[發明專利]一種DNA復雜結構變異探測方法

有效

• 申請號: 201711296025.0
• 申請日: 2017-12-08
• 公開（公告）號: CN108171011B
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發明（設計）人: 張忠波;郝伶童;尹龍輝;曹麗華;凌少平
• 申請（專利權）人: 志諾維思（北京）基因科技有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B30/00
• 代理公司: 北京知呱呱知識產權代理有限公司 11577
• 代理人: 呂學文;武媛

1.一種DNA復雜結構變異探測方法，其特征在于，所述DNA復雜結構變異探測方法包括：

檢測腫瘤樣品的DNA序列獲得樣品序列；

將樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列進行比對；

樣品序列出現一段或兩段比對失敗的異常序列；

異常序列比對到正常參考序列上的對應位點和/或序列段的頭部與尾部確定為斷點；

按照正常參考序列和樣品序列的檢測順序對斷點進行排序并確定斷點序列對以及異常序列的頭部序列對與尾部序列對；

根據異常序列的頭部序列對與尾部序列對與正常參考序列上的斷點序列對的比對信息判斷腫瘤樣品的結構變異類型；

所述樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列比對時出現一段比對失敗的異常序列；此段異常序列比對到正常參考序列上的序列段的頭部與尾部和對應位點確定為斷點，在正常參考序列上對應位點與異常序列比對序列段間隔分開；在正常參考序列上判斷對應位點與異常序列比對序列段的前后位置；

當對應位點位于異常序列比對序列段之前；樣品序列上異常序列的頭部序列對的頭部位點與尾部位點分別比對到正常參考序列上對應位點序列對的頭部位點與尾部斷點序列對的頭部位點；判斷腫瘤樣品的結構變異類型對應為右型-方向變異模型；

當對應位點位于異常序列比對序列段之后；樣品序列上異常序列的尾部序列對的頭部位點與尾部位點分別比對到正常參考序列上頭部斷點序列對的尾部位點與對應位點序列對的尾部位點；判斷腫瘤樣品的結構變異類型對應為左型-方向變異模型。

2.根據權利要求1所述的一種DNA復雜結構變異探測方法，其特征在于，所述DNA復雜結構變異探測方法還包括：所述樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列比對時出現一段比對失敗的異常序列；此段異常序列比對到正常參考序列上的對應位點確定為斷點；樣品序列上異常序列的頭部序列對的頭部位點與尾部序列對的尾部位點分別比對到正常參考序列上斷點序列對的頭部位點與尾部位點；判斷腫瘤樣品的結構變異類型對應為插入變異模型。

3.根據權利要求1所述的一種DNA復雜結構變異探測方法，其特征在于，所述DNA復雜結構變異探測方法還包括：所述樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列比對時出現一段缺失序列；此段缺失序列比對到序列段的頭部與尾部確定為斷點；樣品序列上缺失序列對應位點的頭部位點與尾部位點分別比對到正常參考序列上頭部斷點序列對的頭部位點與尾部斷點序列對的尾部位點；判斷腫瘤樣品的結構變異類型對應為刪除變異模型。

4.根據權利要求1所述的一種DNA復雜結構變異探測方法，其特征在于，所述DNA復雜結構變異探測方法還包括：所述樣品序列與正常參考樣品DNA的參考序列比對時出現一段比對失敗的異常序列；此段異常序列比對到正常參考序列上的序列段的頭部與尾部確定為斷點；樣品序列上異常序列的頭部序列對的頭部位點與尾部序列對的尾部位點分別比對到正常參考序列上頭部斷點序列對的頭部位點與尾部斷點序列對的尾部位點，及樣品序列上異常序列的頭部序列對的尾部位點與尾部序列對的頭部位點分別比對到正常參考序列上尾部斷點序列對的頭部位點與頭部斷點序列對的尾部位點；判斷腫瘤樣品的結構變異類型對應為倒置變異模型。