[發明專利]一種小RNA測序數據表達量計算方法

在審

• 申請號: 201711439911.4
• 申請日: 2017-12-26
• 公開（公告）號: CN108154009A
• 公開（公告）日: 2018-06-12
• 發明（設計）人: 李婷
• 申請（專利權）人: 重慶佰諾吉生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 重慶圖為知識產權代理事務所(普通合伙) 50233
• 代理人: 蔣國榮

本發明公開了一種小RNA測序數據表達量計算方法，包括：獲取原始測序數據，對所述獲得的原始數據進行質量控制序列提取，對所述質量控制序列提取后的數據進行去除接頭處理，對所述除接頭后的數據進行有效序列提取，對所述提取的有效序列有效處理，統計不同序列在不同樣本中的表達量。該方法能準確快速的計算RNA測序數據的表達量。

技術領域

本發明涉及一種基因測試領域，特別涉及一種RNA測序數據表達量計算方法。

背景技術

小RNA(small RNAs)主要指長度在18-30nt的一類非編碼RNA(ncRNAs)，在真核生物中，具有基因表達調控功能的小RNA主要有微小RNA(microRNAs)、內源小干擾RNA(endo-siRNAs)和piwi干擾RNA(piRNAs)。piRNA長度集中在26-31nt，目前只在動物的生殖系細胞及干細胞中被發現，其主要功能是參與轉座子的沉默。

miRNAs和endo-siRNAs長度主要集中在20-24nt。miRNAs在動植物和微生物中都普遍存在，目前在miRBase 21數據庫中已包含223個物種的35828條記錄。在細胞質中，miRNAs與AGO1等蛋白形成RISC復合體(RNA-induced silencing complex)，RISC通過miRNA與特定的mRNA靶基因互補配對，在配對區域的中間位置，AGO1通過對mRNA的切割促使其降解或者通過翻譯抑制實現轉錄后調控。據估計一個物種中約1/3的基因會受到miRNA的調控，大量的實驗也表明miRNAs參與了諸多生命過程的調控，例如細胞周期，細胞分化，組織器官的發生，營養代謝，信號途徑以及對外界生物的非生物的環境的反應；同時，miRNAs在生產實踐與臨床治療上也具有很大的應用前景。

小分子干擾RNA(siRNAs)最初在植物轉錄后基因沉默現象中被報道，長度在20-25nt，來自外源的雙鏈核糖核酸(dsRNA)切割產生。隨著小RNA研究的深入發展，大量的endo-siRNAs被發現，在植物體內，endo-siRNAs目前可以分為三種類型：

(1)trans-acting siRNAs(ta-siRNAs)，21nt，功能與miRNAs類似，與AGO1或AGO7組成RISC復合體參與轉錄后調控。

(2)Natural-antisense siRNAs(nat-siRNAs)，21nt和24nt，21nt的nat-siRNAs功能與miRNAs類似，參與轉錄后調控。

(3)Repeat-associated siRNAs(ra-siRNAs)，24nt，參與染色體水平的基因沉默、抑制轉座子的轉座。

顯然，生命體內還存在許多具有重要功能的small RNAs。如何鑒定與發現這些RNA是值得人們思索的重要問題。

以往用于尋找miRNAs等小RNA的方法有實驗克隆法，計算機預測法。克隆法可以直接用于鑒定新小RNA，是初期發掘小RNA的常用方法，不足之處是實驗周期較長，對低表達的小RNA的發現能力十分有限。計算機預測法多是針對某一已知的小RNA特征設計算法，從全基因組或EST數據庫中快速發掘大量潛在的小RNA，一定程度上彌補了克隆法的缺點，然而，預測的小RNA最終還需要實驗證明，同時計算機預測法對新類型小RNA的發掘能力十分有限。