[發(fā)明專利]特定突變位點的檢測方法、檢測裝置、存儲介質及處理器

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201711435780.2
• 申請日: 2017-12-26
• 公開（公告）號: CN108220403B
• 公開（公告）日: 2021-07-06
• 發(fā)明（設計）人: 白靈;譚澤民;方楠;劉珂弟;劉倩;唐宇
• 申請（專利權）人: 北京科迅生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12M1/34
• 代理公司: 北京康信知識產(chǎn)權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 韓建偉;謝湘寧

本發(fā)明提供了一種特定突變位點的檢測方法、檢測裝置、存儲介質及處理器。該檢測方法包括：根據(jù)人群中特定突變位點的特定單倍型，判斷待測個體中特定突變位點的基因型。通過利用已有的或構建的針對特定突變位點對應的特定單倍型進行無創(chuàng)檢測判斷待測個體中特定突變位點的基因型，不僅該方法所需試劑價格便宜，可形成高通量的檢測規(guī)模，而且不需要單獨構建父母親和先證者樣本的單倍型，更貼近臨床，并易于推廣。

技術領域

本發(fā)明涉及單基因突變的檢測方法，具體而言，涉及一種特定突變位點的檢測方法、檢測裝置、存儲介質及處理器。

背景技術

產(chǎn)前檢測是在孕早期或中期對胎兒進行檢查，以便能夠對發(fā)現(xiàn)的問題進行提前的干預或治療。傳統(tǒng)的產(chǎn)前檢測主要是侵入性的手段：絨毛活檢、羊膜穿刺和經(jīng)腹臍靜脈穿刺等。雖然檢測的結果比較準確，但是風險較高，容易造成孕婦流產(chǎn)或宮內感染。

1997年，香港大學盧煜明團隊首次發(fā)現(xiàn)孕婦外周血中含有胎兒游離核酸，基于此發(fā)現(xiàn)利用高通量測序平臺結合低深度全基因組測序技術和Z值檢驗進行胎兒13/18/21號染色體非整倍體的無創(chuàng)產(chǎn)前檢測技術不斷成熟和發(fā)展并逐步應用于臨床，目前部分公司在此基礎上擴展到了染色體的微缺失和微重復檢測。雖然目前已經(jīng)能夠在這些染色體水平對胎兒進行無創(chuàng)檢測，減少染色體異常所帶來的缺陷兒的出生，減少家庭負擔并帶來巨大的社會效益。

目前已有一些方法用于部分單基因病的無創(chuàng)檢測，如利用數(shù)字PCR進行父源性或者新發(fā)的致病突變的檢測；利用COLD(coamplification at lower denaturationtemperature)-PCR、Allele-specific real-time PCR進行父源性致病突變的無創(chuàng)單基因病檢測；利用cSMART(ciruclating single-molecule amplification and resequencingtechnology)技術進行Wilson disease的無創(chuàng)檢測；也有利用基于單倍型分析結合高通量測序技術來進行單基因病的無創(chuàng)檢測。

血漿中胎兒等位基因的精確定量，比較等位基因處突變的相對含量問題，對于胎兒遺傳的父源性突變或者denovo突變檢測相對較易，這也是目前多數(shù)技術應用于單基因病的無創(chuàng)檢測所解決的問題，而對于常染色體的隱性遺傳檢測，還比較困難。

目前已有基于單倍型分析的單基因病無創(chuàng)檢測，但是需要收集父親、母親以及受該單基因病影響的先證者(指該家族第一個就診或發(fā)現(xiàn)的患病成員)的基因組DNA樣本，通過對三者的基因組DNA進行測序，根據(jù)SNP位點信息構建父母親的單倍型，然后根據(jù)孕婦血漿游離DNA的測序數(shù)據(jù)，利用相對單倍型劑量(RHDO)分析計算胎兒遺傳的單倍型的類型來判斷胎兒在致病位點處的基因型，這一個過程往往比較復雜，費時費力，檢測的價格比較昂貴，而且有時候并不能方便的收集到一級親屬的DNA樣本，導致不能很好的應用于臨床。

發(fā)明內容

本發(fā)明的主要目的在于提供一種特定突變位點的檢測方法、檢測裝置、存儲介質及處理器，以解決現(xiàn)有技術中在檢測某些突變位點時存在檢測過程復雜，不利于臨床上的推廣的問題。

為了實現(xiàn)上述目的，根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種特定突變位點的檢測方法，該檢測方法包括：根據(jù)人群中特定突變位點的特定單倍型，判斷待測個體中特定突變位點的基因型。

進一步地，根據(jù)人群中特定突變位點的特定單倍型，判斷待測個體中特定突變位點的基因型之前，檢測方法還包括構建人群中特定突變位點的單倍型的步驟。