[發明專利]AKT-mTOR通路蛋白的檢測和量化

有效

• 申請號: 201780017167.0
• 申請日: 2017-03-13
• 公開（公告）號: CN108885215B
• 公開（公告）日: 2022-11-25
• 發明（設計）人: B·B·帕特爾;J·C·羅杰斯
• 申請（專利權）人: 皮爾斯生物科技有限公司
• 主分類號: G01N33/574
• 分類號: G01N33/574;G01N33/68;C07K14/00;C07K16/00
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 陶家蓉;楊昀

本公開涉及質譜分析的領域。在一些實施方式中，本公開涉及用于通過免疫沉淀富集隨后進行質譜分析來檢測和量化AKT?mTOR通路中蛋白質的組合物和方法。

本申請要求2016年3月14日提交的美國臨時專利申請號62/308,051的優先權的權益，為了所有目的，其通過引用的方式整體并入本文中。

技術領域

本公開涉及通過免疫沉淀和質譜來檢測和量化AKT-mTOR通路蛋白，包括磷酸化的蛋白的領域。

背景技術

AKT-mTOR通路在腫瘤進展和抗癌癥藥物抗性中起到核心作用。量化測量AKT-mTOR通路的蛋白表達和轉譯后修飾對于精確表征癌癥、監測癌癥進展，以及確定治療反應是必要的。見Logue, J. S.；Morrison, D. K.；《基因與發展（Genes Dev.）》2012年4月1日，26（7）, 641–50。

檢測和量化AKT-mTOR通路蛋白的主要限制是缺少嚴格驗證的方法和試劑。目前，僅可使用來自蛋白質印跡、ELISA以及Luminex試驗的半定量結果。質譜（MS）逐漸成為被選擇用來分析蛋白質豐度和轉譯后修飾的檢測方法。但是，迄今為止，MS還未成功量化AKT-mTOR通路蛋白，可能是由于它們的低豐度和大量的轉譯后修飾特性。

免疫沉淀（IP）是通常在MS的上游用作低豐度蛋白質靶的富集工具。見，Gingras等人，《自然綜述：分子細胞生物學（Nat. Rev. Mol. Cell. Biol.》，2007年8月，8 （8），645–54；和Carr，S. A．等人，《分子與細胞蛋白質組學（Mol. Cell. Proteomics）》，2014年3月，13 （3），907–17。鑒定用于MS上游的IP的適當抗體很重要，因為并不是所有結合蛋白質的抗體都是有效的免疫沉淀工具，而且，并不是所有作為有效的免疫沉淀工具的抗體都能通過MS成功鑒定。

發明內容

本公開提供了用于通過免疫沉淀（IP）、質譜（MS）以及免疫沉淀隨后質譜（IP-MS）來檢測和量化AKT-mTOR通路蛋白的試劑和方法。

在一些實施方式中，提供了用于免疫沉淀AKT-mTOR通路蛋白（靶蛋白）的方法，其包括使生物樣品接觸表1中列舉的任何一種抗體。在一些實施方式中，用于IP方法的抗體包括表8中列舉的抗體。在一些實施方式中，用于IP方法的抗體包括表9中列舉的抗體。方法可包括沖洗接觸的生物樣品，以富集抗體-蛋白質綴合物。進一步，方法包括檢測抗體-蛋白質綴合物（免疫沉淀的靶蛋白質），以確定生物樣品中的AKT-mTOR通路蛋白。在一些實施方式中，抗體是標記的。在一些實施方式中，為富集的抗體-蛋白質綴合物提供檢測試劑。在一些實施方式中，標記為生物素并且檢測試劑為鏈霉親合素。

在一些實施方式中，IP為單重的。在一些實施方式中，IP為多重的。用于多重的IP的抗體可包括表8和表9的抗體。

在一些實施方式中，提供了用于經MS檢測AKT-mTOR通路蛋白的方法，其包括從生物樣品分離蛋白質，分解分離的蛋白質，經質譜分析分解的蛋白質以確定存在用于AKT-mTOR通路蛋白的肽，以及確定樣品中一種或多種AKT-mTOR通路蛋白的身份。在一些實施方式中，用于AKT-mTOR通路蛋白的肽包括SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 424的序列。在一些實施方式中，肽的長度小于40個氨基酸。在一些實施方式中，用于AKT-mTOR通路蛋白的肽由SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 424的序列組成。SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 212的肽可為標記的。在一些實施方式中，SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 212上的標記不同于SEQ ID NO:213 - SEQ ID NO: 424的肽上顯示的標記。