[發明專利]供多重PCR的引物的設計方法

在審

• 申請號: 201780060312.3
• 申請日: 2017-09-07
• 公開（公告）號: CN109804079A
• 公開（公告）日: 2019-05-24
• 發明（設計）人: 辻本堯之
• 申請（專利權）人: 富士膠片株式會社
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;G16B25/20
• 代理公司: 中科專利商標代理有限責任公司 11021
• 代理人: 張國梁

本發明提供一種供多重PCR的引物的設計方法，在通過對擴增候選區域設定優先序位來設計引物的結果是能夠設計引物的擴增候選區域數未達到所需數量的情況下，能夠在維持先前設定的優先序位的全局特征的同時重新進行引物的設計。

技術領域

本發明涉及一種供多重PCR(Polymerase Chain Reaction；聚合酶鏈反應)的引物的設計方法。

背景技術

利用近年來開發的DNA(Deoxyribonucleic acid；脫氧核糖核酸)測序儀等可以容易地進行基因分析。然而，基因組的總堿基長度通常龐大，另一方面測序儀的讀取能力是有限的。于是，作為通過僅PCR擴增所需的特定的基因區域、并限定于其堿基序列進行讀取來有效且高精度地進行基因分析的技術，正在普及PCR法。特別將通過同時對某一個PCR反應系統供給多種類型的引物來選擇性地PCR擴增多個基因區域的方法稱為多重PCR。

由于多重PCR由少量的DNA高效地PCR擴增多個區域，因此是用于進行非侵入性產前診斷的實用技術。

發明內容

發明要解決的技術課題

然而，對于設計能夠針對從單一細胞提取的基因組DNA這樣的、數pg～數十pg以下的少量DNA樣本可靠地直接進行多重PCR的引物組而言，由于互補性及特異性等引物設計的條件非常嚴格，因此難度較高，有時不能對所有的擴增候選區域設計用于進行PCR擴增的引物。

本發明人指出，在對擴增候選區域設定了優先序位的情況下，即在依照其優先序位設計用于對各擴增候選區域進行PCR擴增的引物時，與未對擴增候選區域設定優先序位的情況相比，有時能夠對更多的擴增候選區域設計用于進行PCR擴增的引物。

然而，即使是對擴增候選區域設定了優先序位的情況，也存在如下情況：能夠設計用于進行PCR擴增的引物的擴增候選區域數比原本基因分型或者染色體數定量等分析所需區域數少；或者即使能夠設計用于進行PCR擴增的引物的擴增候選區域數為分析所需的區域數以上，進行多重PCR時得到PCR擴增產物的擴增對象區域數也比分析所需的區域數少。

此時，就要重新進行引物的設計，但存在如下情況：在先前設定的優先序位為基于某種意圖的情況下，希望不變更其全局特征。

于是，本發明的課題在于，提供一種供多重PCR的引物的設計方法，在通過對擴增候選區域設定優先序位來設計引物的結果是能夠設計引物的擴增候選區域數未達到所需數量的情況下，能夠在維持先前設定的優先序位的全局特征的同時重新進行引物的設計。

用于解決技術課題的手段

本發明人為了解決上述課題反復進行了潛心研究，結果得知，在重新進行引物的設計時，通過變更擴增候選區域的優先序位來重新進行引物的設計，完成了本發明。

即，本發明為以下的[1]～[3]。

[1]一種供多重PCR的引物的設計方法，所述引物用于對基因組上的n個擴增候選區域中t個以上的擴增候選區域進行擴增，所述方法包括以下工序：

第1優先序位設定工序，對于基因組DNA上的n個擴增候選區域，附加作為第1個至第n個的順序的第1優先序位；

第1引物設計工序，按照上述第1優先序位的順序，自上述第1優先序位為第1個的擴增候選區域起，依次設計用于對該擴增候選區域進行PCR擴增的引物；

第1成功與否判斷工序，將上述第1引物設計工序中能夠設計引物的擴增候選區域數設為m個，當m≥t時，確定結束引物的設計，當m＜t時，確定進入下一個工序；

第2優先序位設定工序，對于上述n個擴增候選區域，附加作為第1個至第n個的順序的與第1優先序位的順序不同的第2優先序位；以及