[發明專利]一種斑節對蝦comp233406微衛星標記候選序列的篩選方法

在審

• 申請號: 201810010909.3
• 申請日: 2018-01-05
• 公開（公告）號: CN108285924A
• 公開（公告）日: 2018-07-17
• 發明（設計）人: 鐘聲平;趙艷飛;宋志飛;王賢豐
• 申請（專利權）人: 廣西壯族自治區海洋研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858
• 代理公司: 北海市佳旺專利代理事務所(普通合伙) 45115
• 代理人: 黃建中

本發明公開的是一種斑節對蝦comp233406微衛星標記候選序列的篩選方法，包括以下步驟：（1）篩選候選序列（2）篩選候選微衛星位點（3）設計特異性引物。本發明在沒有已知的斑節對蝦基因組DNA微衛星多態性位點的信息下，通過轉錄組混合樣測序，構建轉錄序列，利用生物信息學分析篩選comp233406微衛星標記多態性位點；為斑節對蝦comp233406微衛星標記多態性篩選及檢測打下基本，在此基本上可采用軟件primer 3設計特異性引物，不僅可便捷的通過聚丙酰胺凝膠電泳完成斑節對蝦comp233406微衛星標記多態性檢測、驗證及基因分型，而且篩選檢測費用低、操作簡便快速。

技術領域

本發明屬于斑節對蝦DNA分子遺傳標記技術，涉及的是一種斑節對蝦comp233406微衛星標記候選序列的篩選方法。

背景技術

斑節對蝦（Penaeus monodon）是對蝦屬種形體最大的物種，俗稱鬼蝦、草蝦和九節蝦，聯合國糧農組織稱其為大虎蝦，其廣泛分布于印度、太平洋等沿岸海域，在我國主要分布在南方的福建省、廣東省、廣西壯族自治區和海南省等沿岸海域。斑節對蝦生長快、適應性強、肉味鮮美，產量高，是我國南方海水養殖的重要經濟蝦類。目前我國斑節對蝦自然種群由于過度捕撈、病害感染及棲息地被破壞等原因，其種質資源量逐年下降，種群數量越來越少，已經很少能形成漁汛了。并且，養殖生產所需的苗種親本主要來源于海南海域捕獲的野生雌蝦，進一步導致其自然資源逐漸衰退。針對斑節對蝦自然優良種質進行生態保護已經迫在眉睫。在此基礎上進行種質創新，大力推廣良種選育是恢復其種質資源，推進其產業健康可持續發展的重要措施。種質資源評估和家系系譜鑒定需要大量的DNA分子標記來提高可靠性。Jerry等人曾開展過斑節對蝦譜系鑒定工作，因為微衛星標記擴增效率、無效等位基因和影子帶等因素導致從23對微衛星標記中僅篩選出7對標記（30%）用于系譜鑒定。可見篩選足夠數量微衛星DNA分子標記是斑節對蝦開展種質鑒定的前提保障。然而，與大西洋鮭魚等海水養殖魚類相比，目前斑節對蝦分子標記開發的數量和質量尚不能滿足系譜鑒定、遺傳連鎖圖譜等研究的需求。并且由于斑節全基因組DNA信息匱乏，有關其DNA分子多態性標記開發、應用的研究少有報道。而篩選斑節對蝦微衛星DNA分子標記的前提條件是篩選候選序列，篩選出候選序列才能進行斑節對蝦微衛星DNA分子標記。本發明提供一種斑節對蝦微衛星標記候選序列的篩選方法，使得在斑節對蝦基因組DNA信息匱乏背景下的也能快速篩選comp233406微衛星標記多態性位點，可方便、快捷的通過聚丙酰胺凝膠電泳進行斑節對蝦微衛星多態性標記驗證及基因分型，有利于斑節蝦系譜鑒定、遺傳連鎖圖譜構建等研究開展。

發明內容

本發明的目的在于提供一種斑節對蝦comp233406微衛星標記候選序列的篩選方法，使得在斑節對蝦基因組DNA信息匱乏的背景下，也能快速篩選斑節對蝦微衛星標記多態性位點，克服現有公知條件下缺乏斑節對蝦微衛星標記候選序列，而不能進行斑節對蝦微衛星DNA分子標記的不足。

本發明的目的由下述技術措施實現，一種斑節對蝦comp233406微衛星標記候選序列的篩選方法，包括以下具體技術步驟：

（1）篩選候選序列：提取20個斑節對蝦個體的頭胸甲總RNA，混合樣品進行轉錄組測序，拼接斑節對蝦頭胸甲參考轉錄本，使用軟件SciRoKo 3.4檢索轉錄本，檢索出含有微衛星序列的unigenes，并篩選微衛星核心序列重復次數超過6次的位點為候選序列；

（2）其候選comp233406的基因序列為：