[發(fā)明專利]用于環(huán)狀共有序列測序的單鏈環(huán)狀DNA文庫有效
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201780078583.1 | 申請(qǐng)日： | 2017-12-15 |
| 公開（公告）號(hào)： | CN110062809B | 公開（公告）日： | 2023-05-05 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | T.蓋圖什;R.陳;A.理查森 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人： | 豪夫邁·羅氏有限公司 |
| 主分類號(hào)： | C12Q1/6806 | 分類號(hào)： | C12Q1/6806;C12Q1/6855 |
| 代理公司： | 中國專利代理(香港)有限公司 72001 | 代理人： | 甘霖;黃希貴 |
| 地址： | 瑞士*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 用于 環(huán)狀 共有 序列 鏈環(huán) dna 文庫 | ||
1.從包含多種雙鏈靶核酸分子的樣品制備環(huán)狀單鏈靶核酸分子的文庫的方法，所述方法包括：
a.將銜接子連接至所述雙鏈靶核酸分子的每個(gè)末端，由此形成銜接子-連接的雙鏈分子；
b.使所述銜接子-連接的雙鏈分子變性，由此形成銜接子-連接的分子的兩條鏈；
c.使捕獲分子退火至所述銜接子-連接的分子的每條鏈，由此形成包含與在所述銜接子-連接的分子的鏈的5'-末端和3'-末端的銜接子序列雜交的捕獲分子的雜合分子，其中所述捕獲分子是環(huán)狀單鏈核酸分子，其包含與所述銜接子的至少一部分互補(bǔ)的兩個(gè)序列；
d.延伸所述銜接子-連接的分子的鏈的3'-末端，以到達(dá)所述銜接子-連接的分子的鏈的5'-末端；
e.連接所述銜接子-連接的分子的鏈的5'-末端和3'-末端，由此形成包含所述捕獲分子和所述銜接子-連接的分子的環(huán)化鏈的雜合分子；和
f.將所述捕獲分子與所述銜接子-連接的分子的環(huán)化鏈分離，由此形成環(huán)狀單鏈靶核酸分子的文庫。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述銜接子包含至少一個(gè)雙鏈區(qū)域和至少一個(gè)單鏈區(qū)域，其各自包含兩條鏈。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述銜接子包含至少一個(gè)條形碼。
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述銜接子包含至少一個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn)。
5.權(quán)利要求4的方法，其中所述引物結(jié)合位點(diǎn)是測序引物結(jié)合位點(diǎn)。
6.權(quán)利要求2的方法，其中所述捕獲分子包含與所述銜接子的單鏈區(qū)域的至少一部分互補(bǔ)的兩個(gè)序列。
7.權(quán)利要求2的方法，其中所述捕獲分子包含與所述銜接子的單鏈區(qū)域和雙鏈區(qū)域互補(bǔ)的兩個(gè)序列。
8.權(quán)利要求3的方法，其中所述條形碼是多重樣品識(shí)別條形碼。
9.權(quán)利要求3的方法，其中所述條形碼是獨(dú)特分子識(shí)別條形碼。
10.權(quán)利要求1的方法，其中與所述銜接子的至少一部分互補(bǔ)的序列在所述捕獲分子中彼此直徑上相對(duì)的位置。
11.權(quán)利要求1的方法，其中所述捕獲分子包含條形碼。
12.權(quán)利要求1的方法，其中所述捕獲分子包含引物結(jié)合位點(diǎn)。
13.權(quán)利要求1的方法，其中所述捕獲分子包含用于被固體支持物捕獲的結(jié)合部分。
14.對(duì)包含多種靶分子的樣品中的靶核酸進(jìn)行測序的方法，所述方法包括：
a.通過權(quán)利要求1-13任一項(xiàng)的方法從所述樣品產(chǎn)生環(huán)狀單鏈靶核酸分子的文庫，其中所述銜接子進(jìn)一步包含測序引物的結(jié)合位點(diǎn)；
b.使所述測序引物退火至所述結(jié)合位點(diǎn)；和
c.延伸所述測序引物，由此獲得所述靶核酸的序列。
15.從包含多種雙鏈靶核酸分子的樣品制備環(huán)狀單鏈靶核酸分子的文庫的方法，所述方法包括：
a.將銜接子連接至所述雙鏈靶核酸分子的每個(gè)末端，由此形成銜接子-連接的雙鏈分子；
b.使所述銜接子-連接的雙鏈分子變性，由此形成銜接子-連接的分子的兩條鏈；
c.使捕獲分子退火至所述銜接子-連接的分子的每條鏈，由此形成包含與在所述銜接子-連接的分子的鏈的5'-末端和3'-末端的銜接子序列雜交的捕獲分子的雜合分子，其中所述捕獲分子是環(huán)狀單鏈核酸分子，其包含與所述銜接子的至少一部分互補(bǔ)的兩個(gè)相鄰序列；
d.連接與所述捕獲分子上的相鄰序列雜交的所述銜接子-連接的分子的鏈的5'-末端和3'-末端，由此形成包含所述捕獲分子和所述銜接子-連接的分子的環(huán)化鏈的雜合分子；
e.將所述捕獲分子與所述銜接子-連接的分子的環(huán)化鏈分離，由此形成環(huán)狀單鏈靶核酸分子的文庫。
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