[發明專利]用于鑒定西藏紅豆杉的SNP分子標記及應用

在審

• 申請號: 201711398246.9
• 申請日: 2017-12-22
• 公開（公告）號: CN109486979A
• 公開（公告）日: 2019-03-19
• 發明（設計）人: 林源吉;丁佳女;鄭宜文
• 申請（專利權）人: 杭州百邁生物股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明公開了一種用于鑒定西藏紅豆杉的SNP分子標記，所述SNP分子標記位于SEQ ID NO.1所示序列的第314位堿基，若第314位的堿基為A，則鑒定為西藏紅豆杉。本發明基于SNP分子標記建立起了快速鑒定西藏紅豆杉的體系。從而達到快速、準確檢測西藏紅豆杉的目的，對于口岸物種檢驗工作等具有重大的意義。

技術領域

本發明涉及木材材種鑒定的分子生物學檢測領域，具體地說，涉及用于西 藏紅豆杉的SNP分子標記及其應用。

背景技術

西藏紅豆杉(拉丁學名Taxus wallichiana Zucc.)，又稱喜馬拉雅紅豆杉，為 紅豆杉科紅豆杉屬植物。喬木或大灌木，一年生枝綠色。葉條形，質地較厚。雌 雄異株，球花單生葉腋；雄球花圓球形，具多數螺旋狀排列的雄蕊，具短梗；雌球 花幾無梗。種子當年成熟，堅果狀，柱狀長圓形，生于肉質、紅色、杯狀假種皮 中。西藏特有樹種，為國家Ⅰ級重點保護野生植物，分布于阿富汗、尼泊爾以及 中國大陸的西藏等地。

西藏紅豆杉是中國分布區最小，也是資源蘊藏量最小的種類，但資源基本未 遭破壞。木材心邊材區別明顯，紋理均勻，結構細致，硬度大，韌性強，干后少 撓裂。為優良的建筑、橋梁、家具、器具、車輛等用材。可作產區的造林樹種。

其珍貴奇特的藥用價值引起國內外專家的關注，它所含的紫杉醇對癌癥有良 好的療效，對糖尿病、冠心病等有一定的療效，應用開發前景可觀。

形態學鑒定是西藏紅豆杉鑒定中常采用的方法，但形狀特征易受生境、氣候、 生理狀況等的影響而常常導致主觀辨別上的偏差，僅靠形態差異難以準確鑒定。

近年來，利用分子生物學技術進行物種鑒定已經在一些珍惜物種及檢驗檢 疫方面得到了應用，如何利用分子生物學技術建立高效、快速、靈敏且準確度高 的鑒定方法將是西藏紅豆杉鑒定領域的關鍵技術之一。

發明內容

本發明提供一種用于鑒定西藏紅豆杉的SNP分子標記，所述SNP分子標記 位于SEQID NO.1所示序列的第314位堿基，若第314堿基為A，則鑒定為西 藏紅豆杉。

所述SNP分子標記在西藏紅豆杉鑒定中的應用。

所述的應用具體的包括從南方紅豆杉、曼地亞紅豆杉、歐洲紅豆杉、西藏紅 豆杉、東北紅豆杉和云南紅豆杉中鑒定出西藏紅豆杉。

本發明提供了一種用于鑒定西藏紅豆杉的核苷酸序列，包括SEQ ID NO.1， 或者SEQ ID NO.1所對應的cDNA或mRNA，所述SEQ ID NO.1所示序列的第 314位堿基為A。

本發明提供了一種鑒定西藏紅豆杉的試劑盒，包括用于特異性檢測SEQ ID NO.1序列第314位的堿基為A存在與否的一種或多種引物，或引物和探針的組 合。所述引物和探針選自：

用于測序鑒定的特異性擴增引物F1、R1和測序引物，引物序列分別為

上游引物F1：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'

下游引物R1：5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'

測序引物：5'-GCGGTAGGATCATTGTCG-3'

或者，用于熒光定量PCR檢測的擴增特異性引物和探針，引物和探針序列 分別為：

上游引物F2：5'-TGGGTGCACCAGCGACTC-3'

下游引物R2：5'-CTGCTTTGCAGACCGGCA-3'

探針P2：5'-TCGAAGGGTCCCAGAAATTTCCACCT-3'；

或者，用于ARMS-PCR檢測的特異性擴增引物，引物序列為：