[發明專利]基因型分型測定中的非獨特條形碼

在審

• 申請號: 201780069559.1
• 申請日: 2017-11-14
• 公開（公告）號: CN110023509A
• 公開（公告）日: 2019-07-16
• 發明（設計）人: M·索森;V·沃克里斯科;L·迪亞斯
• 申請（專利權）人: 私人基因診斷公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G16B20/20;C40B40/06;C40B50/06
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 王永偉;趙蓉民

1.用于分析核酸的方法，所述方法包括：

獲得包含核酸片段的樣本；

將非獨特條形碼組引入所述片段以生成基因組文庫；

測序所述片段以產生序列讀數；

比對所述序列讀數；

識別片段末端的基因組位置；以及

識別存在于多個分子中的突變，通過非獨特條形碼和片段末端的基因組位置的組合進行確定。

2.權利要求1所述的方法，其中獲得步驟包括獲得血漿樣本，并提取核酸。

3.權利要求1所述的方法，其中引入非獨特條形碼組包括末端修復、加A尾和銜接子連接。

4.權利要求1所述的方法，其中所述非獨特條形碼組由八個非獨特條形碼組組成。

5.權利要求1所述的方法，其中識別片段末端的基因組位置包括雜交捕獲或全基因組測序。

6.權利要求1所述的方法，其中片段末端的基因組位置包含內源條形碼。

7.權利要求5所述的方法，其中雜交捕獲涉及充分表征的癌癥基因組。

8.權利要求7所述的方法，其中所述癌癥基因包括ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、BCR、BRAF、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CSF1R、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、ERBB2、ERBB4、ESR1、EZH2、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLT3、GNA11、GNAQ、GNAS、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、MET、MLH1、MPL、MYC、NPM1、NRAS、NTRK1、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、PTPN11、RARA、RB1、RET、ROS1、SMAD4、SMARCB1、SMO、SRC、STK11、TERT、TP53、和VHL。

9.權利要求1所述的方法，其中測序包括單末端測序或配對末端測序。

10.權利要求1所述的方法，其中測序包括冗余測序。

11.權利要求10所述的方法，進一步包括使用冗余序列讀數來確定共有序列。

12.權利要求10所述的方法，其中以10x的深度進行冗余測序。

13.權利要求1所述的方法，其中基于使用非獨特條形碼和片段末端的基因組位置在DNA分子中檢測的突變，所述片段末端的基因組位置在所述DNA分子的冗余序列讀數的預定百分比上是相同的。

14.權利要求13所述的方法，其中所述預定百分比為90％。

15.權利要求1所述的方法，其中核酸包含無細胞DNA、循環腫瘤DNA、來自腫瘤的DNA、或RNA。

16.權利要求1所述的方法，其中所述條形碼包含測序銜接子。

17.用于分子條形碼化的方法，所述方法包括：

獲得包含核酸片段的樣本；

提供多個非獨特條形碼組；以及

用所述條形碼標記所述核酸片段以生成基因組文庫；

其中用與所述基因組文庫中的另一不同核酸片段相同的條形碼標記每個核酸片段。

18.權利要求17所述的方法，其中所述多個組由二十個或更少的獨特條形碼組成。

19.權利要求17所述的方法，其中所述多個組由十個或更少的獨特條形碼組成。