[發明專利]宏基因組樣品中病原體的鑒定和抗生素表征

有效

• 申請號: 201780063630.5
• 申請日: 2017-10-12
• 公開（公告）號: CN109923217B
• 公開（公告）日: 2023-06-16
• 發明（設計）人: P·馬埃;M·圖爾努德;S·斯奇克林;G·貴貢;E·魯佩
• 申請（專利權）人: 生物梅里埃公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;G16B40/00;G16B30/00
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司 72002
• 代理人: 區斌

1.鑒定宏基因組樣品中包含的病原體和鑒定所述病原體基因組中的病原性標志物的裝置，所述裝置包含以下模塊：

-將通過對來自宏基因組樣品的提取的DNA測序而產生的讀長組與包含已知病原體的基因組的第一數據庫進行比較，以便將所述組的讀長分配給所述已知的細菌病原體的第一比較模塊；

-產生讀長池，其包含至少在所述已知細菌病原體中分配給病原體的讀長，以及組裝所述池中的讀長以產生至少一個經組裝的數字核酸序列，或“重疊群”的組裝模塊，

-將產生的所述重疊群與已知病原性遺傳標志物的第二數據庫進行比較，以檢查產生的所述重疊群是否含有已知的標志物的鑒定模塊，

-其特征在于，

-所述裝置還包括將所述讀長組與第二數據庫進行比較的第二比較模塊，以便將所述組的讀長分配給所述已知的病原性標志物，如果它完全落入所述標志物中或者如果它跨越所述標志物則將讀長分配給已知的病原性標志物，

-并且所述池中還包含分配給所述已知病原性標志物的讀長，因此，所述重疊群由分配給所述已知病原體的讀長和分配給所述已知病原性標志物的讀長組裝而成。

2.鑒定宏基因組樣品中包含的病原體和鑒定所述病原體基因組中的病原性標志物的裝置，所述裝置包含處理器、存儲器和存儲于所述存儲器的指令，所述指令用于執行包括以下步驟的方法：

-將通過對來自宏基因組樣品的提取的DNA測序而產生的讀長組與包含已知病原體的基因組的第一數據庫進行比較，以便將所述組的讀長分配給所述已知的細菌病原體；

-產生讀長池，其包含至少在所述已知細菌病原體中分配給病原體的讀長，以及組裝所述池中的讀長以產生至少一個經組裝的數字核酸序列，或“重疊群”，

-將產生的所述重疊群與已知病原性遺傳標志物的第二數據庫進行比較，以檢查產生的所述重疊群是否含有已知的標志物，

-其特征在于，

-所述方法包括將所述讀長組與第二數據庫進行比較，以便將所述組的讀長分配給所述已知的病原性標志物，如果它完全落入所述標志物中或者如果它跨越所述標志物則將讀長分配給已知的病原性標志物，

-并且所述池中還包含分配給所述已知病原性標志物的讀長，因此，所述重疊群由分配給所述已知病原體的讀長和分配給所述已知病原性標志物的讀長組裝而成。

3.根據權利要求1或2所述的裝置，其中跨越所述標志物的所述讀長具有落入所述標志物內的部分，其長度大于或等于20bp。

4.根據權利要求1或2所述的裝置，其中所述讀長具有平均長度L?bp，L100，并且其中跨越所述標志物的讀長具有[1；L-50]bp的范圍內的落在所述標志物外的部分。

5.根據權利要求1或2所述的裝置，其中跨越所述標志物的讀長具有落入所述標志物的第一部分和落在所述標志物之外的第二部分，并且其中所述第二部分的長度基于針對ARD數據庫性能的匹配選擇。

6.根據權利要求5所述的裝置，其中，選擇所述第二部分的長度，使得針對ARD數據庫的正確分配的概率大于或等于70％。

7.根據權利要求6所述的裝置，其中使得針對ARD數據庫的正確分配的概率大于或等于80％。

8.根據權利要求1或2所述的裝置，其中所述讀長組與所述第二數據庫的比較包括獨立于所述組的其他讀長的每個讀長對所述第二數據庫的病原性標志物的匹配。

9.根據權利要求1或2所述的裝置，其中所述測序是雙端測序，并且其中如果將讀長分配給標志物，則所述讀長的互補讀長也包括在所述池中。

10.根據權利要求1或2所述的裝置，其中如果產生的重疊群僅包含分配給已知標志物的讀長，則在下列情況下確定所述已知病原性標志物是已知病原體基因組的一部分：

其中是D_ARD是分配給所述已知標志物的讀長的中值測序深度，并且D_path是分配給所述已知病原體的讀長的中值測序深度。