酸多態(tài)性標記，可方便、快捷的通過聚丙酰胺凝膠電泳進行日本囊對蝦2種不同形態(tài)變異體鑒別和檢測；具有篩選、檢測費用低、操作簡便并且可以鑒別形態(tài)差異不顯著的幼體等優(yōu)點。
技術(shù)領域
本發(fā)明屬于日本囊對蝦DNA分子遺傳標記技術(shù)，具體涉及的是一種日本囊對蝦2種形態(tài)變異體候選序列的篩選方法。
背景技術(shù)
日本囊對蝦廣泛分布于印度—西太平洋海域，從非洲東部、紅海到日本、朝鮮一帶海域都有其蹤跡，我國主要分布在長江口以南海域（何永琴等，2012）。日本囊對蝦屬暖水性經(jīng)濟蝦類，肉質(zhì)鮮美，營養(yǎng)豐富，具有耐低溫，活力強，耐干露，適合鮮活銷售等特點，是對蝦中價格最高的種類，是公認的對蝦養(yǎng)殖的名優(yōu)品種之一。Tsoi等 (2005，2007) 從外部形態(tài)和基因差異，提出日本囊對蝦有2種形態(tài)變異體（Variety I 和 II），即頭胸甲側(cè)部斜紋全延伸至底緣的形態(tài)變異體Ⅰ(varietyⅠ)和頭胸甲側(cè)方斜紋半延伸至中位的形態(tài)變異體Ⅱ(varietyⅡ)。不過，在日本囊對蝦幼蝦及幼蝦以下階段，由于頭胸甲斑紋不明顯，其所屬變異體類型無法正確辨認。但由于二者地理分布不同并具較大遺傳分化，2種形態(tài)變異體在高溫適應性和生長速度上有顯著差異：形態(tài)變異體Ⅰ能夠適應較高的海水溫度、但其生長速度較慢；形態(tài)變異體Ⅰ能夠適應溫度較低的海水并且其生長速度較快。因此開發(fā)準確、快速鑒別日本囊對蝦2種不同形態(tài)變異體的技術(shù)對日本囊對蝦種質(zhì)資源研究、遺傳育種及苗種生產(chǎn)具有重要意義。作為新一代的DNA分子標記，單核苷酸多態(tài)性標記是基因組中含量最豐富的分子標記，并且其遺傳穩(wěn)定性高、分型準確，易于實現(xiàn)高通量、自動化的檢測，成為日本囊對蝦選育群體遺傳背景的調(diào)查，選育個體，家系系譜鑒定和開發(fā)群體特有分子標記的首選DNA分子標記之一。但日本囊對蝦基因組DNA信息匱乏，有關其單核苷酸多態(tài)性標記開發(fā)、應用的研究少見報道。而為了確立準確、快速地鑒別日本囊對蝦2種不同形態(tài)變異體分子標記方法，最關鍵的措施是對日本囊對蝦2種形態(tài)變異體候選序列的篩選，篩選出comp10991的基因序列，就可以實現(xiàn)識別日本囊對蝦2種形態(tài)變異體的分子標記，可方便、快捷的通過聚丙酰胺凝膠電泳進行日本囊對蝦2種不同形態(tài)變異體鑒別和檢測；具有篩選、檢測費用低、操作簡便、快速等優(yōu)點。
發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于提供解決的問題在于提供一種日本囊對蝦2種形態(tài)變異體候選序列的篩選方法，在日本囊對蝦基因組DNA信息匱乏的背景下，實現(xiàn)識別日本囊對蝦2種形態(tài)變異體的分子標記，快速篩選其不同形態(tài)變異體特有的單核苷酸多態(tài)性位點及檢測，為準確、快速地鑒別日本囊對蝦2種不同形態(tài)變異體服務。
為實現(xiàn)上述目的,本發(fā)明采取了下述技術(shù)方案, 一種日本囊對蝦2種形態(tài)變異體候選序列的篩選方法，包括下述具體技術(shù)步驟：
（1）構(gòu)建日本囊對蝦肝胰腺參考轉(zhuǎn)錄本，篩選候選序列：
提取20尾日本囊對蝦個體的肝胰腺總RNA，混合樣品進行轉(zhuǎn)錄組測序，拼接日本囊對蝦肝胰腺參考轉(zhuǎn)錄本，map短序列到參考轉(zhuǎn)錄本篩查單核苷酸多態(tài)性位點，并篩選map質(zhì)量分數(shù)大于40、次要等位基因頻數(shù)在200以上及次要等位基因頻率高于20%的位點為候選序列；
(2)篩選候選SNP位點：
其候選comp10991的基因序列為：
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