[發明專利]判斷PCR結果是否為假陽性的方法

有效

• 申請號: 201711498072.3
• 申請日: 2017-12-29
• 公開（公告）號: CN108085371B
• 公開（公告）日: 2021-11-02
• 發明（設計）人: 李陽
• 申請（專利權）人: 武漢艾德士生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6848
• 分類號: C12Q1/6848
• 代理公司: 南京縱橫知識產權代理有限公司 32224
• 代理人: 董建林;徐瑛

1.判斷PCR結果是否為假陽性的方法，其特征在于，先估算出如果在目標基因存在的情況下，在PCR體系內將要加入的目標基因模板分子數量；然后根據目標基因模板分子數量向PCR體系內添加內參模板，所述內參模板的加入用于壓制污染，所述內參模板的分子數量控制在目標基因模板分子數量的1/n，n為2～1000的自然數；

所述內參模板和目標基因模板高度同源，兩者只有個別堿基的差別，使得PCR引物能夠以相同效率擴增內參模板和目標基因模板，然后對擴增結果進行測序分析；當擴增結果以目標基因片段為主，說明樣品為陽性；當擴增結果以內參模板為主，則說明樣品為陰性；當陰性樣品被目標模板污染，且污染量不超過預期目標模板數量的1/n，則得到的為可信結果，

根據添加DNA模板的體積、濃度、以及分子量估算出在PCR體系內將要加入的所述目標基因模板分子數量，目標基因分子的數量N＝(體積*濃度*N_A)/分子量，其中分子量＝單位長度堿基對的平均分子量*堿基對長度，其中N_A為阿伏伽德羅常量6.02*10²³，同理內參模板的量可以通過換算獲得。

2.根據權利要求1所述的判斷PCR結果是否為假陽性的方法，其特征在于，所述n為3～10。

3.根據權利要求1所述的判斷PCR結果是否為假陽性的方法，其特征在于，所述測序分析的方法采用一代測序或者二代測序方法。

4.根據權利要求3所述的判斷PCR結果是否為假陽性的方法，其特征在于，采用一代測序方法，將測序得到的峰值數據以及作為參比差異序列的同源序列一起提交給計算機程序進行比對，統計每個序列所有差異位點的平均強度，各序列平均信號強度的比值即代表了所述同源序列的數量比值；所述同源序列為所述內參模板和目標基因模板。

5.根據權利要求4所述的判斷PCR結果是否為假陽性的方法，其特征在于，所述計算機程序進行比對的方法包括：先根據提交的參比差異序列算出所有差異位點，記錄這些差異位點的具體堿基和在序列中的位置；然后根據這些位置信息在測序結果文件數據中找出這些位置上4種堿基的信號強度，并記錄；統計所有差異位點上不同堿基的信號強度；對每個位點的信號強度進行均一化；統計每個序列所有差異位點的平均強度，各序列平均信號強度的比值代表了起始體系中各同源序列的數量比值。