[發明專利]接頭封閉序列、文庫構建試劑盒及測序文庫的構建方法

在審

• 申請號: 201711209208.4
• 申請日: 2017-11-27
• 公開（公告）號: CN108456713A
• 公開（公告）日: 2018-08-28
• 發明（設計）人: 李萍;梁永;單光宇;高連菊;臧晚春
• 申請（專利權）人: 天津諾禾致源生物信息科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C40B50/06;C12N15/11
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 韓建偉;謝湘寧

本發明提供了一種接頭封閉序列、文庫構建試劑盒及測序文庫的構建方法。接頭封閉序列包括：P5接頭封閉序列，P5接頭封閉序列具有SEQ ID NO:1所示序列：AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATC，且SEQ ID NO:1所示序列的3’末端存在反向dT修飾、間壁修飾、雙脫氧胞苷酸修飾及磷酸化修飾中的任一種。通過在封閉序列的3’末端加上封閉修飾，增加了封閉序列的結合效率，通過減少因接頭連接導致的非目標區域捕獲提高了捕獲效率，并降低了封閉序列對后續PCR過程的影響。

技術領域

本發明涉及測序文庫構建領域，具體而言，涉及一種接頭封閉序列、文庫構建試劑盒及測序文庫的構建方法。

背景技術

使用Illumina TrueSeq接頭進行文庫構建的一般流程為：首先將DNA打斷為300-400bp，對片段化的DNA進行末端修復，并加A堿基尾巴，再將文庫和Illumina TrueSeq接頭進行連接，最后以接頭兩端的已知通用的P5和P7序列為引物進行PCR擴增和富集，構建好的文庫即可用于雜交捕獲。

雜交捕獲過程之前需要進行文庫的封閉，一方面是封閉插入片段中的重復序列，另一方面是封閉文庫接頭序列。封閉后的文庫用捕獲探針將目標區域捕獲下來，然后邊合成邊測序，通過專注于目標區域的測序，在相同數據量下提高測序深度，對盡量多的DNA進行高測序深度的測序。

但目前在捕獲之前的封閉過程存在封閉效率低，進而使得目標區別的捕獲效率比較低。為此，有必要對現有的方法進行改進，以提高目標區域的捕獲效率。

發明內容

本發明的主要目的在于提供一種接頭封閉序列、文庫構建試劑盒及測序文庫的構建方法，以解決現有技術中的測序文庫中目的片段的捕獲效率低的問題。

為了實現上述目的，根據本發明的一個方面，提供了一種接頭封閉序列，接頭封閉序列包括：P5接頭封閉序列，P5接頭封閉序列具有SEQ ID NO:1所示序列：AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATC，且SEQ ID NO:1所示序列的3’末端存在反向dT修飾、間壁修飾、雙脫氧胞苷酸修飾及磷酸化修飾中的任一種。

進一步地，接頭封閉序列還包括：P7接頭封閉序列，P7接頭封閉序列具有SEQ IDNO:2所示序列：CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATC，其中N代表index的反向互補序列，且SEQ ID NO:2所示序列的3’末端存在反向dT修飾、間壁修飾、雙脫氧胞苷酸修飾及磷酸化修飾中的任一種。

為了實現上述目的，根據本發明的一個方面，提供了一種文庫構建試劑盒，包括接頭封閉劑，接頭封閉劑中含有上述任一種接頭封閉序列。

進一步地，接頭封閉試劑中，接頭封閉序列的工作濃度為0.1.～0.25nM。

進一步地，試劑盒還包括插入片段中重復序列封閉劑；優選插入片段中重復序列封閉劑為Cot-1 DNA。

進一步地，試劑盒還包括雜交捕獲試劑。

進一步地，雜交捕獲試劑為DNA雜交捕獲試劑，優選DNA雜交捕獲試劑為IDT公司的DNA雜交捕獲試劑。

進一步地，雜交捕獲試劑為RNA雜交捕獲試劑，優選RNA雜交捕獲試劑為Agilent公司的RNA雜交捕獲試劑。

根據本發明的另一方面，提供了一種測序文庫的構建方法，該構建方法包括預擴增文庫的構建、接頭封閉、液相雜交捕獲以及捕獲文庫擴增的步驟，接頭封閉的步驟中采用上述任一種接頭封閉序列進行封閉，或者采用上述任一試劑盒中的封閉試劑進行封閉。