[發(fā)明專(zhuān)利]一種用于校正擴(kuò)增子測(cè)序中擴(kuò)增偏差的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201780090677.0
• 申請(qǐng)日: 2017-03-27
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN110741094B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-04-11
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 吳鏑;張海川
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 賽雷納（中國(guó)）醫(yī)療科技有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6806
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6806;G16B25/20
• 代理公司: 成都欣圣知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 51292
• 代理人: 王海文;王淇

1.一種用于校正擴(kuò)增子測(cè)序中擴(kuò)增偏差的方法，其特征在于，包括以下步驟：

a）擴(kuò)增靶核酸；

b）獲取靶核酸的擴(kuò)增子覆蓋度；

c）計(jì)算每個(gè)測(cè)試基因組區(qū)域靶核酸和參考基因組區(qū)域靶核酸之間的擴(kuò)增子覆蓋度比值；

d）去除異常值；

e）通過(guò)公式1對(duì)步驟c）中所得擴(kuò)增子覆蓋度比值進(jìn)行歸一化，

——公式1

f）計(jì)算測(cè)試基因組區(qū)域擴(kuò)增子和參考基因組區(qū)域擴(kuò)增子之間各項(xiàng)參數(shù)的差值，包括引物3’端穩(wěn)定性差值Diff_{3’端穩(wěn)定性}、引物解鏈溫度差值Diff_Tm、擴(kuò)增子長(zhǎng)度差值Diff_{擴(kuò)增子長(zhǎng)度}、擴(kuò)增子GC含量差值Diff_{擴(kuò)增子GC}和擴(kuò)增子側(cè)翼區(qū)GC含量差值Diff_{擴(kuò)增子側(cè)翼GC}；

g）擬合數(shù)據(jù)，通過(guò)公式2計(jì)算回歸參數(shù)值A(chǔ)1、A2、A3、A4和A5，

——公式2

h）使用回歸參數(shù)值A(chǔ)1、A2、A3、A4和A5校正擴(kuò)增偏差，得到去除擴(kuò)增偏差后的歸一化擴(kuò)增子覆蓋度比值；

本方法應(yīng)用于非疾病診斷目的。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸為基因組DNA或RNA。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述擴(kuò)增包含進(jìn)行多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述擴(kuò)增包含進(jìn)行多重逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸來(lái)自多個(gè)樣本。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于，還包括建立的擴(kuò)增子覆蓋度矩陣，矩陣中數(shù)字表示單獨(dú)擴(kuò)增子在單獨(dú)樣本中的覆蓋度，矩陣中每一行對(duì)應(yīng)單獨(dú)的擴(kuò)增子，每一列對(duì)應(yīng)單獨(dú)的樣本。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，還包括建立的擴(kuò)增子覆蓋度比值矩陣，矩陣中數(shù)字表示以測(cè)試區(qū)域的單獨(dú)擴(kuò)增子在單獨(dú)樣本中的覆蓋度作為分子、以參考區(qū)域的單獨(dú)擴(kuò)增子在單獨(dú)樣本中的覆蓋度作為分母的比值，矩陣中每一行對(duì)應(yīng)一種以測(cè)試區(qū)域的單獨(dú)擴(kuò)增子為分子、參考區(qū)域的單獨(dú)擴(kuò)增子為分母的組合，每一列對(duì)應(yīng)單獨(dú)的樣本。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，還包括建立的使用行中位數(shù)歸一化的擴(kuò)增子覆蓋度比值矩陣，即首先以行為單位計(jì)算擴(kuò)增子覆蓋度比值矩陣的中位數(shù)，得到行中位數(shù)矩陣，隨后進(jìn)行擴(kuò)增子覆蓋度比值矩陣和行中位數(shù)矩陣的矩陣除法運(yùn)算，得到使用行中位數(shù)歸一化的擴(kuò)增子覆蓋度比值矩陣。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，還包括在所述校正擴(kuò)增偏差后檢測(cè)至少一個(gè)靶核酸的拷貝數(shù)變異。

10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，還包括在所述校正擴(kuò)增偏差后檢測(cè)染色體非整倍性。

11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其特征在于，所述染色體非整倍性為胎兒染色體非整倍性。

12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸取自胎兒、兒童或成人。

13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸為人類(lèi)靶核酸。

14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶核酸取自細(xì)胞、細(xì)胞群、組織、病毒、人造細(xì)胞或游離核酸體系。

15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的方法，其特征在于，所述細(xì)胞為真核細(xì)胞、原核細(xì)胞或古核細(xì)胞。