[發明專利]一種分析體系內相似序列相對數量的方法

在審

• 申請號: 201711477562.5
• 申請日: 2017-12-29
• 公開（公告）號: CN108251517A
• 公開（公告）日: 2018-07-06
• 發明（設計）人: 李陽;謝先榮;王世陽
• 申請（專利權）人: 武漢艾德士生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 南京縱橫知識產權代理有限公司 32224
• 代理人: 董建林;徐瑛

本發明公開一種分析體系內相似序列相對數量的方法，包括如下步驟：將待檢測的至少兩種同源序列用一引物對進行擴增，擴增結果進行一代測序，將測序得到的峰值數據以及作為參比差異序列的所述同源序列一起提交給計算機程序進行比對，統計每個序列所有差異位點的平均強度，各序列平均信號強度的比值即代表了所述同源序列的數量比值。本發明對于一個體系內相似序列并不是都能夠表達或者存在表達量差異的情況，能夠通過一代測序即可簡單便捷的分析出所述相似序列的相對數量，對于其分別對應的功能基因的研究具有重要意義。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，具體涉及一種分析體系內相似序列相對數量的方法。

背景技術

功能基因組學是一種利用結構基因組所提供的信息和產物，發展和應用新的實驗手段，通過在基因組或系統水平上全面分析基因的功能，使得生物學研究從對單一基因或蛋白質的研究轉向多個基因或蛋白質同時進行系統的研究。基因的功能包括：生物學功能，如作為蛋白質激酶對特異蛋白質進行磷酸化修飾；細胞學功能，如參與細胞間和細胞內信號傳遞途徑；發育上功能，如參與形態建成等。這些功能基因在基因組中常常有多個拷貝，這些拷貝之間的序列高度相似，只有部分堿基序列的差異，甚至只有幾個堿基的SNP差異，然而這些差異的基因在特定情況下并不是都能夠表達或者存在表達量的差異，因此，研究基因組中功能基因多個拷貝的相對數量變得非常困難。

怎樣弄清楚這些相似的同源基因在細胞內的相對豐度，對于確定其對應基因的功能研究有重要意義。PCR技術是一種用于放大擴增特定的DNA片段的分子生物學技術，對于同源基因之間全部表達或者不表達的情況通過普通PCR就很容易確定，然而對于同源基因僅僅是量的差異情況，目前還沒有一種簡單便捷的分析方法。

發明內容

本發明的目的是針對現有技術存在的問題，提出了一種分析體系內相似序列相對數量的方法，通過一代測序方法就能夠簡單快速判定同源基因產物的相對豐度。

為實現上述目的，本發明采用的技術方案是：

本發明提供一種分析體系內相似序列相對數量的方法，包括如下步驟：將待檢測的至少兩種同源序列用一引物對進行擴增，擴增結果進行一代測序，將測序得到的峰值數據以及作為參比差異序列的所述同源序列一起提交給計算機程序進行比對，統計每個序列所有差異位點的平均強度，各序列平均信號強度的比值即代表了所述同源序列的數量比值。

所述一代測序基于毛細管電泳，電泳后掃描電泳泳道上的熒光信號并記錄，具體的，一代測序結果數據為ABI公司開發的數據軟件，所述峰值數據指距離電泳起點一定距離上的A,T,C,G對應熒光信號強度。

優選的，所述擴增過程對所有所述同源序列具有同樣的擴增效率。

優選的，所述引物對與所述同源序列均為100％匹配，擴增過程選定的擴增靶標DNA中差異位點范圍為4～30個。

優選的，所述參比差異序列為所述擴增靶標DNA中的所有同源序列。

優選的，每次比對的所述同源序列為兩種。

優選的，所述計算機程序進行比對的方法包括：先根據提交的參比差異序列算出所有差異位點，記錄這些差異位點的具體堿基和在序列中的位置；然后根據這些位置信息在測序結果文件數據中找出這些位置上4種堿基的信號強度，并記錄；統計所有差異位點上不同堿基的信號強度；對每個位點的信號強度進行均一化；統計每個序列所有差異位點的平均強度，各序列平均信號強度的比值代表了起始體系中各同源序列的數量比值。

與現有技術相比，本發明的有益效果是：對于一個體系內相似序列并不是都能夠表達或者存在表達量差異的情況，能夠通過一代測序即可簡單便捷的分析出所述相似序列的相對數量，對于其分別對應的功能基因的研究具有重要意義。

附圖說明

圖1為實施例中的測序結果用數據軟件打開的峰值數據圖。