[發明專利]MTRNR1基因突變的測定

在審

• 申請號: 201780011996.8
• 申請日: 2017-02-09
• 公開（公告）號: CN109072301A
• 公開（公告）日: 2018-12-21
• 發明（設計）人: 祖延兵;應儀如
• 申請（專利權）人: 新加坡科技研究局
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883
• 代理公司: 上海弼興律師事務所 31283
• 代理人: 薛琦;黃益澍

1.測定樣品中人線粒體編碼的12S RNA(MTRNR1)基因(SEQ ID NO：1)中突變存在的方法，其特征在于，所述突變選自由1555A>G和1494C>T組成的組，并且所述方法包括以下步驟：

(a)在允許擴增產生PCR擴增產物(擴增子)的條件下，在聚合酶鏈式反應(PCR)中使用一對引物擴增至少部分MTRNR1基因，所述部分包含突變狀態待分析的位置；

(b)在允許寡核苷酸類似物探針和擴增子彼此雜交的條件下，將不同試管中的擴增子分別與對野生型或突變的擴增子特異的等離子體納米探針接觸，所述等離子體納米探針包括等離子體納米顆粒和與其共價偶聯的非離子寡核苷酸類似物探針，所述寡核苷酸類似物探針包含與野生型或突變的擴增子互補的堿基序列，其中探針在與擴增子雜交時產生可檢測信號，該信號可與未雜交探針的信號區分開；

(c)基于測定納米探針和擴增子的雜交體的解鏈溫度T_m來確定突變的存在。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述方法的步驟(a)中使用的PCR是不對稱PCR(aPCR)。

3.如權利要求1或2所述的方法，其特征在于，在所述方法的步驟(b)中使用的等離子體納米探針包含的等離子體納米顆粒是等離子體金納米顆粒。

4.如權利要求1～3任一項所述的方法，其特征在于，在所述方法的步驟(b)中使用的等離子體納米探針包含的非離子寡核苷酸類似物探針是嗎啉代寡核苷酸(MOR)探針。

5.如權利要求1～4任一項所述的方法，其特征在于，在所述方法的步驟(b)中產生的可檢測信號是測定溶液的顏色，其指示探針是否與擴增子雜交。

6.如權利要求1～5任一項所述的方法，其特征在于，步驟(c)中測定的所述解鏈溫度由納米探針解離和隨后的聚集引起的顏色變化來指示。

7.如權利要求1～6任一項所述的方法，其特征在于，所述方法還包括在所述方法的步驟(a)之前從所述樣品中分離基因組DNA。

8.如權利要求1～7任一項所述的方法，其特征在于，所述方法包括使用一種包含至少部分包含1555A>G和1494C>T突變的MRNR1基因的核酸分子作為陽性對照，和/或使用一種包含至少部分不含所述突變的MRNR1基因的核酸分子作為陰性對照。

9.如權利要求1～8任一項所述的方法，其特征在于，在所述方法中使用的PCR引物具有核酸序列5'-GAGTGCTTAGTTGAACAGGGC-3'(SEQ ID NO：2)和5'-GGGTTTGGGGCTAGGTTTAG-3'(SEQ ID NO：3)，并且使用的寡核苷酸類似物探針是具有核酸序列5'-CGACTTGTCTCCTCTTTTTTTTTTT-3'(SEQ ID NO：4)(特定于1555A>G WT)、5'-CGACTTGCCTCCTCTTTTTTTTTTTT-3'(SEQ ID NO：5)(特定于1555A>G MUT)、5'-TTGAGGAGGGTGACGTTTTTTTTTT-3'(SEQ ID NO：6)(特定于1494C>T WT)或5'-TTGAGGAGAGTGACGTTTTTTTTTT-3'(SEQ ID NO：7)(特定于1494C>T MUT)的嗎啉代寡核苷酸。

10.如權利要求1～9任一項所述的方法，其特征在于，所述嗎啉代寡核苷酸在3'末端用二硫酰胺修飾。

11.如權利要求1～10任一項所述的方法，其特征在于，所述方法用于測定受試者對與MTRNR1基因突變相關的疾病或病癥的易感性，例如測定受試者對氨基糖苷類引起的聽力喪失的風險。