[發明專利]檢測鼠傷寒沙門氏菌的方法

在審

• 申請號: 201780037629.5
• 申請日: 2017-06-15
• 公開（公告）號: CN109415772A
• 公開（公告）日: 2019-03-01
• 發明（設計）人: J-F·莫斯卡德特;S·皮埃爾
• 申請（專利權）人: 生物輻射實驗室股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 陳揚揚;余穎

本文提供了用于檢測樣品中鼠傷寒沙門氏菌的方法和組合物。

相關申請的交叉引用

本申請要求2016年6月16日提交的美國申請62/351,130的權益，該申請通過引用整體并入本文。

序列表

本申請包含以所附電子提交的序列表，并通過引用全文納入本文。2017年6月7日創建的ASCII副本命名為1050901_SEQ_ST25.txt，大小為5,026字節。

背景

沙門氏菌是全球食源性疾病的主要病因，家禽和豬肉產品是人類感染的主要來源。檢測沙門氏菌可能具有挑戰性，因為使用傳統培養技術可能無法回收低水平的細菌。沙門氏菌屬是腸桿菌科的成員，包括腸沙門氏菌(Salmonella enterica)和乍得沙門氏菌(Salmonella bongori)兩個物種。腸沙門氏菌進一步分為六個亞種，其中腸沙門氏菌腸亞種(S.enterica subsp.enterica)是臨床上最重要的，導致99％的沙門氏菌感染。亞種進一步細分為由體細胞和鞭毛抗原定義的超過2500種血清型。腸沙門氏菌腸亞種鼠傷寒血清型(Salmonella enterica subsp.enterica serovar Typhimurium)和腸沙門氏菌腸亞種腸炎血清型(Salmonella enterica subsp.enterica serovar Enteritidis)是最常報道的與來自食源性爆發的人類沙門氏菌感染病例相關的血清型。在歐盟，自2003年起實施的一項法規規定了對沙門氏菌的強制檢測。2011年，該法規補充了對腸炎沙門氏菌(S.Enteritidis)和鼠傷寒沙門氏菌(S.Typhimurium)的強制性檢測。根據委員會法規(EU)第1086/2011號，必須檢查所有新鮮家禽的腸炎沙門氏菌和鼠傷寒沙門氏菌污染。在美國，美國食品和藥物管理局(FDA)發布了“在生產，儲存和運輸過程中預防殼蛋中腸炎沙門氏菌”的最終規定(74FR 33030)，該規定將引入要求雞蛋生產商檢測腸炎沙門氏菌的方法。對于非雞蛋生產者，FDA還出版了用于針對沙門氏菌測試人類食品的指導文件：“工業指南：人類食品和直接人類接觸動物食品中沙門氏菌的檢測”。

用于檢測和鑒定沙門氏菌血清型的常規微生物方法非常耗時。根據ISO 6579，目前公認的從食品和環境初級生產樣品中分離沙門氏菌的方法需要多達5天。用于表征沙門氏菌到其亞種的最廣泛使用的方法是Kauffman-White血清分型系統，基于O，H和Vi抗原的變化。

發明內容

本文描述了用于檢測鼠傷寒沙門氏菌的方法和組合物。

在一個實施方式中，選擇性檢測樣品中鼠傷寒沙門氏菌的存在的方法包括(a)提供包含合適引物對的反應混合物，用于擴增鼠傷寒沙門氏菌登錄號CP007235的殘基749至2136(1388bp)(SEQ ID NO：1)或其部分；(b)使用步驟(a)的反應混合物進行對樣品核酸的PCR擴增；和(c)通過檢測擴增的核酸選擇性地檢測鼠傷寒沙門氏菌的存在。在一些實施方式中，步驟(b)在分區中進行。在一些實施方式中，檢測鼠傷寒沙門氏菌的存在包括對擴增的核酸進行測序。

在一些實施方式中，反應混合物包含引物對，用于擴增與SEQ ID NO：1或其部分95％，97％或99％同源的序列。在某些實施方式中，反應混合物包含用于擴增鼠傷寒沙門氏菌登錄號CP007235的殘基749至1697(947bp)(SEQ ID NO：2)或其部分的引物對。在一些實施方式中，反應混合物包含引物對，用于擴增與SEQ ID NO：2或其部分95％，97％或99％同源的序列。在某些實施方式中，反應混合物包含用于擴增鼠傷寒沙門氏菌登錄號CP007235的殘基755至1063(309bp)(SEQ ID NO：3)或其部分的引物對。在一些實施方式中，反應混合物包含引物對，用于擴增與SEQ ID NO：3或其部分95％，97％或99％同源的序列。