[發明專利]一種脫靶位點的檢測方法、裝置及終端設備

有效

• 申請號: 201711168540.0
• 申請日: 2017-11-21
• 公開（公告）號: CN107967411B
• 公開（公告）日: 2021-09-10
• 發明（設計）人: 賀建奎;陳凱婧;陳楊冉
• 申請（專利權）人: 南方科技大學
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B40/00;G16B50/10
• 代理公司: 深圳中一聯合知識產權代理有限公司 44414
• 代理人: 李艷麗

本發明適用于基因組學技術領域，提供了一種脫靶位點的檢測方法、裝置及終端設備，包括：選取基因樣本，所述基因樣本包括子代基因樣本和所述子代基因樣本的親本基因樣本；通過全基因組測序分別對所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行處理，并根據指定的比對規則將測序后的所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行比對；將所述比對的結果進行格式轉換，生成指定格式的比對結果文件；通過綜合基因組學查看器IGV顯示所述指定格式的比對結果文件，以便用戶確認脫靶數目和脫靶位點。通過上述方法能夠提高CRISPR實驗過程中的安全性。

技術領域

本發明屬于基因組學技術領域，尤其涉及一種脫靶位點的檢測方法、裝置及終端設備。

背景技術

CRISPR(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)被稱為規律成簇間隔短回文重復，是細菌用以保護自身對抗病毒的一個系統，也是一種對付攻擊者的基因武器。CRISPR-Cas9是一種基因組編輯技術，能夠通過DNA剪切技術治療多種疾病，但是這種技術也并不完美。在使用時，它有時會在未曾預料的脫靶位點上產生插入和缺失(insertions and indel)。鑒于預料之外的基因切割可能導致意想不到的突變，因此檢測CRISPR-Cas9基因編輯過程中脫靶位點(off-target)是至關重要的。目前，已有多款針對CRISPR-Cas9技術的脫靶效應的評估方法，例如軟件預測(CRISPR Design)、GUIDE-seq、Digenome-seq等等，但這些評估方法各有優缺點。

軟件預測方法通過一些特定的規律，所有可能的off-target羅列出來，但是大多數預測結果與實驗結果不符，只能給予實驗者少量參考。GUIDE-seq方法即利用在由Cas9蛋白造成雙鏈斷裂的地方插入dsODN tag，之后通過dsODN tag將想要知道的有雙鏈斷裂附近的序列用PCR的方法擴增出來。最后經過測序就可以清楚準確知道具體的序列信息。但是，整個檢測off-target的方法時間過長，步驟相對繁瑣，dsODN tag也不能保證有很高的比率標記所有由cas9蛋白造成雙鏈斷裂的地方，并且，如果想知道產生off-target的位點還需要進一步通過blast之類的軟件進行比對。Digenome-seq方法，即用電腦程序、全基因組測序以及預測軟件(Cas-OFFinde)共同檢測off-target的方法，這種方法沒有過于繁雜的實驗步驟，相對用時較少，但是此方法只在單細胞中進行了應用，并不確定是否可以對于胚胎這一類的多細胞通用，并且該方法的準確性的方法并不是很高。因此，現有針對多細胞使用CRISPR-Cas9技術的脫靶效應的評估方法不夠準確，從而影響CRISPR實驗過程中的安全性。

發明內容

有鑒于此，本發明實施例提供了一種脫靶位點的檢測方法、裝置及終端設備，以解決現有針對多細胞使用CRISPR-Cas9技術的脫靶效應的評估方法不夠準確，從而影響CRISPR實驗過程中的安全的問題。

本發明第一方面提供了一種脫靶位點的檢測方法，所述檢測方法包括：

選取基因樣本，所述基因樣本包括子代基因樣本和所述子代基因樣本的親本基因樣本；

通過全基因組測序分別對所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行處理，并根據指定的比對規則將測序后的所述子代基因樣本和所述親本基因樣本進行比對；

將所述比對的結果進行格式轉換，生成指定格式的比對結果文件；

通過綜合基因組學查看器IGV顯示所述指定格式的比對結果文件，以便用戶確認脫靶數目和脫靶位點。

本發明第二方面提供了一種脫靶位點的檢測裝置，所述檢測裝置包括：

樣本選取單元，用于選取基因樣本，所述基因樣本包括子代基因樣本和所述子代基因樣本的親本基因樣本；