[發(fā)明專利]鄰近影響補(bǔ)償

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201780055943.6
• 申請(qǐng)日: 2017-09-15
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN109690613B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-10-13
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 邁科·洛赫爾;托斯滕·澤爾法斯
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 凱杰有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): G06T5/00
• 分類(lèi)號(hào): G06T5/00
• 代理公司: 中原信達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11219
• 代理人: 韓峰;孫志湧

本發(fā)明涉及一種在至少一個(gè)數(shù)字圖像中的多個(gè)對(duì)象之間進(jìn)行鄰近影響補(bǔ)償?shù)姆椒?，其中所述至少一個(gè)數(shù)字圖像包含關(guān)于多個(gè)對(duì)象的圖像信息。多個(gè)對(duì)象中的每一個(gè)被配置為接收包括遺傳信息的至少一個(gè)分子，其中所述至少一個(gè)分子被配置為接收熒光化合物，并且所述至少一個(gè)數(shù)字圖像是在由至少一個(gè)分子接收的熒光化合物的電磁輻射的發(fā)射期間由光學(xué)成像系統(tǒng)獲取的。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及用于鄰近影響補(bǔ)償?shù)南到y(tǒng)和方法。更具體地，本發(fā)明涉及由在不同顏色通道中的不同熒光化合物發(fā)射的電磁輻射的鄰近影響補(bǔ)償，優(yōu)選用于DNA測(cè)序。

背景技術(shù)

生物技術(shù)、醫(yī)學(xué)和相關(guān)技術(shù)領(lǐng)域是基于分子的分析。電子設(shè)備能夠以高精度和特異性地分析分子。特別是在過(guò)去幾年中，已經(jīng)開(kāi)發(fā)出用于通過(guò)常規(guī)方法分析大量樣品的自動(dòng)電子設(shè)備。例如，用于大量DNA探針的常規(guī)分析的現(xiàn)代DNA測(cè)序裝置。能夠通過(guò)高通量篩查和相關(guān)方法分析蛋白質(zhì)樣品。經(jīng)常，這種電子設(shè)備檢測(cè)從樣品探針發(fā)射的熒光信號(hào)。當(dāng)用熒光化合物(諸如，染料)標(biāo)記分子(例如核酸或蛋白質(zhì))時(shí)，這是可能的。

市售的測(cè)序裝置能夠平行地對(duì)大量標(biāo)記有熒光染料的樣品進(jìn)行測(cè)序。最近開(kāi)發(fā)的方法，稱為“新一代測(cè)序”，NGS，已經(jīng)徹底改革了測(cè)序。NGS允許在流動(dòng)池中或通過(guò)油-水乳液的產(chǎn)生空間分離的克隆擴(kuò)增或單個(gè)DNA分子的大規(guī)模平行測(cè)序。NGS允許同時(shí)執(zhí)行數(shù)千甚至數(shù)百萬(wàn)至數(shù)十億的測(cè)序反應(yīng)。

在NGS中，通過(guò)重復(fù)循環(huán)聚合酶介導(dǎo)的核苷酸延伸、或以一種形式通過(guò)寡核苷酸結(jié)扎的迭代循環(huán)執(zhí)行測(cè)序。作為大規(guī)模平行的過(guò)程，具體取決于平臺(tái)，NGS在單個(gè)儀器運(yùn)行中產(chǎn)生數(shù)百兆堿基到千兆堿基的核苷酸序列輸出。與傳統(tǒng)方法相比，廉價(jià)生產(chǎn)大量序列數(shù)據(jù)是主要優(yōu)點(diǎn)。

用于NGS技術(shù)的NGS平臺(tái)和通用應(yīng)用/領(lǐng)域在Voelkerding等人于2009年在《臨床化學(xué)》的55：4 641-658、Metzker于2010年1月在《Nature Reviews/Genetics》第11卷的第31-46頁(yè)和Sara Goodwin等人于2016年6月在《Nature Reviews Genetics》的第17卷的第333-351頁(yè)中加以評(píng)論。

在NGS中，各種感興趣的寡核苷酸共價(jià)地附接于支持物。隨后，用DNA聚合酶將用熒光染料標(biāo)記的核苷酸附接到生長(zhǎng)的寡核苷酸鏈上。當(dāng)用不同的熒光染料標(biāo)記四個(gè)核苷酸時(shí)，能夠檢測(cè)從探針發(fā)射的熒光信號(hào)并且能夠確認(rèn)與寡核苷酸附接的核苷酸的類(lèi)型。檢測(cè)后，切下熒光染料并執(zhí)行下一個(gè)合成循環(huán)，其中新的標(biāo)記的核苷酸附接到生長(zhǎng)鏈。通過(guò)執(zhí)行多個(gè)循環(huán)，能夠以逐步的方式確定生長(zhǎng)的寡核苷酸鏈的序列。工作步驟在自動(dòng)測(cè)序裝置中執(zhí)行。

US 2010/0323350 A1和WO 2009/117119 A1涉及使用例如通過(guò)合成方法測(cè)序獲得的數(shù)據(jù)來(lái)確定核苷酸序列中核酸的身份的方法和組合物。

WO 2008/097455 A1涉及一種用于激發(fā)和測(cè)量包含熒光材料，例如，熒光標(biāo)記、染料或顏料，的樣品上或樣品中的熒光的成像系統(tǒng)，特別是檢測(cè)核酸上的熒光標(biāo)記。此外，公開(kāi)了一種被配置為使得同時(shí)檢測(cè)多個(gè)不同DNA模板中的熒光標(biāo)記的裝置。

WO 2014/020137 A1涉及一種從測(cè)序文庫(kù)富集靶序列以提供靶富集測(cè)序文庫(kù)的方法，其中所述測(cè)序文庫(kù)適合于大規(guī)模平行測(cè)序并且包括多個(gè)雙鏈核酸分子。

具有標(biāo)記的分子的樣品探針發(fā)出的熒光信號(hào)弱，但必須以高精度和特異性檢測(cè)該信號(hào)。因此，這種過(guò)程需要精確的光學(xué)設(shè)備，尤其是照相機(jī)和掃描技術(shù)。

此外，例如，在FASTQ中，由測(cè)序裝置的光學(xué)成像系統(tǒng)捕獲的數(shù)字圖像的廣泛評(píng)估對(duì)于獲得精確和可靠的測(cè)序結(jié)果是必要的。

發(fā)明內(nèi)容

除其它外，本發(fā)明基于用光學(xué)系統(tǒng)(例如，顯微鏡)觀察到的對(duì)象的認(rèn)識(shí)，例如，由于光學(xué)系統(tǒng)的光衍射可以是模糊的。因此，從兩個(gè)鄰近但物理上分離的對(duì)象發(fā)出的光能夠在檢測(cè)器平面，例如，引起鄰近對(duì)象的信號(hào)的混合或組合中相當(dāng)重疊。在本發(fā)明的上下文中，該重疊可以被稱為鄰近影響。