[發明專利]一種小RNA測序數據表達量計算方法

在審

• 申請號: 201711439911.4
• 申請日: 2017-12-26
• 公開（公告）號: CN108154009A
• 公開（公告）日: 2018-06-12
• 發明（設計）人: 李婷
• 申請（專利權）人: 重慶佰諾吉生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 重慶圖為知識產權代理事務所(普通合伙) 50233
• 代理人: 蔣國榮

1.一種小RNA測序數據表達量計算方法，其特征在于，所述方法包括：獲取原始測序數據；對所述獲得的原始數據進行質量控制序列提取；對所述質量控制序列提取后的數據進行去除接頭處理；對所述除街頭后的數據進行有效序列提取；對所述提取的有效序列有效處理；統計不同序列在不同樣本中的表達量。

2.根據權利要求1所述的一種小RNA測序數據表達量計算方法，其特征在于，所述質量控制序列提取為：對reads的質量進行評分，提取出score大于20的reads。生成文件命名為*-qualified.txt。

3.根據權利要求2所述的一種小RNA測序數據表達量計算方法，其特征在于，所述除接頭為：根據去除接頭后有效序列的長度將reads評分為invalid(inv)和valid(val)，生成文件命名為*-no_adapter.txt。

4.根據權利要求3所述的一種小RNA測序數據表達量計算方法，其特征在于，所述有效序列提取為：對上述去除接頭后的*-no_adapter.txt文件，用grep命令取出文件中的validreads，將提取后的文件名命名為*-valid.txt。

5.根據權利要求4所述的一種小RNA測序數據表達量計算方法，其特征在于，所述有效序列處理為：首先對上述對上述*-valid.txt，將其文件內容調整為樣本名+序列+頻率的格式，將生成的文件命名為*-18nt.txt，然后合并所有*-18nt.txt文件，最后取出*-valid.txt文件中的所有序列，將生成的文件命名為*-seq.txt，合并所有*-seq.txt文件并排序去重。

6.根據權利要求5所述的一種小RNA測序數據表達量計算方法，其特征在于，所述統計不同序列在不同樣本中的表達量為：生成文件命名為all-seq-uniq.freq，將all-seq-uniq.freq轉換為FASTA文件all-seq-uniq-freq.fa。