[發(fā)明專利]一種DNA復雜結(jié)構(gòu)變異探測方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201711296025.0
• 申請日: 2017-12-08
• 公開（公告）號: CN108171011B
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發(fā)明（設計）人: 張忠波;郝伶童;尹龍輝;曹麗華;凌少平
• 申請（專利權(quán)）人: 志諾維思（北京）基因科技有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B30/00
• 代理公司: 北京知呱呱知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11577
• 代理人: 呂學文;武媛

本發(fā)明公開了一種DNA復雜結(jié)構(gòu)變異探測方法，設計了16種染色體結(jié)構(gòu)變異類型，并針對每種變異類型，設計了對應的判斷模型。本發(fā)明直接在測序數(shù)據(jù)比對文件中獲取比對信息，與現(xiàn)有技術(shù)相比，省去了序列重新拼接和重新比對部分，可以快速完成DNA復雜結(jié)構(gòu)變異探測,節(jié)省了時間成本。同時由于推斷變異類型所需信息在比對中已經(jīng)充分獲取，避免了傳統(tǒng)流程中再次比對信息獲取不全及獲取錯誤信息的問題，提高了染色體結(jié)構(gòu)變異探測精度。

技術(shù)領域

本發(fā)明涉及腫瘤細胞的基因檢測技術(shù)領域，具體涉及一種DNA復雜結(jié)構(gòu)變異探測方法。

背景技術(shù)

現(xiàn)有染色體結(jié)構(gòu)變異探測技術(shù)因為采用傳統(tǒng)的的簡單結(jié)構(gòu)變異類型，在尋找斷點時，缺少必要信息采集及判斷工作，沒有對復雜變異類型進行歸類，如DELLY等染色體結(jié)構(gòu)變異探測軟件能夠探測的結(jié)構(gòu)變異類型僅有五種。在判斷結(jié)構(gòu)變異類型時，需要花費大量時間和計算資源去重新獲取斷點相關信息。這種傳統(tǒng)判斷結(jié)構(gòu)變異的工序不僅造成較高的時間和資源成本，而且對結(jié)構(gòu)變異的探測精度也受影響。因此，現(xiàn)有技術(shù)無法進行復雜結(jié)構(gòu)變異探測。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種DNA復雜結(jié)構(gòu)變異探測方法，用以解決現(xiàn)有染色體結(jié)構(gòu)變異技術(shù)速度慢且無法對復雜結(jié)構(gòu)變異進行探測的問題。

為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供一種DNA復雜結(jié)構(gòu)變異探測方法，所述DNA復雜結(jié)構(gòu)變異探測方法包括：檢測腫瘤樣品的DNA序列獲得樣品序列；將樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列進行比對；樣品序列出現(xiàn)一段或兩段比對失敗的異常序列；異常序列比對到正常參考序列上的對應位點和/或序列段的頭部與尾部確定為斷點；按照正常參考序列和樣品序列的檢測順序?qū)帱c進行排序并確定斷點序列對以及異常序列的頭部序列對與尾部序列對；根據(jù)異常序列的頭部序列對與尾部序列對與正常參考序列上的斷點序列對的比對信息判斷腫瘤樣品的結(jié)構(gòu)變異類型。

進一步地，所述樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列比對時出現(xiàn)一段比對失敗的異常序列；此段異常序列比對到正常參考序列上的對應位點確定為斷點；樣品序列上異常序列的頭部序列對的頭部位點與尾部序列對的尾部位點分別比對到正常參考序列上斷點序列對的頭部位點與尾部位點；判斷腫瘤樣品的結(jié)構(gòu)變異類型對應為插入變異模型。

進一步地，所述樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列比對時出現(xiàn)一段缺失序列；此段缺失序列比對到序列段的頭部與尾部確定為斷點；樣品序列上缺失序列對應位點的頭部位點與尾部位點分別比對到正常參考序列上頭部斷點序列對的頭部位點與尾部斷點序列對的尾部位點；判斷腫瘤樣品的結(jié)構(gòu)變異類型對應為刪除變異模型。

進一步地，所述樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列比對時出現(xiàn)一段比對失敗的異常序列；此段異常序列比對到正常參考序列上的序列段的頭部與尾部確定為斷點；樣品序列上異常序列的頭部序列對的頭部位點與尾部序列對的尾部位點分別比對到正常參考序列上頭部斷點序列對的頭部位點與尾部斷點序列對的尾部位點，及樣品序列上異常序列的頭部序列對的尾部位點與尾部序列對的頭部位點分別比對到正常參考序列上尾部斷點序列對的頭部位點與頭部斷點序列對的尾部位點；判斷腫瘤樣品的結(jié)構(gòu)變異類型對應為倒置變異模型。