[發明專利]用于二代測序質量評估的文庫、試劑及應用

有效

• 申請號: 201711330411.7
• 申請日: 2017-12-13
• 公開（公告）號: CN108203847B
• 公開（公告）日: 2022-01-04
• 發明（設計）人: 廖莎;閆東東;章文蔚;徐崇鈞;陳奧;陳瑩;趙杰;許軍強;傅德豐;何琳
• 申請（專利權）人: 深圳華大智造科技股份有限公司
• 主分類號: C40B40/06
• 分類號: C40B40/06;C12N15/70;C12N1/21;C12Q1/6869;C12R1/19
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭家恩

本申請公開了一種用于二代測序質量評估的文庫、試劑及應用。本申請的文庫為具有不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫，在文庫中連接有接頭序列和索引序列；單鏈DNA文庫包括高AT含量單鏈DNA、高GC含量單鏈DNA、poly結構單鏈DNA和發夾結構單鏈DNA中的至少一種。本申請文庫，采用具有不同堿基特征的已知序列測序，可評估不同堿基特征對測序的影響和偏差，實現測序質量評估，糾正這些偏差，實現測序優化。本申請提高核酸測序準確性的方法，通過比較測序結果和已知序列，獲得不同堿基特征的測序偏差，指導測序軟件算法改善，提高測序準確性；本申請方法，能有效減少測序偏差，為提高測序準確性提供了一種簡單有效的方法。

技術領域

本申請涉及核酸測序質量評估領域，特別是涉及一種用于二代測序質量評估的文庫、試劑及應用。

背景技術

高通量測序技術是一項非常重要的技術，在生物學研究和臨床應用中都具有至關重要的作用，特別是在精準醫療中的作用顯得越來越重要。隨著二代測序在精準醫療中的地位越來越重要，相應的對其測序準確度要求也逐步提高。目前二代測序的主流平臺，例如illumina和proton，都能達到99.9％的準確率，但是測序讀長的加長，以及堿基含量的復雜度等，都可能導致測序準確率的下降。為了更好的滿足二代測序在精準醫療中的作用，有必要不斷提升測序技術。

目前二代測序的基本流程包括，測序文庫的構建，文庫信號的放大，依靠測序酶將堿基信號轉變為測序儀能夠識別的光信號，最后通過計算機軟件將光信號還原成堿基信息。

在上述測序基本流程中，有幾個方面都容易引進測序錯誤，導致測序的準確率下降：(1)文庫構建過程中，片段的打斷可能導致堿基突變或缺失，PCR擴增可能引入錯誤的堿基配對；(2)文庫的信號放大一般也是通過PCR來進行，同樣的，酶的保真性問題也可能引入測序的錯誤；(3)將堿基信號轉變成電信號的過程中，因為dNTP一般是帶修飾的dNTP，測序酶為配合改造的dNTP也需要進行相應的改造，其保真性在一定程度上也會受到影響，從而導致測序的準確度降低；(4)最后數據分析軟件將光信號轉化為堿基信息的過程中，也可能因為熒光背景、雜質、信號弱等因素導致信號處理出錯。

一般情況下，為了驗證二代測序的準確率，會選用一代測序sanger測序法進行驗證。但是此方法較麻煩，不利于用于在測序技術研發中，有針對性地改進測序過程中各個環節中導致的錯誤率。

發明內容

本申請的目的是提供一種新的用于二代測序質量評估的文庫、試劑及應用。

本申請的一面公開了用于二代測序質量評估的文庫，該文庫為具有不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫，并且在文庫中連接有接頭序列和索引序列；其中，具有不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫包括高AT含量單鏈DNA、高GC含量單鏈DNA、poly結構單鏈DNA和發夾結構單鏈DNA中的至少一種。

需要說明的是，在實際的未知序列的測序過程中，可能存在的各種影響測序準確性的堿基特征，例如高AT含量、高GC含量、poly結構和發夾結構等，本申請創造性的采用人工合成的方法，合成具有以上不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫；這樣通過比較測序結果和已知序列，就可以獲知所采用的測序平臺具體會出現怎樣的測序偏差，從而對二代測序質量進行評估。通過對這些測序偏差，還可以進一步的針對性的進行糾正，進而提高測序準確性。

可以理解，本申請用于二代測序質量評估的文庫，除了可以進行二代測序質量評估以外，如前面所說的，還可以進一步的對二代測序進行糾正、優化，以提高測序準確性或測序質量。

還需要說明的是，為了使用方便，也為了進一步的減少建庫流程，減少建庫流程所引入的堿基錯誤或誤差，本申請優選的，在文庫中事先連接好接頭序列和索引序列，也就是說，在合成文庫的序列時，接頭序列和索引序列是直接一起人工合成的；這就避免了再向文庫添加接頭序列和索引序列的反應步驟。其中，接頭序列和索引序列的具體序列可以參考現有的測序平臺，在此不做限定。