[發明專利]特定突變位點的檢測方法、檢測裝置、存儲介質及處理器

有效

• 申請號: 201711435780.2
• 申請日: 2017-12-26
• 公開（公告）號: CN108220403B
• 公開（公告）日: 2021-07-06
• 發明（設計）人: 白靈;譚澤民;方楠;劉珂弟;劉倩;唐宇
• 申請（專利權）人: 北京科迅生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12M1/34
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 韓建偉;謝湘寧

1.一種非診斷目的的特定突變位點的檢測方法，其特征在于，所述檢測方法包括：

根據人群中特定突變位點的特定單倍型，判斷待測個體中所述特定突變位點的基因型，

根據人群中特定突變位點的特定單倍型，判斷待測個體中所述特定突變位點的基因型之前，所述檢測方法還包括構建所述人群中特定突變位點的單倍型的步驟，構建所述人群中特定突變位點的特定單倍型的步驟包括：

獲取人群中來源于不同家系樣本的包含所述特定突變位點的測序數據，其中，每個家系樣本包括父本、母本及先證者；

統計各所述測序數據中的SNP位點的基因型，得到每個樣本的SNP位點信息；

去除每個所述樣本的SNP位點信息中的INDEL位點以及偏離孟德爾遺傳定律的SNP位點，得到每個所述樣本的有效SNP位點；

對每個所述樣本的有效SNP位點進行單倍體分型，得到每個所述樣本的兩條單倍型；

比較所有家系中所述先證者的兩條單倍型中在所述特定突變位點為突變型堿基時所對應的單倍型，找出所有與所述特定突變位點的突變型堿基連鎖遺傳的SNP位點，從而構成所述人群中特定突變位點的特定單倍型；

所述待測個體為胎兒，根據人群中特定突變位點的特定單倍型，判斷待測個體中所述特定突變位點的基因型的步驟包括：

獲取父親基因組DNA和母親基因組DNA的所述特定單倍型中各SNP位點的基因型信息，并獲取母親血漿游離DNA的所述特定單倍型中各SNP位點的堿基類型的頻率；

挑選在所述母親基因組DNA中的基因型為雜合而在所述父親基因組DNA中的基因型為純合的SNP位點，記為第一類SNP位點，并根據所述母親血漿游離DNA中對應的所述第一類SNP位點的突變堿基的頻率，判斷胎兒遺傳了來源于母親野生型的單倍型還是突變型的單倍型；

挑選在所述母親基因組DNA中的基因型為純合而在所述父親基因組DNA的基因型為雜合的SNP位點，記為第二類SNP位點，并根據所述母親血漿游離DNA中對應的所述第二類SNP位點的突變堿基的頻率，判斷胎兒遺傳了來源于父親野生型的單倍型還是突變型的單倍型；

將所述胎兒的來源于母親的單倍型與來源于父親的單倍型分別與所述人群中特定突變位點的特定單倍型進行比較，根據比較結果確定所述胎兒在所述突變位點的基因型；

根據所述母親血漿游離DNA中對應的所述第一類SNP位點的突變堿基的頻率，判斷胎兒遺傳了來源于母親野生型的單倍型還是突變型的單倍型的步驟包括：

當所述突變堿基的頻率小于50%且父親在所述第一類SNP位點的基因型為野生型純合時，則確定所述胎兒遺傳了來源于母親野生型的單倍型，當所述突變堿基的頻率大于50%且父親在所述第一類SNP位點的基因型為突變型純合時，則確定所述胎兒遺傳了來源于母親突變型的單倍型；

根據所述母親血漿游離DNA中對應的所述第二類SNP位點的突變堿基的頻率，判斷胎兒遺傳了來源于父親野生型的單倍型還是突變型的單倍型的步驟包括：

當母親在所述第二類SNP位點的基因型為野生型純合時，若檢測到突變型頻率，則確定胎兒遺傳了來源于父親的突變型的單倍型；

當母親在所述第二類SNP位點的基因型為突變型純合時，若檢測到野生型頻率，則確定胎兒遺傳了來源于父親的野生型的單倍型。

2.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于，所述獲取人群中來源于不同家系樣本的包含所述特定突變位點的測序數據的步驟包括：

設計并合成包含所述特定突變位點的文庫雜交探針；

獲取所述人群中來源于不同家系樣本的基因組DNA文庫；

將所述基因組DNA文庫與所述文庫雜交探針進行雜交捕獲反應，得到捕獲文庫；

對所述捕獲文庫進行測序，得到所述人群中來源于不同家系樣本的包含所述特定突變位點的測序數據。