[發明專利]一種鑒別南極革首南極魚的分子標記引物及方法

在審

• 申請號: 201711186780.3
• 申請日: 2017-11-24
• 公開（公告）號: CN107699627A
• 公開（公告）日: 2018-02-16
• 發明（設計）人: 李淵;張麗艷;張然;林龍山
• 申請（專利權）人: 國家海洋局第三海洋研究所;福建海洋研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京科家知識產權代理事務所(普通合伙)11427
• 代理人: 陳娟

技術領域

本發明涉及分子生物學領域，尤其涉及一種鑒別革首南極魚的分子標記引物及方法。

背景技術

革首南極魚隸屬于輻鰭魚綱、鱸形目、南極魚科、南極魚屬，其外部主要特征為：體延長，體寬是體長的20～25％；頭大且寬，略扁；頭長略小于頭長的1/3；眼徑是頭長的1/5～1/6，眼間距是頭長的22％～25％；第一鰓弓下面部分有11～13個小硬棘鰓耙；口大；口裂近水平；上頜骨向后延伸到眼睛下方的一半或稍后；上下頜近等長；上下頜齒2行，外行的牙齒呈單列且較長。兩個背鰭，第一背鰭4或5個鰭棘，第二背鰭35～38個鰭條；臀鰭鰭條27～29；胸鰭較大，扇形，具有16或17個鰭條，長于腹鰭鰭條；大型個體尾鰭略呈圓形，幼體時存在淺裂。兩條側線，側線上部截點在第二背鰭基后端稍前；在上側線約34～49個管狀鱗片，下部6～17個；全身幾乎完全覆蓋著較大的圓鱗(平滑)；頭部頂端無鱗；鰓蓋上面的部分和眼后部區域有細小鱗片。體色模式多變，體表遍布均勻黑褐色；腹部顏色較淺；腹部和鰓膜通常深黃色；不規則的黑色斑紋存在于背部和體側；幼魚銀色或淺褐色。在國內常被作為“銀鱈魚”出售，具有較高的食用價值。

由于南極魚屬魚類外部形態非常相似，僅憑借其形態特征很難將其準確鑒定到種的水平。目前，用于鑒定革首南極魚的方法尚無正式報道。因此，尋找鑒定革首南極魚的可靠標準，將其從混雜的種質中區別、分離出成為了一個亟待解決的問題。本發明的這一方法將有助于解決種質混雜等問題，為種質保護、合理利用以及種質的生物多樣性研究提供技術支撐。

發明內容

本發明要解決的技術問題在于提供一種鑒別革首南極魚的分子標記引物及方法，有助于解決南極魚屬魚類種質混雜問題，本發明方法操作簡單，易于掌握，準確性高。

為解決上述技術問題，本發明提出的技術方案為：

一種鑒別南極革首南極魚的分子標記引物，該標記引物序列為：

MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；

MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3″。

作為一個總的技術構思，本發明還提供一種鑒別南極革首南極魚的分子標記方法，包括以下步驟：

(1)選用南極游泳動物調查采集的革首南極魚，組成革首南極魚樣本群，提取該樣本群體的總基因組DNA；

(2)以所提取的總基因組DNA為模板進行PCR擴增反應；

(3)對成功擴增的PCR產物進行純化、測序，比對測序結果。

優選地，所述步驟(2)中的PCR擴增反應操作方法是將17.5ul的超純水，2.5ul的10×buffer，2ul的dNTPs，0.15ul的rTaq酶，1ul的總基因組DNA模板，1ul的Primer依次加入到0.2ml的離心管中。

優選地，所述步驟(2)中的PCR擴增程序為：94℃預變性2min，(94℃變性15sec，50℃退火15sec，72℃延伸15sec)×30個循環，72℃延伸3min，4℃保存。

本發明的有益效果是：

由革首南極魚線粒體DNA 12S基因170bp序列比對結果，可以看出5尾革首南極魚的擴增結果為同一單倍型，表現出高度的一致性；且相對于其他分子標記能易擴增獲得目的片段,由此可以看出該方法的結果穩定，可重復性強，保證了極高的準確性，因此，12S基因片段可以作為革首南極魚的種質鑒定的分子標記。同時，該鑒別方法簡單，易操作。

具體實施方式

下面通過實例來對本發明的技術方案作進一步解釋，但本發明的保護范圍不受實例任何形式上的限制。

一種鑒別南極革首南極魚的分子標記引物及方法，包括以下步驟：

(1)選用南極游泳動物調查采集的革首南極魚，組成革首南極魚樣本群，提取該樣本群體的總基因組DNA；

(2)以所提取的總基因組DNA為模板進行PCR擴增反應；

(3)對成功擴增的PCR產物進行純化、測序，比對測序結果。

得到的分子標記引物序列為MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3′。