[發明專利]一種斑節對蝦comp233406微衛星標記候選序列的篩選方法在審

申請號：	201810010909.3	申請日：	2018-01-05
公開（公告）號：	CN108285924A	公開（公告）日：	2018-07-17
發明（設計）人：	鐘聲平;趙艷飛;宋志飛;王賢豐	申請（專利權）人：	廣西壯族自治區海洋研究所
主分類號：	C12Q1/6888	分類號：	C12Q1/6888;C12Q1/6858
代理公司：	北海市佳旺專利代理事務所(普通合伙) 45115	代理人：	黃建中
地址：	536000 廣西壯***	國省代碼：	廣西;45
權利要求書：	查看更多	說明書：	查看更多
摘要：
搜索關鍵詞：	微衛星標記斑節對蝦篩選候選序列特異性引物聚丙酰胺凝膠電泳生物信息學分析微衛星多態性多態性檢測多態性篩選多態性位點微衛星位點基因組DNA 基因分型轉錄序列混合樣轉錄組檢測測序構建位點驗證
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【權利要求書】：

1.一種斑節對蝦comp233406微衛星標記候選序列的篩選方法，其特征在于所述方法包括以下具體技術步驟：

（1）篩選候選序列：提取20個斑節對蝦個體的頭胸甲總RNA，混合樣品進行轉錄組測序，拼接斑節對蝦頭胸甲參考轉錄本，使用軟件SciRoKo 3.4檢索轉錄本，檢索出含有微衛星序列的unigenes，并篩選微衛星核心序列重復次數超過6次的位點為候選序列；

（2）篩選候選微衛星位點：

其候選comp233997的基因序列為：

GAGGACGCGGATCATCGTCGTCGTTGTCGGGAAGAGGACGCGGATCATCATTGTCGTCGTCGTCGGGAAGACAGTAGAGCTTTTGGATCGTCGTTGTCATCAGGAAATGCAGAGGCTTTGAATCGTTGTCCTCGCCATTGGGAAGGGATTGCATTGTAGATGTGAATGAACGTCCTCGTCGGTTGTCGTCGGCAAGGGAGAAGGGTCGGGAACAAATCGTCATCGTTGGGAATGTAGAAGAGGTGGATGCTCTCGCCGTTGGAATAGGAGAGGACGTGGGCTGCTGTTTTATTATTATTATTATTATTAGGAAAGGACACCGATGTGAGAATCGTTTGAGCGTGAAAAAGATGAATGCAAAGTGTCAACTAACTTAGGGAAAGTGTAGAAAAGCATTTCAGTAAAAGCACATACTCCTACCAGGAACAGGGGAAGAAGTAGGTTTTGTCTATGCTAATATGGCTTTCTGCTCAGTGTAGTTGTCTACCAGATAAGTGCATAGAGAATGTGTTGGGGGTTCTGCTAGGCTAATGTTGTCTGAGGATTCAGTTTCGCTTTGGCAGTTTTGCATTGGAGAAAAAACCGTTGTGCACAAGTTGCCCTGTAATGTGAATCGTTTACAAAGAAATGTATTATTCAAGTGTATGCATCTTATGGTTCAGAATTGAAAGACGGACAAAAAAGCCGGGTGCCAGTGTTTGTTCCCAGTACTTAATCAATGATTTTGACATTTGCTATTATTGTTGTCATCAGCTCTGCAAATATCTATAGTTAGAAAATCCGTTTCCTCCAAGGTTCATCAGCTCTGCAAATGATCCATAAGAAAATATCGAAAATCAGACTAGTCACTGTTTCCTTCAAAGGCTGTTACTCATCGTCGCTTTGAATGCTGGTAACCATTTGCCGATCATCAGAGGTTCCCGTAGTGATTGCGGTTGCAGACCGAATGCTGCAATGGGCATTGTCTATTACCACGTCTTCAGAATGCTGTGGTGTAAGTCATCATATCTTAAGTAAAGAAGACTTGCTGTTGCCGTTCATTACATATAAAACTGTGGTTCAGTTCTGAGGTTGCCACCGTCGATCATCACATCTTGGATGCTGAATCAACAATCGTCACTGCCTGTGCAGTACTCTGCCTATCTGTGGGTCGTTGCCGTCTACGCTTGACGTCATGTATGGGGTGCTGGTCGCCGTCTTTGATGAGGTTGGAACAGCGCCTTTGATCATCTTCAAGTTCGATTGCGACCCGAAGAATTCTGGGTGTCTGCATTCTGTCAACAAATGTGTGAAAAGGTGAAGACTTCGATAAAGGTAAGGTTAATGTATCCATCTATACTTAAGGGTAAGTATGAACTGTTTCTTTCTGATGTATTTTCCAAAGAAAAGTAGAGCGAGATGTAGCCTACTAAAGATATTAGTATGTGGGTCCTCTCTACTTTTGCTGAAGTGATTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTCTCAAAGTTGGAAGGGTTACAGTAATTTTACACTTTCACTTACATTTCAACTGTCTTCATTCATCATATACTTTCACCCAAATTCACCAATTCCAGGTTCCCCCTTTTGGCTTGATTGTTGTGGCTGTGGGTCGAGCGAGCCAGACACTTTCCTTGGCAGTAGAATGTATCGGGGTTACAAGCGGCAGCATCTGTAGGCCTTGGACGGGACAAGACGAAGCACCAGTAGACATAGCAGACTCGGCAGAAGGGGTCAAGAGGCGATTAAGTTAATGTTTCACATCAGCAGGCAAACACTTTGCGGAAAGTATAGGTGACGTGGGATTAGCTTACCCAAAATGATGTAGGCTTGCAGTTATTACTGATTGCAAGTGCGTATTTATGTATTTCAAGAAAATGTGAACACCGGACCGTCGTAAGTCTTCGCAGCTAAACGTTGAATATCTTCACTATGATGAACACTTGAACACGATTTGATTATTGGAGTGTTTTAATGGTATTTTATTTGTAGTCTGCCTACAAGTGTGTTCTAGAGAAAAAAATCAATATTGAAACATTGAACACTTTCGTGTATTGGAAAAGCCATATTATGTGGCAAATTATTCATCAGAGATAATTGGCAACATATATTTTCTTTGGATAAATTACTTGCTTACCGTGGAATCTTGTGCATGAGGCTGTGGCACTCTTGATTGATCACTTTGGCAGCATTAGCTGGCAAGGTCGGTGTTCTGCAGTCTACATGCACATACAAAATAGGAGAACCCCCTAGCCTGTTCCAGAGTCTACCTTGGGATTTTAAGAGTAATGCTACGTGGACCTCCGGCTTCAGACCTTCGTTAGTAACAAGATCGTCCCATCGTCACAGGGTTGGATAATTTTAATCTACATTCACTGCCCAGCTCAACTTTGGAATTCCCAAGTTTATTTCTTCGAATACTTCTGCAGATACTACTATCTGCATTATCCCCTATAGGAACCTGCACCTATTATCATCATGATCTTCATATCTACATGCATCAGCATACTTCCCATCTACATTGACGTACTCCACAATCAGCACCGGTCATACAACCTGCACAACCTTCATTAACATCTTTGTTTTCCTGTCAGCTCTACCAAATCTGAAAAATAAATCGCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAA，其中加粗、加下劃線的堿基為候選comp233406微衛星標記位點；

（3）設計特異性引物

采用軟件primer 3設計微衛星comp233406位點的特異性引物，其正鏈引物：5’-GATGTGAATGAACGTCCT -3’，負鏈引物：5’- TTTTCACGCTCAAACGAT -3’。

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