[發明專利]一種鑒定滸苔近緣種的引物對、DNA條形碼及其應用和檢測方法

有效

• 申請號: 201711365182.2
• 申請日: 2017-12-18
• 公開（公告）號: CN107988408B
• 公開（公告）日: 2021-08-03
• 發明（設計）人: 高大海;孫忠民;姚建亭
• 申請（專利權）人: 中國科學院海洋研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 沈陽科苑專利商標代理有限公司 21002
• 代理人: 李穎;周秀梅

本發明屬于藻類分子標記技術領域，具體涉及一種鑒定滸苔近緣種DNA條形碼的引物對、DNA條形碼及其應用和檢測方法。鑒定滸苔近緣種的引物對，上游引物序列：5’GCTGACATACCATCACGATAGT 3’(SEQ ID U01)；下游引物序列：5’CGTATTATTTCACCAGACCCTT 3’(SEQ ID U02)。所述引物對在鑒定滸苔近緣種中的應用。本發明是傳統物種鑒定的強有力補充，而且樣本鑒定過程能夠實現自動化和標準化，突破了對經驗的過度依賴，并可利用藻體的殘片進行快速有效的鑒定，能夠在較短時間內建立形成易于利用的應用系統。

技術領域

本發明屬于藻類分子標記技術領域，具體涉及一種鑒定滸苔近緣種DNA條形碼的引物對、DNA條形碼及其應用和檢測方法。

背景技術

滸苔(Ulva prolifera)、緣管滸苔(Ulva linza)和曲滸苔(Ulva flexuosa)是隸屬于石莼屬近緣物種，均屬于可以食用的綠藻，但其大量增殖會引發生態災害，例如，由滸苔爆發性增殖而引起的“綠潮”災害，從2007年起在我國黃海連續發生，其生物量巨大，影響范圍廣，給沿岸經濟和生態都造成嚴重的負面影響，引起了社會、媒體、政府和相關學者的廣泛關注。

目前用于石莼屬綠藻的鑒定方法包括形態學觀察、雜交實驗鑒定和DNA條形碼鑒定等。傳統形態學鑒定主要依據形態特征和生活史特點，如，藻體形狀、生殖發育方式、細胞大小和排列方式、葉綠體形態及淀粉核數量等。形態學觀察通常耗時較長，要求操作人員具有一定的分類學基礎，同時由于石莼屬綠藻在不同生活環境中會產生較大的形態變異，也是形態學鑒定的難點。雜交實驗鑒定通過對雌雄配子進行雜交實驗，根據是否存在生殖隔離，來實現綠藻的鑒定，該方法需要對藻體進行持續培養和配子體分離，對人員的操作要求高，試驗周期也較長。

近年來，DNA條形碼對物種進行分類鑒定已經成為一種準確高效的方法。DNA條形碼的工作原理是基于DNA短片段來識別動物、植物或其它生物的類別，可利用有機體的殘片進行快速有效的鑒定，能夠在較短時間內建立形成易于利用的應用系統。石莼屬綠藻一般利用ITS和rbcL等DNA序列片段的作為DNA條形碼進行物種鑒定，然而，對于滸苔和緣管滸苔這對近緣物種來說，使用ITS和rbcL這些常用的分子標記時，得到的DNA條形碼序列相似性極高，在系統發育分析中聚為一個同源支系，無法有效的對這兩個物種進行區分。進而，急需能夠準確區分滸苔和緣管滸苔等近緣物種的方法。

發明內容

本發明針對現有技術中存在的不足，提供一種鑒定滸苔近緣種DNA條形碼的引物對、DNA條形碼及其應用和檢測方法。

為實現上述目的，本發明采用技術方案為：

一種鑒定滸苔近緣種的引物對：

上游引物序列：5’GCTGACATACCATCACGATAGT 3’(SEQ ID U01)；

下游引物序列：5’CGTATTATTTCACCAGACCCTT 3’(SEQ ID U02)。

一種鑒定滸苔近緣種的引物對的應用，所述引物對在鑒定滸苔近緣種中的應用。

一種鑒定滸苔近緣種的DNA條形碼，DNA條形碼為葉綠體rps7-ycf3序列。

所述用于鑒定滸苔(U.prolifera)的DNA條形碼，為SEQ ID No.3所示的堿基序列；用于鑒定緣管滸苔(U.linza)的DNA條形碼，為SEQ ID No.4所示的堿基序列；用于鑒定曲滸苔(U.flexuosa)的DNA條形碼，為SEQ ID No.5所示的堿基序列。

所述DNA條形碼對在鑒定滸苔近緣種中的應用。

一種鑒定滸苔近緣種得方法：

1)以待測樣品的DNA為模板，以所述鑒定滸苔近緣種的引物對作為引物，進行PCR擴增；