[發(fā)明專利]用于鑒定西藏紅豆杉的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201711398246.9
• 申請日: 2017-12-22
• 公開（公告）號: CN109486979A
• 公開（公告）日: 2019-03-19
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 林源吉;丁佳女;鄭宜文
• 申請（專利權(quán)）人: 杭州百邁生物股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.用于鑒定西藏紅豆杉的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述SNP分子標(biāo)記位于SEQ IDNO.1所示序列的第314位堿基，若第314堿基為A，則鑒定為西藏紅豆杉。

2.權(quán)利要求1所述SNP分子標(biāo)記在西藏紅豆杉鑒定中的應(yīng)用。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的應(yīng)用，其特征在于，從南方紅豆杉、曼地亞紅豆杉、歐洲紅豆杉、西藏紅豆杉、東北紅豆杉和云南紅豆杉中鑒定出西藏紅豆杉。

4.用于鑒定西藏紅豆杉的核苷酸序列，其特征在于，所述核苷酸序列包括SEQID NO.1，或者SEQ ID NO.1所對應(yīng)的cDNA或mRNA，所述SEQ ID NO.1所示序列的第314位堿基為A。

5.一種鑒定西藏紅豆杉的試劑盒，其特征在于，包括用于特異性檢測SEQ IDNO.1序列第314位的堿基為A存在與否的一種或多種引物，或引物和探針的組合。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的試劑盒，其特征在于，所述引物和探針選自：用于測序鑒定的特異性擴增引物F1、R1和測序引物，引物序列分別為

上游引物F1：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'

下游引物R1：5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'

測序引物：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'

或者，用于熒光定量PCR檢測的擴增特異性引物和探針，引物和探針序列分別為：

上游引物F2：5'-TGGGTGCACCAGCGACTC-3'

下游引物R2：5'-CTGCTTTGCAGACCGGCA-3'

探針P2：5'-TCGAAGGGTCCCAGAAATTTCCACCT-3'；

或者，用于ARMS-PCR檢測的特異性擴增引物，引物序列為：

上游引物F3：5'-CGGTCGAAGGGTCCCTGA-3'

下游引物R3：5'-GCCCGGCGACACTTCA-3' 。

7.根據(jù)權(quán)利要求5至6之一所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒用于從南方紅豆杉、曼地亞紅豆杉、歐洲紅豆杉、西藏紅豆杉、東北紅豆杉和云南紅豆杉中鑒定出東北紅豆杉。

8.一種制備鑒定西藏紅豆杉試劑盒的方法，包括制備檢測反應(yīng)試劑的步驟，其特征在于，所述反應(yīng)試劑包含用于特異性檢測SEQ ID NO.1序列第314位的堿基為A存在與否的一種或多種引物，或引物和探針的組合。

9.用于鑒定西藏紅豆杉的寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸用于特異性檢測SEQID NO.1序列第314位的堿基為A存在與否，所述寡核苷酸選自用于測序的特異性擴增引物序列和測序引物序列，分別為

上游引物F1：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'

下游引物R1：5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'

測序引物：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'

或者，用于熒光定量PCR擴增特異性上游引物F2序列、下游引物R2序列和探針P2序列，分別為：

上游引物F2：5'-TGGGTGCACCAGCGACTC-3'

下游引物R2：5'-CTGCTTTGCAGACCGGCA-3'

探針P2：5'-TCGAAGGGTCCCAGAAATTTCCACCT-3'；

或者，用于ARMS-PCR擴增的特異性上游引物F3序列和下游引物R3序列分別為：

上游引物F3：5'-CGGTCGAAGGGTCCCTGA-3'

下游引物R3：5'-GCCCGGCGACACTTCA-3'。

10.一種鑒定西藏紅豆杉的方法，包括以下步驟：

(1)提取待測植物的基因組DNA；

(2)以步驟(1)提取的基因組DNA為模板，進(jìn)行PCR擴增，檢測SEQ ID NO.1序列第314位的堿基為A存在與否；

(3)若經(jīng)檢測，SNP位點為A時，則判斷該待測植物鑒定為西藏紅豆杉。