[發明專利]用于二代測序質量評估的文庫、試劑及應用

有效

• 申請號: 201711330411.7
• 申請日: 2017-12-13
• 公開（公告）號: CN108203847B
• 公開（公告）日: 2022-01-04
• 發明（設計）人: 廖莎;閆東東;章文蔚;徐崇鈞;陳奧;陳瑩;趙杰;許軍強;傅德豐;何琳
• 申請（專利權）人: 深圳華大智造科技股份有限公司
• 主分類號: C40B40/06
• 分類號: C40B40/06;C12N15/70;C12N1/21;C12Q1/6869;C12R1/19
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭家恩

1.一種用于二代測序質量評估的文庫，其特征在于：所述文庫為具有不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫，并且在所述文庫中連接有接頭序列和索引序列；所述具有不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫包括高AT含量單鏈DNA、高GC含量單鏈DNA、poly結構單鏈DNA和發夾結構單鏈DNA；所述文庫的兩端還具有通用引物結合序列；

所述高AT含量單鏈DNA是指AT含量大于或等于72.95%的單鏈DNA；

所述高GC含量單鏈DNA是指GC含量大于或等于75.47%的單鏈DNA。

2.根據權利要求1所述的文庫，其特征在于：所述單鏈DNA文庫由SEQ ID NO.7所示序列、SEQ ID NO.8所示序列、SEQ ID NO.9所示序列、SEQ ID NO.10所示序列、SEQ ID NO.11所示序列和SEQ ID NO.12所示序列組成。

3.一種克隆載體，所述克隆載體包括質粒和插入片段，其特征在于：所述插入片段包括權利要求1或2所述的文庫。

4.根據權利要求3所述的克隆載體，其特征在于：所述質粒為pMD18-T或pMD19-T。

5.一種工程菌，所述工程菌包括受體菌和導入并保存于受體菌中的權利要求3或4所述的克隆載體。

6.根據權利要求5所述的工程菌，其特征在于：所述受體菌為大腸桿菌。

7.一種用于二代測序質量評估的試劑，其特征在于：所述試劑包括權利要求1或2所述的文庫、權利要求3或4所述的克隆載體或者權利要求5或6所述的工程菌。

8.根據權利要求7所述的試劑，其特征在于：還包括通用引物，所述通用引物的上游引物為SEQ ID NO.13所示序列，下游引物為SEQ ID NO.14所示序列。

9.根據權利要求7或8所述的試劑，其特征在于：還包括splint oligo，所述splintoligo為SEQ ID NO.15所示序列。

10.根據權利要求1或2所述的文庫、權利要求3或4所述的克隆載體、權利要求5或6所述的工程菌或者權利要求7-9任一項所述的試劑在堿基與測序質量關系評估、擴增酶堿基偏好性和準確性評估、測序酶準確性評估、堿基信號提取評估或改善、二代測序準確度檢測或者建庫到測序各個環節錯誤率檢測中的應用。

11.一種提高核酸測序準確性的方法，其特征在于：包括采用一個具有不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫進行測序，將測序結果與已知序列進行比較，統計分析在不同堿基特征中存在的測序偏差，根據所述測序偏差糾正測序軟件算法，從而提高核酸測序準確性；所述具有不同堿基特征的已知序列的單鏈DNA文庫包括高AT含量單鏈DNA、高GC含量單鏈DNA、poly結構單鏈DNA和發夾結構單鏈DNA；

所述poly結構單鏈DNA包括poly A結構單鏈DNA、poly T結構單鏈DNA、poly G結構單鏈DNA和poly C結構單鏈DNA中的至少一種；

所述高AT含量單鏈DNA是指AT含量大于或等于72.95%的單鏈DNA；

所述高GC含量單鏈DNA是指GC含量大于或等于75.47%的單鏈DNA。

12.根據權利要求11所述的方法，其特征在于：所述單鏈DNA文庫為權利要求1或2所述的文庫。