[發(fā)明專利]判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法

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• 申請?zhí)枺?/td>: 201711482313.5
• 申請日: 2017-12-29
• 公開（公告）號: CN108103154A
• 公開（公告）日: 2018-06-01
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 李陽
• 申請（專利權(quán)）人: 武漢艾德士生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6851
• 分類號: C12Q1/6851
• 代理公司: 南京縱橫知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 32224
• 代理人: 董建林;徐瑛

1.判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法，其特征在于，用待測物種的基因組中一個已知拷貝數(shù)的基因作為內(nèi)參基因A，記為拷貝數(shù)為X的內(nèi)參基因A；

構(gòu)建一個基因片段ABm，其上含有相同拷貝數(shù)的內(nèi)參基因A序列的突變片段Am和待檢測目標(biāo)基因B的突變片段Bm；

在PCR體系中加入基因組模板和ABm，調(diào)整濃度使體系中A和ABm的摩爾比接近1:1的水平，構(gòu)建兩個體系的PCR反應(yīng)：第一個體系中設(shè)計一對引物PA-F/PA-R用于擴增內(nèi)參基因A和A的突變片段Am，第二個體系中設(shè)計一對引物PB-F/PB-R用于擴增目標(biāo)基因B和B的突變片段Bm，兩個體系中都用相同的混合的基因組和ABm片段的DNA作為模板，PA-F/PA-R的擴增產(chǎn)物為A/Am，PB-F/PB-R的擴增產(chǎn)物為B/Bm，分析兩個體系中A:Am的摩爾比值A(chǔ)n和B:Bm的摩爾比值Bn，則待檢測目標(biāo)基因B的拷貝數(shù)N＝X*Bn/An。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法，其特征在于，所述突變片段Am和突變片段Bm的四種堿基為均衡突變，突變位點數(shù)大于4個，且突變后的模板和突變前的模板具有相同的PCR擴增效率。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法，其特征在于，所述使體系中A和ABm的摩爾比接近1:1的方法為：通過計算基因組的大小和基因組模板的濃度，以及ABm的濃度和ABm所在的分子大小計算得到。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法，其特征在于，所述An和Bn的計算方法通過高通量測序或者一代測序方法得到。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法，其特征在于，采用一代測序方法得到An和Bn值的方法為：將兩個PCR體系分別的擴增結(jié)果進行一代測序，將測序得到的峰值數(shù)據(jù)以及作為參比差異序列的同源序列一起提交給計算機程序進行比對，統(tǒng)計每個序列所有差異位點的平均強度，各序列平均信號強度的比值即代表了所述同源序列的數(shù)量比值；所述同源序列為A/Am序列或者B/Bm序列。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法，其特征在于，所述引物PA-F/PA-R或者引物PB-F/PB-R，與對應(yīng)的所述同源序列均為100％匹配，擴增過程選定的擴增靶標(biāo)DNA中差異位點范圍為4～30個。

7.根據(jù)權(quán)利要求5或6所述的判斷基因組中目標(biāo)基因拷貝數(shù)的方法，其特征在于，所述計算機程序進行比對的方法包括：先根據(jù)提交的參比差異序列算出所有差異位點，記錄這些差異位點的具體堿基和在序列中的位置；然后根據(jù)這些位置信息在測序結(jié)果文件數(shù)據(jù)中找出這些位置上4種堿基的信號強度，并記錄；統(tǒng)計所有差異位點上不同堿基的信號強度；對每個位點的信號強度進行均一化；統(tǒng)計每個序列所有差異位點的平均強度，各序列平均信號強度的比值代表了起始體系中各同源序列的數(shù)量比值。