[發明專利]一種日本囊對蝦2種形態變異體候選序列的篩選方法在審
| 申請號： | 201810011211.3 | 申請日： | 2018-01-05 |
| 公開（公告）號： | CN108467892A | 公開（公告）日： | 2018-08-31 |
| 發明（設計）人： | 鐘聲平;王賢豐;趙艷飛;宋志飛 | 申請（專利權）人： | 廣西壯族自治區海洋研究所 |
| 主分類號： | C12Q1/6888 | 分類號： | C12Q1/6888 |
| 代理公司： | 北海市佳旺專利代理事務所(普通合伙) 45115 | 代理人： | 黃建中 |
| 地址： | 536000 廣西壯*** | 國省代碼： | 廣西;45 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 日本囊對蝦 篩選 形態變異體 候選序列 單核苷酸多態性位點 單核苷酸多態性標記 聚丙酰胺凝膠電泳 生物信息學分析 鑒別和檢測 特異性引物 基因組DNA 分子標記 混合基因 形態差異 混合樣 轉錄本 轉錄組 胰腺 測序 構建 群體 鑒別 參考 檢測 | ||
1.一種日本囊對蝦2種形態變異體候選序列的篩選方法，其特征在于所述方法包括下述具體技術步驟：
（1）構建日本囊對蝦肝胰腺參考轉錄本，篩選候選序列：
提取20尾日本囊對蝦個體的肝胰腺總RNA，混合樣品進行轉錄組測序，拼接日本囊對蝦肝胰腺參考轉錄本，map短序列到參考轉錄本篩查單核苷酸多態性位點，并篩選map質量分數大于40、次要等位基因頻數在200以上及次要等位基因頻率高于20%的位點為候選序列；
(2)篩選候選SNP位點：
其候選comp10991的基因序列為：
GCCGCAGCCAAGAGCACTACCAGTATTCACTCCTCTCCAGTCATAAGCAATGCTGAGGGTCGTGCCTCTGGTAGTGCTCTTGGCTGCGGCCTCACTGGCGCAGTGGGATCCCAACTCTAGCAATGGACAAGCTATCGTCCACTTGTTTGAGTGGAAGTGGCCGGACATCGCCGCCGAATGCGAGAACTTCTTAGGTCCTCGTGGATTCGCCGGCGTTCAGGTATCACCACCTAACGAGTATGTGGAGGTGTACCAAGGAGAGGTGAAGCGGCCGTGGTGGGAGAGGTACCAACCCGTCTCCTACAAGCTCGTCACTCGCTCCGGTGATGAAAATGCCTTCAAGGACATGGTCACCCGCTGCAACAACGTGGGAGTCAAGATCTACGTAGATATTGTGATGAACCACATGTCTGGCGGTTGGCCCCAAGGCACAGGAGGTTCCGGGGGATCCTCCTTTGACTCTGGCGCACAATCCTACCCAGGTGTTCCCTATTCCGCCTTCGACTTCAACGACGGCAACTGCCACACTGGATCCGGAAACATTGAAAACTA
（3）設計特異性引物：
采用PAMSA（PCR amplification of multiple specific alleles）方法設計特異性引物，其正鏈引物一：5’- GGGGGGGATCCGGAAACATTGAAAACGAC -3’；正鏈引物二：5’-ATTTATATGGGGGGGATCCGGAAACATTGAAAAATAT-3’，負鏈引物：5’- CCCTGATTTTGCCTCGGACGTA-3’。
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