[發明專利]一種用于校正擴增子測序中擴增偏差的方法

有效

• 申請號: 201780090677.0
• 申請日: 2017-03-27
• 公開（公告）號: CN110741094B
• 公開（公告）日: 2023-04-11
• 發明（設計）人: 吳鏑;張海川
• 申請（專利權）人: 賽雷納（中國）醫療科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;G16B25/20
• 代理公司: 成都欣圣知識產權代理有限公司 51292
• 代理人: 王海文;王淇

1.一種用于校正擴增子測序中擴增偏差的方法，其特征在于，包括以下步驟：

a）擴增靶核酸；

b）獲取靶核酸的擴增子覆蓋度；

c）計算每個測試基因組區域靶核酸和參考基因組區域靶核酸之間的擴增子覆蓋度比值；

d）去除異常值；

e）通過公式1對步驟c）中所得擴增子覆蓋度比值進行歸一化，

——公式1

f）計算測試基因組區域擴增子和參考基因組區域擴增子之間各項參數的差值，包括引物3’端穩定性差值Diff_{3’端穩定性}、引物解鏈溫度差值Diff_Tm、擴增子長度差值Diff_{擴增子長度}、擴增子GC含量差值Diff_擴增子GC和擴增子側翼區GC含量差值Diff_{擴增子側翼GC}；

g）擬合數據，通過公式2計算回歸參數值A1、A2、A3、A4和A5，

——公式2

h）使用回歸參數值A1、A2、A3、A4和A5校正擴增偏差，得到去除擴增偏差后的歸一化擴增子覆蓋度比值；

本方法應用于非疾病診斷目的。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸為基因組DNA或RNA。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述擴增包含進行多重聚合酶鏈式反應。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述擴增包含進行多重逆轉錄聚合酶鏈式反應。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸來自多個樣本。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，還包括建立的擴增子覆蓋度矩陣，矩陣中數字表示單獨擴增子在單獨樣本中的覆蓋度，矩陣中每一行對應單獨的擴增子，每一列對應單獨的樣本。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，還包括建立的擴增子覆蓋度比值矩陣，矩陣中數字表示以測試區域的單獨擴增子在單獨樣本中的覆蓋度作為分子、以參考區域的單獨擴增子在單獨樣本中的覆蓋度作為分母的比值，矩陣中每一行對應一種以測試區域的單獨擴增子為分子、參考區域的單獨擴增子為分母的組合，每一列對應單獨的樣本。

8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，還包括建立的使用行中位數歸一化的擴增子覆蓋度比值矩陣，即首先以行為單位計算擴增子覆蓋度比值矩陣的中位數，得到行中位數矩陣，隨后進行擴增子覆蓋度比值矩陣和行中位數矩陣的矩陣除法運算，得到使用行中位數歸一化的擴增子覆蓋度比值矩陣。

9.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，還包括在所述校正擴增偏差后檢測至少一個靶核酸的拷貝數變異。

10.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，還包括在所述校正擴增偏差后檢測染色體非整倍性。

11.根據權利要求10所述的方法，其特征在于，所述染色體非整倍性為胎兒染色體非整倍性。

12.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸取自胎兒、兒童或成人。

13.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸為人類靶核酸。

14.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸取自細胞、細胞群、組織、病毒、人造細胞或游離核酸體系。

15.根據權利要求14所述的方法，其特征在于，所述細胞為真核細胞、原核細胞或古核細胞。